求助低共熔溶剂的焓值模拟在gmx energy里的选项

二饼妹 · 发表于 Post on 2021-6-28 23:54:37

想要得到低共熔溶剂的焓，请问使用GAFF力场在NPT系综模拟10ns，然后gmx energy -f md.edr 命令出现的焓值选项enthalpy是正确的么，可以用么？模拟小白，请求指教

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-29 05:35:02

就是这么选

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“低共熔溶剂的焓值模拟”改了，以后务必注意

二饼妹 · 发表于 Post on 2021-6-29 16:17:42

本帖最后由二饼妹于 2021-6-29 16:19 编辑

sobereva 发表于 2021-6-29 05:35
就是这么选

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标 ...

老师我想要模拟低共熔溶剂的液体焓值，像下图一样某一温度下对应的焓，应该怎么计算呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-30 03:25:50

二饼妹发表于 2021-6-29 16:17
老师我想要模拟低共熔溶剂的液体焓值，像下图一样某一温度下对应的焓，应该怎么计算呢？

用热浴在实际温度下做MD，然后提取焓。你的表里是相对于0摄氏度的相对的焓，所以你也得以0度模拟的值为参考值

二饼妹 · 发表于 Post on 2021-6-30 22:06:52

sobereva 发表于 2021-6-30 03:25
用热浴在实际温度下做MD，然后提取焓。你的表里是相对于0摄氏度的相对的焓，所以你也得以0度模拟的值为参 ...

老师我还有一些不确定的地方：
1、提取焓gmx energy -f md.edr 需要加-nmol 分子数么，如果加的话，对于混合物来说，氯化胆碱（200）：乙二醇（500），那分子数是不是250？但是我发现加不加分子数提取的数值都一样，不知道对不对；
2、我想要得到氯化胆碱+乙二醇体系313k下的焓值，H=313K提取的焓减 273K提取的焓，单位是KJ/mol，换算成KJ/kg的话是不是应该H÷250（分子数）÷M（1氯化胆碱+2乙二醇的总摩尔质量g/mol）*1000？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-1 02:55:41

二饼妹发表于 2021-6-30 22:06
老师我还有一些不确定的地方：
1、提取焓gmx energy -f md.edr 需要加-nmol 分子数么，如果加的话，对于 ...

1 提取内能才需要加-nmol，焓不需要。提取焓的时候给你的总是每mol当前盒子的焓

2 这是高中知识

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