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[Amber] 求助,cro文件中参数的含义

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使用AMBER获得cro文件,想请教下cro文件中键角下面对应的第二列和第三列分别是哪个角度,如69.5和119.9代表了什么?如何获得这两个角度呐?


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发表于 Post on 2020-12-21 00:04:58 | 只看该作者 Only view this author
没听说过cro文件,怎么来的?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-21 08:37:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-21 00:04
没听说过cro文件,怎么来的?

使用amber做非标准残基时,使用parmchk2 -i XXX.prepin -f prepi -o XXX.cro -a Y,输出cro文件
和parmchk2 -i XXX.mol2 -f mol2 -o XXX.frcmod输出的frcmod文件一样,定义了键角等参数。

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发表于 Post on 2020-12-21 13:52:36 | 只看该作者 Only view this author
万年流星 发表于 2020-12-21 08:37
使用amber做非标准残基时,使用parmchk2 -i XXX.prepin -f prepi -o XXX.cro -a Y,输出cro文件
和parmc ...

不要用一些不符合习俗的后缀,否则会引起误会
http://ambermd.org/FileFormats.php#frcmod
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-21 16:32:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-21 13:52
不要用一些不符合习俗的后缀,否则会引起误会
看http://ambermd.org/FileFormats.php#frcmod

以后会注意的,那对于没有的角度参数,可以优化结构后,自己计算吗?如果可以,要怎么计算?

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发表于 Post on 2020-12-21 16:35:32 | 只看该作者 Only view this author
万年流星 发表于 2020-12-21 08:37
使用amber做非标准残基时,使用parmchk2 -i XXX.prepin -f prepi -o XXX.cro -a Y,输出cro文件
和parmc ...

cro文件来源于该制作非标准残基的教程
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/index.htm

第二列和第三列对应键角方程里面的θ和k

在对应力场的.dat里面找

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-21 17:20:53 | 只看该作者 Only view this author
苏玖染 发表于 2020-12-21 16:35
cro文件来源于该制作非标准残基的教程
http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial5/index.htm

感谢师兄

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发表于 Post on 2020-12-22 02:11:54 | 只看该作者 Only view this author
万年流星 发表于 2020-12-21 16:32
以后会注意的,那对于没有的角度参数,可以优化结构后,自己计算吗?如果可以,要怎么计算?

可以
键角弯曲项可以自己拟合
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-22 09:08:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-22 02:11
可以
键角弯曲项可以自己拟合

好的,感谢sob老师

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