求助：关于脚本命令的补充

WUXIAOWEN

为了方便模拟，从插入分子到md模拟过程直接写在了脚本里，但有时md模拟时体系会发生崩溃，续跑的话可以顺利完成模拟。
想要在脚本中补充一句：
“如果出现····错误提示，执行···续跑命令”
但是我对脚本完全不了解，希望老师可以指导一下。
相关语句学习我再看看资料，希望老师可以指导一下如何在脚本中体现“出现··错误提示”。
万分感激！

liuyuje714

可以通过检查上一次的命令返回状态是否为0来判断执行是否成功。比如在gmx mdrun 下一行加上：

1. if [[ $? -ne 0 ]]; then
   
2.     gmx mdrun -deffnm -cpi xxx.cpt -append
   
3. fi

复制代码

但是一般来说模拟中途崩溃可能意味着实际体系或者参数有问题，续跑不见得就能继续。你遇到的可能是偶然。

WUXIAOWEN

liuyuje714 发表于 2020-12-29 10:47
可以通过检查上一次的命令返回状态是否为0来判断执行是否成功。比如在gmx mdrun 下一行加上：但是一般来说 ...

谢谢您的回复..可能确实是初始结构的问题，之前因为网老断就会用续跑，慢慢能跑下来，应该是结构不够稳定，我自己再调整一下。再次感谢您的回复~