求助：多孔石墨烯过滤气体分子，为什么无法通过孔道

libo371324 · 发表于 Post on 2021-3-1 14:24:07

mdp文件中freezegrps = MOL，MOL是多孔石墨烯，求助！

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-1 15:18:20

感觉孔道偏小，用VDW方式显示就能看出来

此体系不要用EnerPres，原理上明显不适合

不要用h-angles

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2021-3-1 15:41:47

是和实验结合吗，你的孔径分布如何，在什么尺寸范围，是不是你建的模型这孔太小了，这直径也就0.5nm左右，在微孔里面都算小的

libo371324 · 发表于 Post on 2021-3-1 16:03:58

sobereva 发表于 2021-3-1 15:18
感觉孔道偏小，用VDW方式显示就能看出来

此体系不要用EnerPres，原理上明显不适合

用VDW看，的确小，不用h—angles限制，会出现原子单独存在的现象

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-1 16:09:35

libo371324 发表于 2021-3-1 16:03
用VDW看，的确小，不用h—angles限制，会出现原子单独存在的现象

如果h-bonds不能跑出来正常结果，几乎一定拓扑信息或参数有问题

bobosiji · 发表于 Post on 2021-3-2 10:56:04

sobereva 发表于 2021-3-1 16:09
如果h-bonds不能跑出来正常结果，几乎一定拓扑信息或参数有问题

如果用shake约束水分子的形状，h-angle比h-bond更合适吧，或者说更接近settle算法？

sobereva · 发表于 Post on 2021-3-3 01:31:17

bobosiji 发表于 2021-3-2 10:56
如果用shake约束水分子的形状，h-angle比h-bond更合适吧，或者说更接近settle算法？

没有理由不用SETTLE而刻意用其它方式约束水的刚性

libo371324 · 发表于 Post on 2021-3-19 19:13:20

灰飞的旋律发表于 2021-3-1 15:41
是和实验结合吗，你的孔径分布如何，在什么尺寸范围，是不是你建的模型这孔太小了，这直径也就0.5nm左右， ...

这算小的吗，我们老师还觉得太大啦，过滤氢气分子

liqhua · 发表于 Post on 2021-3-19 19:58:46

本帖最后由 liqhua 于 2021-3-19 20:07 编辑

我记得H2分子动力直径是2.9埃。gro文件中孔两个N之间的距离是3.77埃，再考虑上N原子自身半径，可能孔太小了。acc-grps的accelerate换算下来是多少MPa?

灰飞的旋律 · 发表于 Post on 2021-3-23 08:44:16

libo371324 发表于 2021-3-19 19:13
这算小的吗，我们老师还觉得太大啦，过滤氢气分子

有个行外的疑问，过滤一定是靠孔径大小拦截吗，可不可以是孔道内的吸附作用使氢气聚集，从而堵住孔道，让后面的任何气体分子都无法通过。而且如果都是小孔径，比氢气大的气体分子如何通过呢？

libo371324 · 发表于 Post on 2021-3-27 13:56:05

liqhua 发表于 2021-3-19 19:58
我记得H2分子动力直径是2.9埃。gro文件中孔两个N之间的距离是3.77埃，再考虑上N原子自身半径，可能孔太小了 ...

20MPa

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