计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9164|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] g_sdf输出.dat文件如何读取?

[复制链接 Copy URL]

10

帖子

0

威望

37

eV
积分
47

Level 2 能力者

大家好,
我最近用Gromacs 4的版本的个g_sdf计算空间分布函数,但是他只能输出 .dat格式文件,根据说明推荐使用gOpenMol软件打开。

[size=14.6667px]The output will be a binary 3D-grid file (gom_plt.dat) in the .plt format that can be read directly by gOpenMol.

请问大家有没有用过该版本Gromacs或者了解VMD是否可以打开该文件,或者有什么其他的软件可以打开该文件呢?

谢谢各位!

10

帖子

0

威望

37

eV
积分
47

Level 2 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-6 19:18:07 | 只看该作者 Only view this author
可以通过更改dat格式为plt格式文件读取 谢谢

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2021-2-6 20:39:14 | 只看该作者 Only view this author
直接就能输出cub文件,用VMD看等值面就完了。VMD也自带了volmap可以产生空间分布函数,还支持高斯函数平滑化,比g_spatial效果更好。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

37

eV
积分
47

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-6 22:33:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-6 20:39
直接就能输出cub文件,用VMD看等值面就完了。VMD也自带了volmap可以产生空间分布函数,还支持高斯函数平滑 ...

Gromacs 4也可以输出cub文件吗?老师
VMD自带的volmap听上去很有意思,我试试

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2021-2-7 01:18:05 | 只看该作者 Only view this author
ShTa 发表于 2021-2-6 22:33
Gromacs 4也可以输出cub文件吗?老师
VMD自带的volmap听上去很有意思,我试试

就连3.x那个年代的版本都可以
VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14




北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-21 02:04 , Processed in 0.171691 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list