求助：离子体系中没有库仑力相互作用

WUXIAOWEN · 发表于 Post on 2021-1-6 10:37:33

我的体系是这样的：GA3H（离子形式，两个负电）。AT3(分子)，加入了等量的正电荷保持体系电中性。
模拟结束后，使用gmx energy计算GA3H和AT3之间的库仑力作用，结果始终为0，但计算整个体系的库仑力是有结果的。
在mdp文件中关于库仑力的设置如下：
coulombtype             = reaction-field
rcoulomb                = 1.1
epsilon_r             = 15 ; 2.5 (with polarizable water)
epsilon_rf             = 0
vdw_type                = cutoff ;(for use with Verlet-pairlist)
rvdw                   = 1.1 ;(for use with Verlet-pairlist)

难道是分子和离子之间没有库仑力相互作用吗？还是我mdp文件设置的问题。
看过关于离子体系文献中使用的coulombtype多为PME或Ewald，两种方法耗时非常长，于是采用了常规的R额action-field，是这里出现的问题吗？
希望老师可以解答一下。

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-7 00:46:42

reaction-field在现在来看是明显非常规的做法，现在计算机运算能力已经远远强于反应场流行的年代了，没有什么理由还用这种方式考虑静电作用

WUXIAOWEN · 发表于 Post on 2021-1-8 11:25:13

sobereva 发表于 2021-1-7 00:46
reaction-field在现在来看是明显非常规的做法，现在计算机运算能力已经远远强于反应场流行的年代了，没有什 ...

老师，我用R-F进行模拟耗时大概是8-10h，用Ewald或者PME耗时大概两周，运算非常缓慢，所以就用了R-F。请问老师不同的方法在结果上会有很大的差别吗？

k64_cc · 发表于 Post on 2021-1-8 17:04:24

WUXIAOWEN 发表于 2021-1-8 11:25
老师，我用R-F进行模拟耗时大概是8-10h，用Ewald或者PME耗时大概两周，运算非常缓慢，所以就用了R-F。请 ...

这差距太超现实了，你PME怎么设的？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-9 04:03:29

WUXIAOWEN 发表于 2021-1-8 11:25
老师，我用R-F进行模拟耗时大概是8-10h，用Ewald或者PME耗时大概两周，运算非常缓慢，所以就用了R-F。请 ...

差别大了去了。
用反应场是个严重会被吐槽的点，大概率审稿人会举出此方法的不足，并让你论证和理性，到时候你还得拿PME重算
Ewald毫无必要考虑，PME效率高得多

freemangran · 发表于 Post on 2021-1-15 10:02:14

sobereva 发表于 2021-1-9 04:03
差别大了去了。
用反应场是个严重会被吐槽的点，大概率审稿人会举出此方法的不足，并让你论证和理性，到 ...

卢老师，我想知道我跟楼主用的是martini-CG力场，这个力场对静电的处理从定义上就是不精确的，我在官网提供的模板里面也是看到推荐使用cutoff和RF来处理长程作用，我想知道这种情况下也是需要使用现在流行的PME吗，而且PME在计算时长上也是RF跟cutoff的数十倍。

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-16 01:30:08

freemangran 发表于 2021-1-15 10:02
卢老师，我想知道我跟楼主用的是martini-CG力场，这个力场对静电的处理从定义上就是不精确的，我在官网提 ...

原文参数化时候用什么方式就用什么方式

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