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[新手求助] 计算出的S1态振动能级很小时如何计算荧光发射光谱

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本帖最后由 香蕉酥 于 2020-12-29 16:08 编辑

各位大神好我一直想要用Gaussian计算酪氨酸和色氨酸的荧光光谱,使用的命令如下:
#p b3lyp/6-31g(d) opt freq scrf(pcm,solvent=water) 基态结构优化
#p b3lyp/6-31g(d) scrf(pcm,solvent=water) td(nstates=10) opt (计算十个态就是想看一下与计算三个态有什么区别)算荧光谱
得到的结果如附件:

利用multiwfn查看的酪氨酸的结果:
Index  Excit.energy(eV      nm        1000 cm^-1)      Oscil.str.
     1        2.18200      568.21357      17.59902       0.00120
     2        3.22980      383.87578      26.05010        0.01100
     3        3.90710      317.33050      31.51289        0.00540
     4        4.16460      297.70974      33.58977        0.00190
     5        4.59570      269.78306      37.06682        0.03710
     6        4.96990      249.47021      40.08495        0.21840
     7        5.22200      237.42666      42.11827        0.06830
     8        5.85380      211.80122      47.21409        0.04920
     9        5.88310      210.74638      47.45041        0.15800
    10        6.04090      205.24127      48.72315        0.02590
利用multiwfn查看的色氨酸的结果:(当时nstates算了20个态)
  Index  Excit.energy(eV      nm        1000 cm^-1)      Oscil.str.
     1        2.17220      570.77709      17.51998        0.00050
     2        3.42890      361.58593      27.65595        0.00040
     3        3.56760      347.52831      28.77464        0.01900
     4        4.23190      292.97526      34.13258        0.16880
     5        4.46740      277.53100      36.03201        0.00210
     6        4.60950      268.97538      37.17813        0.08010
     7        4.88570      253.76957      39.40583        0.00650
     8        5.62060      220.58891      45.33320        1.00010
     9        5.67330      218.53983      45.75825        0.06240
    10        6.08180      203.86103      49.05303        0.00950
    11        6.15650      201.38748      49.65553        0.22110
    12        6.22560      199.15221      50.21286        0.00380
    13        6.34020      195.55251      51.13717        0.00000
    14        6.39730      193.80707      51.59771        0.00820
    15        6.51440      190.32328      52.54218        0.02740
    16        6.55480      189.15024      52.86803        0.00210
    17        6.64770      186.50691      53.61732        0.26270
    18        6.74730      183.75380      54.42065        0.20790
    19        6.78380      182.76512      54.71504        0.00820
    20        6.80990      182.06464      54.92555        0.00490
           
问题:在这两个物质的计算结果中,我发现了s1的振子强度都非常低,在算荧光发射谱的时候还是将其余态的振子强度设为0吗?我不知道怎样判断它是否满足kasha规则,之前查看论坛里,sob老师回答过一个问题说是要从4方面考虑,
1S1-S0内转换速率
2S1-S0辐射速率
3
S2-S1内转换速率
4S2-S0辐射速率
这个问题是优化第一激发态后第二激发态的振子强度较大,但是我的这个结果里第二激发态的振子强度也很小,是哪里做错了吗?
希望各位老师可以帮助解答,十分感谢!

酪氨酸.jpg (79.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

酪氨酸的结果

酪氨酸的结果

色氨酸.jpg (126.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 57)

色氨酸的结果

色氨酸的结果

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发表于 Post on 2020-12-30 08:58:39 | 只看该作者 Only view this author
没什么异常的,不违背Kasha规则。照常用Multiwfn绘制荧光光谱就完了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD、VCD和ROA光谱图
http://sobereva.com/224

而且这么普通的体系如果违背Kasha规则,肯定都众所周知了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-30 09:47:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-30 08:58
没什么异常的,不违背Kasha规则。照常用Multiwfn绘制荧光光谱就完了
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis ...

社长你好,我之前怀疑我做的有问题是因为我看到了一篇文献上有关于色氨酸和酪氨酸的荧光光谱,虽然文献中是实验得到的,我是理论计算的,但是我想应该谱形、FWHM等应该差距不是很大,但我感觉差异还是比较明显的,sob老师可以帮我看下吗?感谢您的回复

荧光光谱图.jpg (84.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 65)

左侧两条线分别为酪氨酸和色氨酸

左侧两条线分别为酪氨酸和色氨酸

计算的酪氨酸荧光.jpg (67.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 61)

酪氨酸荧光

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色氨酸荧光

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发表于 Post on 2020-12-30 10:28:58 | 只看该作者 Only view this author
香蕉酥 发表于 2020-12-30 09:47
社长你好,我之前怀疑我做的有问题是因为我看到了一篇文献上有关于色氨酸和酪氨酸的荧光光谱,虽然文献中 ...

泛函的选择(本来B3LYP就不是首选)、质子化态的考虑(水环境下应当是质子解离状态)、构象的选择、溶剂效应的描述(你用的线性响应模型只是最初级的)等等都可能造成明显影响。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-30 15:28:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-30 10:28
泛函的选择(本来B3LYP就不是首选)、质子化态的考虑(水环境下应当是质子解离状态)、构象的选择、溶剂 ...

明白了,谢谢sob老师

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