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[新手求助] 关于DNA碱基三联体的结构优化

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大家好,我有一个体系是由DNA的碱基配对的三联体组成约有200个原子,要对其结构进行优化,看了一些介绍如果使用Gaussian进行优化耗时比较长,问一下有没有其他合适的软件可以进行结构优化的?还有该怎么搭配泛函和基组才能得到较为理想的结果?

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发表于 Post on 2021-1-5 10:13:25 | 只看该作者 Only view this author
用ORCA优化,先用GFN2-xTB做初步优化,然后用B97-3c之类的方法做精细优化。
注意要显式考虑第一配位层的水,外面的水用隐式溶剂模型描述,并且考虑适当加入一些配阳离子。更严格的做法是用QM/MM,用MM描述水和配阳离子,但那样门槛可能高一些。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 10:36:38 | 只看该作者 Only view this author
谢谢您的指点,问一下,对溶剂和离子的处理需要在GFN2-xTB初步优化时就加入么?还是精细优化时再考虑溶剂和离子?

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发表于 Post on 2021-1-5 13:53:33 | 只看该作者 Only view this author
Yikan 发表于 2021-1-5 10:36
谢谢您的指点,问一下,对溶剂和离子的处理需要在GFN2-xTB初步优化时就加入么?还是精细优化时再考虑溶剂和 ...

GFN-xTB预优化的时候就可以考虑
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-5 15:00:00 | 只看该作者 Only view this author
谢谢卢老师!

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