拉伸-伞形抽样计算出PMF图像该怎么证明它的收敛性呢？

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-12-23 21:30:58

我想请问下各位老师我用拉伸-伞形抽样计算出PMF图像该怎么证明它的收敛性呢？观察wham吗？还有其它方法没？
如果我用径向函数法或者限制力方法计算出PMF又该如何验证其收敛性呢？
望各位老师指点。

shaoyuan · 发表于 Post on 2020-12-24 11:21:20

首先，隔一段时间用wham分析，对比两端时间统计得到的PMF,能垒差不大于1~2kcal应该算收敛了；
其次，统计两个window概率的重叠，若有间隔需要加window。
不收敛其实很容易看出来，统计出来的pmf不光滑，有突然的能量跳跃就是抽样不充分的表现。

k64_cc · 发表于 Post on 2020-12-24 16:04:21

研究收敛性通用做法：换初始构型和速度，平行跑3-5组，算统计误差。

IamHK · 发表于 Post on 2020-12-24 23:09:47

shaoyuan 发表于 2020-12-24 11:21
首先，隔一段时间用wham分析，对比两端时间统计得到的PMF,能垒差不大于1~2kcal应该算收敛了；
其次，统计 ...

请教一下伞形采样增加窗口问题。比如，我有50个初始窗口，每个窗口的初始间距为0.05nm，后来发现需要在第40到第50窗口之间的增加一些窗口，可以直接添加窗口而不用管之前窗口间距吗？就是在40-50窗口时间添加新窗口设置后，窗口之间间距就不是0.05nm了。谢谢。

一个小瓜皮 · 发表于 Post on 2020-12-25 10:48:51

谢谢老师们的教导，明白了。

shaoyuan · 发表于 Post on 2021-1-6 10:24:09

IamHK 发表于 2020-12-24 23:09
请教一下伞形采样增加窗口问题。比如，我有50个初始窗口，每个窗口的初始间距为0.05nm，后来发现需要在第 ...

可以不等距加窗口的，在过渡态附近可以多些窗口

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