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[GROMACS] 求助:做小分子二元体系能量极小化时分子散架

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打扰各位老师!刚接触gromacs的新手请教一个问题:在做三氯甲烷和四氢吡喃二元体系的能量极小化时,在VMD中发现大量散布显示的原子,应该是三氯甲烷结构散架了,如图所示。盒子内部和周边都能看到散原子。能量极小化本身是成功了的。请问为什么会出现这种情况?该怎么解决呢?附件中是使用到的分子结构及力场等文件,与能量极小化完成后的输出文件

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周围

周围

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内部

内部

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分子结构及力场

em.zip

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能量极小化结果

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发表于 Post on 2024-3-28 01:32:43 | 只看该作者 Only view this author
当前明明用的是基于GAFF的拓扑文件,干嘛引KBFF的forcefield.itp,显然应当引跟GAFF兼容的AMBER力场目录下的forcefield.itp
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-28 22:14:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-28 01:32
当前明明用的是基于GAFF的拓扑文件,干嘛引KBFF的forcefield.itp,显然应当引跟GAFF兼容的AMBER力场目录下 ...

sob老师,我换了amber03里的forcefield.itp和ffbonded.itp、ffnonbonded.itp重新计算,但情况并没有变化。附件里是使用到的力场文件,请问这要怎么解决呢?

输入文件.zip

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发表于 Post on 2024-3-28 23:34:27 | 只看该作者 Only view this author
百里荆途 发表于 2024-3-28 22:14
sob老师,我换了amber03里的forcefield.itp和ffbonded.itp、ffnonbonded.itp重新计算,但情 ...

C-Cl键的长度较长,VMD判断成键时可能会误判,造成显示错误。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-30 19:50:09 | 只看该作者 Only view this author
Frozen-Penguin 发表于 2024-3-28 23:34
C-Cl键的长度较长,VMD判断成键时可能会误判,造成显示错误。

原来如此,谢谢frozen老师!

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