求助运行pull.tpr文件出问题

gmx-xx · 发表于 Post on 2021-3-6 12:01:16

本帖最后由 gmx-xx 于 2021-3-6 15:33 编辑

请问大家为什么我运行pull.tpr文件的时候，提示我的体系电势能特别大，应该怎么解决呢？是因为没有进行能量最小化吗？
The total potential energy is 1.07439e+12, which is extremely high.
The LJ and electrostatic contributions to the energy are 1.07439e+12 and
-59769.3, respectively. A very high potential energy can be caused by
overlapping interactions in bonded interactions or very large coordinate
values. Usually this is caused by a badly- or non-equilibrated initial
configuration, incorrect interactions or parameters in the topology.

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-6 20:48:46

这是势能，不是“电势能”
大概率是体系中有不合理的接触。先做能量极小化再说

gmx-xx · 发表于 Post on 2021-3-6 20:53:32

sobereva 发表于 2021-3-6 20:48
这是势能，不是“电势能”
大概率是体系中有不合理的接触。先做能量极小化再说

那请问老师，如果我的pull.mdp文件里写了能量最小化的程序了，是最小化的时间不够长吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-7 05:34:48

gmx-xx 发表于 2021-3-6 20:53
那请问老师，如果我的pull.mdp文件里写了能量最小化的程序了，是最小化的时间不够长吗？

语义不明
pull是MD过程，不可能和能量极小化自动一起做。能量极小化也没时间的概念。搞清楚逻辑

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