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[GROMACS] 求助:如何控制模拟盒中的水分子数

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各位老师好,目前我在自学Justin的Gromacs教程, 目的是想用该软件模拟不同含水量下的蛋白运动,请问怎么控制盒子里的水分子数,实现不同含水量要求?

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发表于 Post on 2021-2-28 20:13:34 | 只看该作者 Only view this author
gmx solvate命令可以加-maxsol指定加多少水分子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-1 14:38:36 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,sobereva老师! 再请教一下,如果想用TIP4P-ew应该怎么做?在gromacs里没找到。

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发表于 Post on 2021-3-2 02:00:00 | 只看该作者 Only view this author
Fmu 发表于 2021-3-1 14:38
谢谢,sobereva老师! 再请教一下,如果想用TIP4P-ew应该怎么做?在gromacs里没找到。

solvate加水时候用tip4p.gro填充,然后引用TIP4P-Ew的itp文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-16 14:52:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Fmu 于 2021-3-16 14:54 编辑

file:///home/fanhongyang/%E5%9B%BE%E7%89%87/2021-03-16%2014-35-32%20%E7%9A%84%E5%B1%8F%E5%B9%95%E6%88%AA%E5%9B%BE.png
如图,前面在生成top文件时,没有tip4pew选项,后期用tip4p.gro 填充,不就是tip4p水模型了吗?然后怎么引用tip4pew.itp文件,是在能量最小化前吗?

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