求助，gmx计算相互作用能量

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-3-13 16:38:26

请教一下各位老师，gmx能像ms一样，统计动力学结束时体系的总能量和两组分子各自的总能量，然后作差求相互作用能量嘛。
如果采用gmx_rerun命令计算两个组间的相互作用能量，得到的相互作用能量单位为kJ/mol，这个每mol指的是每摩尔盒子，还是1mol的两组分子，比例和盒子里一样。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-3-13 17:23:46

给的是每摩尔当前体系的量。获得每摩尔单分子的值应当加上-nmol [盒子内分子数]
http://bbs.keinsci.com/thread-20801-1-1.html

xjp1127721434 · 发表于 Post on 2021-3-13 19:20:11

Lacrimosa 发表于 2021-3-13 17:23
给的是每摩尔当前体系的量。获得每摩尔单分子的值应当加上-nmol [盒子内分子数]
http://bbs.keinsci.com/t ...

谢谢老师

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助，gmx计算相互作用能量