关于amber隐水下MD的现象的疑惑？

tbw@zyc

如图，  特意没有设置ig=-1 发现蛋白会沿着一个方向移动（还有CL-)
一下是MD参数
Stage 2 equilibration 1 0-5ns,do 50ns
&cntrl
  imin=0, irest=1, ntx=5,
  nstlim=2500000, dt=0.002,
  ntc=2, ntf=2,
  ntt=3,  gamma_ln = 2.0,
  tempi=325.0, temp0=325.0,
  ntpr=500, ntwx=500,
  ntb=0, igb=1, iwrap=0,nscm=1,   ntwr=500, ioutfm=1,
  cut=999.,rgbmax=999.
/
END

###这里nscm我设置成1 手册意思是说 每一步都让  translation and rotation  reset to zero,以免在inpcrd文件中出现*****的溢出。 “The only reason to even reset the coordinates is to prevent
the molecule from diffusing so far away from the origin that its coordinates overflow the format used in restart or trajectory files.“ 但是 这里的CL- 与蛋白离的距离仍然越来越远，这样一直模拟下去的话还是会出现溢出的报错啊，希望大家交流指点下 先谢过了

sobereva

怎么有5个蛋白？
加Cl-的目的是什么？如果是作为抗衡离子，隐式溶剂模型下不用加它。
消除平动是对于整体而言的，所以依然可以分离得很远。

tbw@zyc

抱歉出差去了，现在才看到回帖
不是5个蛋白是 取的每5ns 最后一帧的图像，能请教"CL-作为抗衡离子，隐式溶剂模型下不用加"的原因吗？

sobereva

只有PBC计算才是要求必须把体系电荷平衡掉的，否则程序无法算。非周期性的隐式溶剂模型计算时没这个必要。你可以先尝试不加Cl模拟一下看看还是否平移。
由于有了隐式溶剂模型，蛋白和Cl-的静电相互作用很弱，而且起始温度又高，很可能吸引不住Cl-，导致自发地越跑越远。虽然设了消平动，但那是对于整个体系而言的。

tbw@zyc

” Born方程是指在某种介电常数ε的溶剂中，使其中半径为a的粒子带上q电荷所引起自由能的改变为0.5*q^2/ε/a“，这是您以前发过对GB概念描述的贴子，http://sobereva.com/42                   “非周期性的隐式溶剂模型计算时没这个必要。"  是说这几个CL-对常数ε没多大影响所以不予考虑吗？
可是不加的话我体系不就成带4库伦的电场体系了，这和实际不符合，不和理，请sob老师详细讲解下为什么没必要？

sobereva

tbw@zyc 发表于 2015-11-21 20:04
” Born方程是指在某种介电常数ε的溶剂中，使其中半径为a的粒子带上q电荷所引起自由能的改变为0.5*q^2/ε/ ...

ε是溶剂的特征，体现在你GB设定里，这和加不加Cl-完全无关。
GB非周期计算体系带+4电荷并无关系，因为用了GB模型描述水的时候，离子与蛋白的静电作用很大程度就抵消掉了，而且溶剂对电离态的蛋白的稳定化作用也已经充分体现了。在显式溶剂模型下模拟的时候，Cl-也不是一直粘在蛋白上而是经常四处乱跑的。PBC时必须加抗衡离子是因为不中和掉体系电荷没法以ewald/PME方式计算静电作用。

tbw@zyc

Sob老师，按您的意思，即使是带电体系在GB模型下得到的能量结果 和显水模型下的PBC也不会太大差距？

sobereva

tbw@zyc 发表于 2015-11-22 12:10
Sob老师，按您的意思，即使是带电体系在GB模型下得到的能量结果 和显水模型下的PBC也不会太大差距？

不是。GB下精度肯定不如显式溶剂模型下的（前提是MD跑的足够长）。GB下动力学模拟的轨迹也不如显式溶剂模型的可靠。