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[GROMACS] 凝胶体系离子传输模拟问题

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我用GAFF力场跑凝胶体系的分子动力学,体系大概是这样的,但是这样子密度也不可能达到凝胶的密度,如果我想模拟凝胶里面离子传输的行为,我需要npt的过程中加压吗,加多少合适呢,凝胶的密度大概在30g/cm^3左右,我体系中有聚合物,水,有机小分子和离子


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发表于 Post on 2022-8-11 03:48:44 | 只看该作者 Only view this author
30g/cm^3的凝胶是啥做的。。。。
比饿晶体还大

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发表于 Post on 2022-8-11 05:07:29 | 只看该作者 Only view this author
显然得用NPT
压力和实际环境一致
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-11 09:12:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-11 05:07
显然得用NPT
压力和实际环境一致

老师您好,可是压力与实际环境也就是大气压一致没法让体系达到想要的密度,这样子去分析里面的离子传输现象可以得到想要的结果吗

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发表于 Post on 2022-8-11 16:20:18 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我也想请教一下分子动力学模拟凝胶体系时怎么控制密度

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发表于 Post on 2022-8-12 06:33:42 | 只看该作者 Only view this author
zzk 发表于 2022-8-11 09:12
老师您好,可是压力与实际环境也就是大气压一致没法让体系达到想要的密度,这样子去分析里面的离子传输现 ...

很可能是模型或者力场等因素有问题所致。
诸如力场很差,就是低估密度,然后你故意用很大的气压让密度和实际一致,明显说不通,审稿人肯定会质疑
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发表于 Post on 2022-8-12 06:34:51 | 只看该作者 Only view this author
chengsq 发表于 2022-8-11 16:20
老师您好,我也想请教一下分子动力学模拟凝胶体系时怎么控制密度

用压浴
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sobereva 发表于 2022-8-12 06:33
很可能是模型或者力场等因素有问题所致。
诸如力场很差,就是低估密度,然后你故意用很大的气压让密度和 ...

根据实验密度,整个模拟盒子,往里填相应数量的凝胶分子,然后跑nvt可否?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-12 11:19:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-8-12 06:33
很可能是模型或者力场等因素有问题所致。
诸如力场很差,就是低估密度,然后你故意用很大的气压让密度和 ...

是的老师,我用的是GAFF力场。步骤是按照比例往盒子里面塞分子,如果盒子太小,gmx insert-molecules就插不进分子,所以一开始的盒子比较大,然后跑NPT。跑完后得到的密度确实达不到凝胶的密度。
1.请问如果我密度没有达到凝胶的密度,这个体系还能用来描述离子在凝胶体系中的运动情况嘛?
2.如果不能描述,有没有更适合的力场推荐呢?
3.能不能跑NVT系综,往盒子里面塞很多分子让他密度达到凝胶的密度,然后统计离子的运动情况

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发表于 Post on 2022-8-17 18:00:24 | 只看该作者 Only view this author
zzk 发表于 2022-8-12 11:19
是的老师,我用的是GAFF力场。步骤是按照比例往盒子里面塞分子,如果盒子太小,gmx insert-molecules就插 ...

1 如果差得太多,可能会被质疑
2 看像样的文献里用什么力场

体系达到平衡前别用PR压浴
注意监控计算过程中密度的变化
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