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[GROMACS] 请教packmol填充DMSO的问题

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老师,我packmol操作没有问题了,我按您说的,把水的pdb里的残基名改成h2o,运行packmol结果正常,水可以被填充。但是我把dmso的pdb文件中的UNK改成dmso,运行packmol只填充dmso,结果总是报错,请问这是为什么,我哪里没有注意到。

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发表于 Post on 2023-6-20 20:12:13 | 只看该作者 Only view this author
弄清楚pdb格式的定义,google搜pdb format,搞清楚哪几列用于记录残基名,别随意改
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-7-16 23:12:01 | 只看该作者 Only view this author
谢谢,已学习!

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