求助：原子参数的书写格式

SpongeBob · 发表于 Post on 2021-3-1 10:16:52

关于gromacs说明书中atomtype有下图中的描述，我是否可以理解为不同的力场对原子有不同的组合规则？比如amber的GAFF力场应用σε组合，gromos力场应用c6，c12组合，oplsaa力场应用σε组合。

我通过ACPYPE得到了分子的GAFF力场文件，在使用gromacs进行模拟时，力场文件里面的atomtypes按照σε组合进行模拟是否正确，软件是否会将其误识别为c6，c12组合？

enthalpy · 发表于 Post on 2021-3-1 13:29:35

在gromacs软件中。关于这个的定义是在具体的力场包里头的forcefield.itp 文件 [defaults ] 定义：

比如gromos 力场

[ defaults ]
; nbfunc comb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 1 no 1.0 1.0

所以是不会混淆的。

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-1 15:10:29

SpongeBob · 发表于 Post on 2021-3-1 20:11:16

enthalpy 发表于 2021-3-1 13:29
在gromacs软件中。关于这个的定义是在具体的力场包里头的forcefield.itp 文件 [defaults ] 定义：

比如g ...

我明白了，谢谢！

SpongeBob · 发表于 Post on 2021-3-1 20:11:43

sobereva 发表于 2021-3-1 15:10

我明白了，谢谢Sob老师

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