求助，vmd中氮原子和钠原子颜色相同

libo371324

我在gromacs中获得gro.文件，在vmd中打开，发现氮原子和钠原子显示相同颜色，在coloring method中的type/name/选项都一样，我的gromacs默认输出的是atom type id而不是atom 的element，选用element也不能改变而且所有分子都变成了一个颜色请问该怎么解决，是什么原因呢

liuyuje714

Graphics -> Colors里面设置默认的原子颜色

libo371324

liuyuje714 发表于 2021-1-4 15:59
Graphics -> Colors里面设置默认的原子颜色

我尝试啦，没用，我改变氮原子的颜色，钠原子也变l啦

libo371324

liuyuje714 发表于 2021-1-4 15:59
Graphics -> Colors里面设置默认的原子颜色

是不是原子的输出类型的问题

liuyuje714

libo371324 发表于 2021-1-4 16:13
是不是原子的输出类型的问题

不是，vmd内部识别元素名是读取的pdb最后一列，而gro文件没有元素名。所以你可以直接用gmx trjconv工具导出一帧pdb文件，用该文件即可（自己查看最后一列应该有元素名的）

libo371324

liuyuje714 发表于 2021-1-4 16:16
不是，vmd内部识别元素名是读取的pdb最后一列，而gro文件没有元素名。所以你可以直接用gmx trjconv工具导 ...

没有，我默认输出的是原子类型，不是元素

liuyuje714

libo371324 发表于 2021-1-4 16:23
没有，我默认输出的是原子类型，不是元素

我说的是gmx trjconv -s -f -b 0 -e 0 -o vis.pdb

最后一列绝对是元素名，标准的pdb格式

libo371324

liuyuje714 发表于 2021-1-4 16:26
我说的是gmx trjconv -s -f -b 0 -e 0 -o vis.pdb

最后一列绝对是元素名，标准的pdb格式

非常感谢！

libo371324

libo371324 发表于 2021-1-4 16:46
非常感谢！

我看到中间有很多空着的，是没办法识别吗，

sobereva

先彻底搞懂我培训班里的这页ppt



用gmx editconf -f xxx.tpr -o xxx.pdb得到pdb文件，最后一列就是元素名，这样的pdb文件载入VMD后，才能根据element来着色。

libo371324

sobereva 发表于 2021-1-5 14:10
先彻底搞懂我培训班里的这页ppt

谢谢老师，我解决啦，但是我发现提交到ATb中获得拓扑文件的分子中的元素有一些不能正常识别，有不少都空着。这是什么原因，是我的结构不规则吗

liuyuje714

libo371324 发表于 2021-1-5 16:01
谢谢老师，我解决啦，但是我发现提交到ATb中获得拓扑文件的分子中的元素有一些不能正常识别，有不少都空 ...

gromacs的这些工具不能识别配体这一类的元素符号。你可以自己写脚本补全。根据你给的vis.gro我传一个转换后的具备所有元素 符号的pdb文件。

libo371324

liuyuje714 发表于 2021-1-5 16:51
gromacs的这些工具不能识别配体这一类的元素符号。你可以自己写脚本补全。根据你给的vis.gro我传一个转换 ...

这次就完美啦，这次知道原因啦，也知道解决的方法啦，非常感谢耐心的讲解。

libo371324

liuyuje714 发表于 2021-1-5 16:51
gromacs的这些工具不能识别配体这一类的元素符号。你可以自己写脚本补全。根据你给的vis.gro我传一个转换 ...

您是用什么样的脚本补齐的呢

liuyuje714

libo371324 发表于 2021-1-5 18:48
您是用什么样的脚本补齐的呢

你会哪种语言就用那种。基本思路就是根据原子名猜测，比如pdb中前面有一列是原子类型名，比如HE1，那么你可以认为这就是取第一个字符作为元素名(当然也可能是He元素，取决于你的实际体系，容易混淆的元素名还有CA, HG, CE,CD等等其具有两个字符代表的特殊元素，这些判断方式都取决于你的实际体系)