Gaussian16中断提示 addr2line: 'g16': No such file和运行DL-FIND ERROR

naxiangzi

ENV:Centos8.5 +Gaussian16C +  chemshell3.7 + Module load加载

1. 命令行输入 g16, 然后按 ctrl + c, 提示如下, 是不是哪里没有安装好,还是本来就是这样,

1. Entering Gaussian System, Link 0=g16
   
2. ^CError: interrupt
   
3.    rax fffffffffffffffc, rbx 000014858e0be9c0, rcx 000014858ddec5a5
   
4.    rdx 0000000000000400, rsp 00007ffd6a389938, rbp 0000000000000d68
   
5.    rsi 0000000033108b60, rdi 0000000000000000, r8  000014858e0bf6e0
   
6.    r9  000014858e0c0860, r10 000014858ec22680, r11 0000000000000246
   
7.    r12 000014858e0ba880, r13 000014858e0bb3c0, r14 000014858e0bb3c0
   
8.    r15 0000000000000000
   
9. addr2line: 'g16': No such file
   
10.   /usr/lib64/libpthread.so.0(+0x12c20) [0x14858e458c20]
    
11. addr2line: 'g16': No such file
    
12.   /usr/lib64/libc.so.6(__read+0x15) [0x14858ddec5a5]
    
13. addr2line: 'g16': No such file
    
14.   /usr/lib64/libc.so.6(_IO_file_underflow+0x148) [0x14858dd7c418]
    
15. addr2line: 'g16': No such file
    
16.   /usr/lib64/libc.so.6(_IO_default_uflow+0x36) [0x14858dd7d576]
    
17. addr2line: 'g16': No such file
    
18.   g16() [0x1614468]
    
19. addr2line: 'g16': No such file
    
20.   g16() [0x1614fca]
    
21. addr2line: 'g16': No such file
    
22.   g16() [0x161057e]
    
23. addr2line: 'g16': No such file
    
24.   g16() [0x44c496]
    
25. addr2line: 'g16': No such file
    
26.   g16() [0x439f55]
    
27. addr2line: 'g16': No such file
    
28.   g16() [0x4108c7]
    
29. addr2line: 'g16': No such file
    
30.   g16() [0x40f9a4]
    
31. addr2line: 'g16': No such file
    
32.   /usr/lib64/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x14858dd22493]
    
33. addr2line: 'g16': No such file
    
34.   g16() [0x40a0e9]
    
35. Aborted (core dumped)

复制代码

文件连接都正常, 但终止会报错,

通过 busb 提交作业, 会报Energy evaluation failed




2. G09 终止会报 traceback not available, 但通过  busb 调用 , 运算没有报错

1. Entering Gaussian System, Link 0=g09
   
2. ^CError: interrupt
   
3.    rax fffffffffffffffc, rbx 0000152a1b7659c0, rcx 0000152a1b4935a5
   
4.    rdx 0000000000000400, rsp 00007ffc03ed8a08, rbp 0000000000000d68
   
5.    rsi 0000000007298a50, rdi 0000000000000000, r8  0000152a1b7666e0
   
6.    r9  0000152a1b767860, r10 0000152a1bf36400, r11 0000000000000246
   
7.    r12 0000152a1b761880, r13 0000152a1b7623c0, r14 0000152a1b7623c0
   
8.    r15 0000000000000000
   
9.   --- <font color="#ff0000">traceback not available</font>
   
10. Aborted (core dumped)

复制代码

以上 g09,g16命令行测试全通过.
代码如下

1. %Mem=512MB
   
2. %NProc=1
   
3. #P HF/6-31G(d) Test
   
4. 
   
5. Test calculation
   
6. 
   
7. 0 1
   
8. H
   
9. H 1 0.74
   

复制代码

Uus/pMeC6H4-/キ

在slurm集群上操作时，应将资源分配设定、module load调用指令、Gaussian运行指令（指南写了）等写在提交作业的脚本上，使其提交的计算任务在专业计算节点而不是用户登录节点上运行。此时也不牵扯什么chemshell的事情。只写g16或者g09而不指定输入文件的话，启动的Gaussian不知道你想做什么只能干等着，这会强行用ctrl+c中断任务当然就报一堆错。

naxiangzi

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-4-24 13:51
在slurm集群上操作时，应将资源分配设定、module load调用指令、Gaussian运行指令（指南写了）等写在提交作 ...

谢谢老师指点,第1点, 强行终止, 虽会报错, 但g16怎么会提示文件找不到,不知是不是没安装好, 因为 g09不会提示文件找不到

Uus/pMeC6H4-/キ

naxiangzi 发表于 2025-4-26 15:06
谢谢老师指点,第1点, 强行终止, 虽会报错, 但g16怎么会提示文件找不到,不知是不是没安装好, 因为 g09不会 ...

对照http://sobereva.com/439提到的环境变量等配置，检查g16和g09对应的两个module file是否合理，有没有考虑到1.4节第(5)问专门解释的两个版本所需配置可能冲突。（注意这篇博文修改.bashrc是因为其Gaussian使用场景为单机安装运行，但对你这种在slurm集群使用Gaussian的场景，应该修改的是module file而非任何一个用户或任何一台机器上的.bashrc。）