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[GROMACS] 求助:伞状抽样报错

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楼主
各位老师好,小弟刚接触伞型抽样,采用gromacs沿反应坐标等距生成20个窗口后,对这20个窗口进行伞状抽样得到相应的umbrella.tpr文件和 pullf.xvg文件,将20个窗口的umbrella.tpr文件和 pullf.xvg文件按次序写入dat文件后,进行wham分析。随后报错。 报错文字及输入命令如下图1所示。      奇怪的是,为了验证我的umbrella.tpr和pullf.xvg文件是否有问题,我在dat文件中仅写入一个窗口的信息,程序正常执行,所得部分伞型如图2所示,我个人猜测可能是我dat文件写的有问题,但不知道问题在哪,恳请各位老师指点。

12312.png (76.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

图2:伞型

图2:伞型

123.png (19.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

图1:报错信息

图1:报错信息

pullf-umbrella.dat

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umbrella.dat

309 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4

信息不灭,熵永增

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-19 18:18:12 | 只看该作者 Only view this author
原因找到了,dat文件是在win下通过pycharm生成的,然后带到工作站里面去就会报错,如果直接在工作站里面运行就不会报错了。脚本如附件所示。

name.py

588 Bytes, 阅读权限: 10, 下载次数 Times of downloads: 8

信息不灭,熵永增

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发表于 Post on 2021-2-19 18:33:06 | 只看该作者 Only view this author
就是个换行符的问题,直接dos2unix也可以。

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