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[GROMACS] 请问如何更加直观的观看xpm图像

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请问各位老师,gromacs产生的xpm文件如何非常直观的看到。由于我的模拟时间特别的长,每次用xpm2ps之后,图像非常的矮宽,我不断的调节bx by,小幅度调节图像变化非常小,大幅度调节图像就挂掉。请问有没有方法直观看出xpm的绘图,或者如何正确找到bx by应该设为多少才合适。
谢谢各位老师。

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发表于 Post on 2018-5-5 11:10:00 | 只看该作者 Only view this author
同问
主攻: 蛋白-蛋白对接,蛋白de novo设计、蛋白结构建模,抗体设计等方向。Rosetta/PyRosetta

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发表于 Post on 2018-5-5 17:23:42 | 只看该作者 Only view this author
如果你是指尺寸设大之后,用linux自带的看图工具一看就自动关闭,换个观看程序即可(比如windows下ghostscript+irfanview),系统自带的eps看图程序有的版本有bug
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-5 20:34:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-5 17:23
如果你是指尺寸设大之后,用linux自带的看图工具一看就自动关闭,换个观看程序即可(比如windows下ghostscr ...

谢谢sob老师的解答。我一直不明白这个bx和by选项的数值的意义。像我这模拟时间特别长的,横坐标的frame就会特别高,我想把图像放的窄一些,图像看起来不那么宽,该怎么调节bx,by的数值呢。我手动调来调去了很多次,就是找不出规律,这个bx,by一般放在多少合适。谢谢sob老师

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发表于 Post on 2018-5-6 01:32:12 | 只看该作者 Only view this author
我一般设-by和-size
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-6 14:24:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-6 01:32
我一般设-by和-size

谢谢sob老师。

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发表于 Post on 2018-5-7 11:39:24 | 只看该作者 Only view this author
额,做出来的eps是矢量图片,我做完都是在ps里面调,你在ps里面新建一个白板,然后把它拉进去,调一下再置入就行了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-5-8 08:48:17 | 只看该作者 Only view this author
somniferum 发表于 2018-5-7 11:39
额,做出来的eps是矢量图片,我做完都是在ps里面调,你在ps里面新建一个白板,然后把它拉进去,调一下再置 ...

好的,谢谢老师。

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发表于 Post on 2021-1-2 16:37:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-5-6 01:32
我一般设-by和-size

卢老师,-size 和 -by 的单位都是ps吗?另外,这两个参数的设置有什么技巧吗?因为-size有默认值,是400ps。

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发表于 Post on 2021-1-2 17:27:58 | 只看该作者 Only view this author
活性炭 发表于 2021-1-2 16:37
卢老师,-size 和 -by 的单位都是ps吗?另外,这两个参数的设置有什么技巧吗?因为-size有默认值,是400p ...

多少合适自己试试便知
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发表于 Post on 2021-1-3 19:53:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-2 17:27
多少合适自己试试便知

谢谢您的回复!我试着设置了-by,但是图像就变得特别窄,所以我只设置了-size 600。但是我有几处不太明白,想再请教您一下:1、输出的二维密度分布图中坐标轴的刻度不均匀,请问这是怎么回事呢?2、我做的是XY平面上的投影,输出的密度分布图中只在水平方向标注了X(nm),请问XY平面的密度分布图是不是默认的水平方向是X方向,竖直方向是Y方向呢?3、关于-size的单位ps指的是时间吗?4、-by的单位是什么呢?

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