关于生成nvt.tpr文件出现“file posre_Protein_chain_A.itp， line 34”问题

TOPGAO · 发表于 Post on 2021-3-3 18:09:12

我在做金属蛋白和小分子配体中生成nvt.tpr文件时出现”file posre_Protein_chain_A.itp, line 34”错误，具体如下：
ERROR 1 [file posre_Protein_chain_A.itp, line 34]:
  Atom index (34) in position_restraints out of bounds (1-33).
  This probably means that you have inserted topology section
  "position_restraints"
  in a part belonging to a different molecule than you intended to.
  In that case move the "position_restraints" section to the right molecule.

请问像这样的情况具体需要怎么改，为什么会出现这样的问题

naoki · 发表于 Post on 2021-3-3 18:59:35

把每个
#ifdef POSRES
#include "posre_XXX.itp"
放在相应#include "XXX.itp"后面，顺序对了应该就不会有这个报错了

TOPGAO · 发表于 Post on 2021-3-3 19:21:16

naoki 发表于 2021-3-3 18:59
把每个
#ifdef POSRES
#include "posre_XXX.itp"

我试一下，谢谢你

exity · 发表于 Post on 2021-3-3 21:18:08

不止一个配体分子的情况下，约束文件中的原子只需要一个分子的就好，不需要把所有分子都写进去

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-3 23:21:04

搞清楚基本逻辑，每个[ position_restraints ]字段是对它前面紧挨着的那个[moleculetype]而言的，include顺序不对导致字段出现顺序不对自然没法正常跑

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[GROMACS] 关于生成nvt.tpr文件出现“file posre_Protein_chain_A.itp， line 34”问题

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