文献中氢键存在百分比，重现不出来

chenbq18 · 发表于 Post on 2022-1-27 20:12:02

老板, 让我重复文献中的案例，相关的初始结构，运行文件，分析文件都是从github上下载的(没有任何改变)。但是计算出来的氢键在轨迹中存在的百分比，怎么都和文献不符。有些文献中报道有49%的占比，我却实际算出来不到10%？

请教各位老师，MD可能重现性不好，但这么大的误差（定性的差别）可能什么原因？从轨迹中每隔不同的时间提取轨迹，会影响这种氢键占比吗？
快奔溃了，老板不懂计算，总简单就认为我自己不细心的原因，但我的确完全按原文件算的。实在找不出原因了…………
希望各位大佬，多多给出可能的原因，感谢

所有相关文件地址：https://gitee.com/chenbq479/Glycoinsulin_project/tree/master

hebrewsnabla · 发表于 Post on 2022-1-28 19:55:01

你给的链接是gitee，不是github。

为什么不在gitee上直接问作者呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-28 21:57:59

直接找原作者要来原始输入文件一对比不就完了。某文章数据重复不出来总是首先应当发邮件问通讯作者。

chenbq18 · 发表于 Post on 2022-1-29 09:41:57

hebrewsnabla 发表于 2022-1-28 19:55
你给的链接是gitee，不是github。

为什么不在gitee上直接问作者呢

从github上搬运到gitee上的。github issue关闭了，没法提问

chenbq18 · 发表于 Post on 2022-1-29 09:44:10

sobereva 发表于 2022-1-28 21:57
直接找原作者要来原始输入文件一对比不就完了。某文章数据重复不出来总是首先应当发邮件问通讯作者。

所有原文件都放在github上了，我照着脚本一摸一样跑了一遍。
邮件发了，一直没有回复

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[GROMACS] 文献中氢键存在百分比，重现不出来

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