请问我在使用Amber创建参数文件时，运行sleap命令时，出现了电荷等问题，什么原因呢

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-7 16:13:26

各路大神大家好，我在windows下使用AmberTools+ACPYPE+Gaussian创建小分子GAFF力场的拓扑文件时，先使用Gaussview创建了mol2文件，然后运行“[size=1em]parmchk2 -i Lig.mol2 -f mol2 -o Lig.frcmod”命令，后在运行“[size=1em]sleap -f leap.in”命令时，出现了如图所示的问题，显示电荷不对，这是由什么原因造成的呢？该如何解决呢？是必须要进行拟合，其他软件如Pymol得到的三维结构，利用Gaussian转化为.mol2后没法直接用于Amber创建参数文件吗还是什么原因？

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-9 07:46:48

如果你是想产生gmx的拓扑文件，用不着这步，直接用acpype就完了，也不牵扯电荷问题。RESP原子电荷用Multiwfn直接算（http://sobereva.com/441）
Gaussian也没有转化为mol2的功能，分清楚Gaussian和gview

hddonghao · 发表于 Post on 2020-3-9 11:28:58

sobereva 发表于 2020-3-9 07:46
如果你是想产生gmx的拓扑文件，用不着这步，直接用acpype就完了，也不牵扯电荷问题。RESP原子电荷用Multiwf ...

非常感谢社长的回复。我想再问一下，如果要获得gmx的拓扑文件，直接用acpype时，该使用什么命令呢？我没看懂它的输入输出命令，如何用.pdf或mol2文件直接得到它的拓扑文件呢？新手一个，经验太少，恳请社长指教。

sobereva · 发表于 Post on 2020-3-11 12:17:58

hddonghao 发表于 2020-3-9 11:28
非常感谢社长的回复。我想再问一下，如果要获得gmx的拓扑文件，直接用acpype时，该使用什么命令呢？我没 ...

更多选项用./acpype.py -h查看。公社论坛里之前也有不少帖子问过使用问题，我回复过很多次，首页google框搜索可找到。

exity · 发表于 Post on 2021-2-27 09:50:43

有时候直接用GV存的mol2用acpype回花式报错，用antechamber直接把高斯out文件转化为mol2后再acpype就没问题了，可能是格式细节兼容问题。

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-2 02:05:50

exity 发表于 2021-2-27 09:50
有时候直接用GV存的mol2用acpype回花式报错，用antechamber直接把高斯out文件转化为mol2后再acpype就没问题 ...

会报错有一般有两种情况
1 有芳环的时候，gview保存的mol2里的Ar没手动改为ar
2 gview自动判断出一些非典型成键方式，此时保存的mol2里形式键级太特殊令antechamber无法处理。用antechamber把其它格式转成mol2的时候会自动把形式键级弄成符合标准Lewis式的情况，基于这样的mol2就没问题了

exity · 发表于 Post on 2021-3-2 08:14:54

sobereva 发表于 2021-3-2 02:05
会报错有一般有两种情况
1 有芳环的时候，gview保存的mol2里的Ar没手动改为ar
2 gview自动判断出一些非 ...

原来如此，我还以为是文件格式问题

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