周期性条件导致一个团簇变成两部分求助

hnfn · 发表于 Post on 2020-12-21 18:58:57

在使用VMD分析团簇时，发现由于周期性边界条件导致在轨迹中的团簇有时变为两部分，如图所示。团簇是由许多水分子和几个离子组成，请问怎么样能使轨迹中的团簇保持完整性？

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2020-12-21 21:02:35

看用什么程序算的，通常可以用对应的轨迹处理程序使其回到一个格子内。
话说格子为什么这么大（这么空）

hnfn · 发表于 Post on 2020-12-21 21:10:32

liyuanhe211 发表于 2020-12-21 21:02
看用什么程序算的，通常可以用对应的轨迹处理程序使其回到一个格子内。
话说格子为什么这么大（这么空）

用GROMACS计算的，对轨迹处理可以使某个因周期性条件不完整的分子平移到另一侧，但是我想让这其它的分子都平移到一侧。因为需要计算的是空气中的液滴生长过程，除了液滴外只加入了少量水分子。

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-22 02:35:46

trjconv处理的时候接上-pbc nojump

hnfn · 发表于 Post on 2020-12-22 18:02:15

sobereva 发表于 2020-12-22 02:35
trjconv处理的时候接上-pbc nojump

好的，谢谢sob老师

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[VMD] 周期性条件导致一个团簇变成两部分求助