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各位大佬好,我想通过动力学模拟“Spontaneous formation of urea from carbon dioxide and ammonia in aqueous droplets”文章中研究的二氧化碳和氨在水滴中自发形成尿素这一过程。
该反应是CO2和NH3常温下在水滴表面自发反应形成尿素:在水滴模型中:气体中的CO₂和NH₃是“进口”,源源不断地溶解到液滴表层;液滴表层就是“反应区”,这里有特殊的化学梯度;尿素生成后,会通过扩散进入液滴内部的本体溶液,这相当于“出口”。这种“即产即走”的模式,可以不断打破局部化学平衡,推动反应持续进行。这里作者认为该化学梯度是pH梯度,液滴的最表层由于水分子的特殊排列,可以比内部变得更酸,在酸性条件下,CO₂和NH₃反应的中间体——氨基甲酸(NH₂COOH)能以中性分子的形式稳定存在。而在传统本体溶液的碱性或中性条件下,它会立刻脱去一个质子,变成惰性的氨基甲酸根离子(NH₂COO⁻),反应就此终止。
关于模拟此反应我有如下的几个问题想要请教:
1). 是否有纯水模型/力场等能够模拟常温下水界面处的pH梯度?(我没有查找到相关的文献和工作)
2). 如果没有1)中的现成的, 自己训练又该如何做?我该如何建模才能使得纳米水球界面处有pH梯度(试过在水球的亚表层即水球表面到内部10埃的距离添加H3O+,再在水球中心添加OH-做为抗衡粒子,同时施加L-J将两种粒子分别约束在水球亚表层和水球中心,但是体系跑崩了),以及后续的CO2在纳米水球表面被质子酸催化
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