[GROMACS] 求助小分子穿过磷脂双层的PMF牵引参数设置

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发表于 Post on 2021-4-10 15:55:27 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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想计算小分子穿过磷脂双层的PMF，使用如图所示的“pull code”设置，使用gmx2018，发现被freeze的“REF”分子坐标会改变，小分子并没有被牵引穿过双层膜。而使用gmx5.1.2，相同的设置，却是可以的。另外，根据sob老师的解答，尝试把质心消平动取消之后，在gmx2018中，虚原子freeze住了，但是小分子被拉动会使得整个脂质双层沿Z方向改变。不知道在gmx2018中，应该使用怎样的设置去做这个伞形采样？

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