gromacs里面对VMd导出.pdb文件去周期化后无坐标

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请教论坛各位老师，1.我在使用gromacs处理轨迹文件算MSD发现使用 gmx trjconv -f *****.pdb  -s out.gro  处理VMD和CP2K导出的PDB文件后 xtc文件中没有坐标
  2.我将轨迹文件存为xyz 再用帖子http://bbs.keinsci.com/thread-5808-1-3.html 中ruanyang老师的程序处理为PDB  到gromacs里面就可以求MSD  但是没有D 显示为：
Reading frame    1900 time    0.000   

Used 2000 restart points spaced 10 ps over 0 ps

Fitting from 0 to 0 ps

D[         F] -nan (+/- nan) 1e-5 cm^2/s


      我处理的是2000帧 共2ps   
gromacs只刚学了一点皮毛  就想用来求个MSD和D    主要是VMD算太慢了  受不了了.......希望论坛哪位大佬路过的时候解答一下我的问题  

lyj714

gmx msd默认的重启点间隔为10 ps，你轨迹总共时间才2  ps，显然不合适。用-trestart指定间隔，比如你用你的步长即可，比如1fs就用0.001即可

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lyj714 发表于 2021-4-11 11:44
gmx msd默认的重启点间隔为10 ps，你轨迹总共时间才2  ps，显然不合适。用-trestart指定间隔，比如你用你的 ...

您好 谢谢您的回复 按照您回复的信息 我在后面加上了   但是我试了一下  好像也不行.....msd结果是有的 但是D还是没有 不过您的回答给了我一点思路  我再去试一下

lyj714

12342234 发表于 2021-4-11 13:17
您好 谢谢您的回复 按照您回复的信息 我在后面加上了   但是我试了一下  好像也不行.....msd结果是有的  ...

不知道你用的pdb是不是标准gmx的格式，因为gmx有固定格式，特别是轨迹的每一帧时间都必须出现在每一帧最前面一行，记作t=   ，如果没有gmx是不知道你每一帧的时间的
举个例子，pdb格式轨迹的每一帧都必须有下列行:

1. TITLE     t=   0.00000

复制代码

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lyj714 发表于 2021-4-11 13:34
不知道你用的pdb是不是标准gmx的格式，因为gmx有固定格式，特别是轨迹的每一帧时间都必须出现在每一帧最 ...

确实不太一样
cp2k输出的开头
REMARK    Step 10001, time = 10001.000
xyz 转PDB的
REMARK The corresponding frame 1

lyj714

12342234 发表于 2021-4-11 14:48
确实不太一样
cp2k输出的开头
REMARK    Step 10001, time = 10001.000

写脚本自己改一下pdb

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lyj714 发表于 2021-4-11 14:57
写脚本自己改一下pdb

目前实力不济  没有那水平  能算出MSD  D我还是取斜率算一下吧   谢谢您的回复~

lyj714

12342234 发表于 2021-4-11 15:02
目前实力不济  没有那水平  能算出MSD  D我还是取斜率算一下吧   谢谢您的回复~

我不认为少了时间间隔，gmx得到msd曲线就一定正确。所以你最好按规矩来。

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lyj714 发表于 2021-4-11 15:40
我不认为少了时间间隔，gmx得到msd曲线就一定正确。所以你最好按规矩来。

找之前算过MSD的轨迹文件算了确认一下即可   我算过了 和MS算出的一致 只是没有D而已