annealing过程温度没有按照设置值变化

jimulation

NPT阶段采用annealing进行升温，设置了2ps从0K升到200K，实际发现温度不是线性增大，而是初始经历了陡增。


mdp的参数如下。

1. title                = npt for xn's system
   
2. ; Run parameters
   
3. integrator        = md                ; leap-frog integrator
   
4. nsteps                = 5000                ; 5 ps
   
5. dt                = 0.001                ; 1 fs
   
6. ; Output control
   
7. nstxout                = 10000                ; save coordinates every 1 ns
   
8. nstvout                = 10000                ; save velocities every 1 ns
   
9. nstenergy        = 10                ; save energies every 1 ns
   
10. nstlog                = 100                ; update log file every 1 ns
    
11. ; Bond parameters
    
12. continuation        = no                ; first dynamics run
    
13. constraint_algorithm  = lincs        ; holonomic constraints
    
14. constraints        = none                ; all angles constrained
    
15. lincs_iter      = 1                ; accuracy of LINCS
    
16. lincs_order     = 4                ; also related to accuracy
    
17. ; Neighborsearching
    
18. cutoff-scheme   = Verlet
    
19. rlist           = 1.2
    
20. ns_type                = grid                ; search neighboring grid cells
    
21. nstlist                = 10                ; 10 fs, largely irrelevant with Verlet
    
22. rcoulomb        = 1.2                ; short-range electrostatic cutoff (in nm)
    
23. rvdw                = 1.2                ; short-range van der Waals cutoff (in nm)
    
24. ; Electrostatics
    
25. coulombtype        = PME                ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics
    
26. pme_order        = 4                ; cubic interpolation
    
27. fourierspacing        = 0.12                ; grid spacing for FFT
    
28. ; Temperature coupling is on
    
29. tcoupl                = v-rescale        ; modified Berendsen thermostat
    
30. tc-grps                = system        ; two coupling groups - more accurate
    
31. tau_t                = 0.2                ; time constant, in ps
    
32. ref_t                = 298.15        ; reference temperature, one for each group, in K
    
33. ; Pressure coupling is on
    
34. pcoupl                = berendsen        ; Pressure coupling on in NPT
    
35. pcoupltype        = isotropic                    ; uniform scaling of box vectors
    
36. tau_p                = 0.5                            ; time constant, in ps
    
37. ref_p                = 1.0                            ; reference pressure, in bar
    
38. compressibility = 4.5e-5        ; isothermal compressibility, bar^-1
    
39. refcoord_scaling = no
    
40. ;Simulated annealing
    
41. annealing                = single
    
42. annealing-npoints        = 3
    
43. annealing-time                = 0        1        2
    
44. annealing-temp                = 0        100        200
    
45. ; Periodic boundary conditions
    
46. pbc                = xyz                ; 3-D PBC
    
47. ; Dispersion correction
    
48. DispCorr        = EnerPres        ; account for cut-off vdW scheme
    
49. ; Velocity generation
    
50. ;gen_vel        = yes                ; Velocity generation is off
    
51. ;gen_temp        = 0
    
52. ;gen_seed        = -1

复制代码

尝试了不同的ref_t、tau_t，以及把gen_vel部分打开或关掉，都还是有这个问题。所以来求助各位，谢谢大家！

liuyuje714

啥体系，最好弄个简单体系测试下，比如纯水的。

jimulation

liuyuje714 发表于 2020-12-30 15:48
啥体系，最好弄个简单体系测试下，比如纯水的。

我测试一下，有可能是盒子初始时压缩导致了升温