gromacs教程结构在平衡过程中出现报错

Caca-line · 发表于 Post on 2022-2-25 17:35:54

在进行gromacs官方教程（蛋清溶菌酶）的学习中，进行到第6步平衡的过程中，出现错误提示如图1，请问是虚拟机配置的问题吗？应该如何修改
gromacs版本2018.8，虚拟接配制如图2.

牧生 · 发表于 Post on 2022-2-25 18:02:30

那叫做警示，不是报错。
虚拟机里面能跑的起来就行，我也不觉得你的贴图有明显错误。此外，我也不认为官方教程就很正确。

你可以试试用gmx mdrun -deffnm nvt -v，实时查看运行的步数，以及预计结束的时间。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-2-25 19:26:41

编译时没有指定SIMD。2018.8编译时探测CPU扩展指令集的功能有bug，不手动指定SIMD就会将其设为none，导致mdrun性能巨幅损失，此情况下运行mdrun会给出警告。

Caca-line · 发表于 Post on 2022-2-26 09:15:23

Entropy.S.I 发表于 2022-2-25 19:26
编译时没有指定SIMD。2018.8编译时探测CPU扩展指令集的功能有bug，不手动指定SIMD就会将其设为none，导致md ...

想问下如何手动指定SIMD呢？应该在哪个步骤进行设置呢？

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-2-26 10:46:27

cmake命令加入-D_GMX_SIMD=[支持的SIMD]，一般不是古董CPU都支持AVX2_256，不过虚拟机中不一定能用，试试就知道了。

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