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[GROMACS] 求助审稿人要求提供模拟中使用的控制方程

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楼主
各位老师好,我用GROMACS研究了小分子有机物对CO2水合物生长的影响,文章里写了具体的力场选择和参数设置,但是审稿人要求还需提供模拟中使用的控制方程,请问这里这个控制方程是指GROMACS模拟计算时使用的势函数和运动方程吗?
审稿人原话:”The authors must provide the governing equations utilized in the simulations alongside the numerical assumptions and limitations considered in their simulations. In addition, they have to say their scientific reason for considering them.”

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发表于 Post on 2023-9-26 13:32:49 | 只看该作者 Only view this author
审稿人8成是个外行,用词也很外行
文章里说明用了什么力场,说明是基于牛顿运动方程做的模拟,就够了。更细节的背景知识是领域内的内行人众所周知的东西,没必要在文章里写。可以告诉审稿人,如果他缺乏背景知识不了解这些,可以去看点基础性的分子模拟的专著,比如leach的书。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-26 19:23:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-26 13:32
审稿人8成是个外行,用词也很外行
文章里说明用了什么力场,说明是基于牛顿运动方程做的模拟,就够了。更 ...

好的好的,感谢老师的指点

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