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[GROMACS] 请教关于tip4pew和tip5p水模型的构建过程,以及拟合力场参数的相关文献?

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楼主
最近对力场参数的拟合有点感兴趣,看了文献上引用的tip4p或者5p水模型的文章,貌似没找到介绍如何拟合力场参数并搭建这个模型的过程,请问相关的文章在哪里可以找到呢?另外需要拟合力场参数,应该从哪些方面入手呢?

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发表于 Post on 2017-10-7 06:22:33 | 只看该作者 Only view this author
原始文献:
TIP4P-Ew    http://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.1683075
TIP5P    http://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.481505
文章里都讲了拟合的过程。
水的模型除此之外还有很多种,个人认为没必要自己去拟合参数,除非是想练手。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-7 13:59:58 | 只看该作者 Only view this author
agent99 发表于 2017-10-7 06:22
原始文献:
TIP4P-Ew    http://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.1683075
TIP5P    http://aip.scitatio ...

嗯嗯,谢谢,不是想拟合水模型。因为也是想拟合力场参数,正好想到了tip5p,想看看他是咋拟合的,作为参考,哈哈~谢啦

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发表于 Post on 2017-10-7 19:48:10 | 只看该作者 Only view this author
不同体系涉及的力场参数拟合的策略差异是比较大的,一般体系的力场参数的获取,用水的策略作为参考没有太大可参考性,毕竟水一般当做刚性处理,而且涉及的要优化的参数很少。
相对来说,我建议看看TIP3P-FB的原文J. Phys. Chem. Lett. 2014, 5, 1885−1891,用到的优化参数的方法系统性、普适性较强。而且作者还专门提供了一个优化参数的程序可以下载。TIP5P比较烂,不仅用了五点模型,诸多性质模拟结果还不如TIP3P-FB好。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-8 21:06:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-7 19:48
不同体系涉及的力场参数拟合的策略差异是比较大的,一般体系的力场参数的获取,用水的策略作为参考没有太大 ...

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2019-10-19 23:48:53 | 只看该作者 Only view this author
谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2021-2-28 15:35:14 | 只看该作者 Only view this author
新手上路,求问用Gromacs模拟时提示没有TIP4P-ew,怎么处理?

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发表于 Post on 2021-3-2 02:10:50 | 只看该作者 Only view this author
Fmu 发表于 2021-2-28 15:35
新手上路,求问用Gromacs模拟时提示没有TIP4P-ew,怎么处理?

操作不对,说清楚怎么做的,直接贴报错
tip4pew.itp在gmx的top的一些力场目录下直接自带了,include就完了
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