铁基改性生物焦氧化Hg的电荷差分密度分析求助

秦宁 · 发表于 Post on 2021-4-10 18:22:05

sob老师，你好，我是做铁基改性生物焦将Hg(0)氧化成Hg2+，我的吸附能在343kj/mol，而且做了pdos'分析，我的O-Hg应该是成键的，但做了整个分子与每个原子的差分电荷分析，O-Hg键电子变少，我的Hg，Fe都是在pbe1pbe，sdd下单独跑的，您能看下出什么问题了吗？是不是氧的p轨道对称性的问题。

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-11 03:14:21

把Gaussian输入文件贴出来
“分子与每个原子的差分电荷”这叫变形密度图，并不适合当前的分析。当前应当用整体减去两个片段的密度来得到密度差图。把这种密度差图贴出来我看看。
和对称性没有任何直接关系

秦宁 · 发表于 Post on 2021-4-13 10:35:10

sobereva 发表于 2021-4-11 03:14
把Gaussian输入文件贴出来
“分子与每个原子的差分电荷”这叫变形密度图，并不适合当前的分析。当前应当用 ...

老师，我按照您说的做了片段间电荷差图，但是Hg-O间Hg附近电荷增加，但是Hg-O之间电荷缺失减少的，这与我分子模拟结果相反，应该是Hg-O成键的，我不知道怎么解释Hg-O之间的现象，对于Hg，我做wfn的时候，电荷和自旋多重度与原来大分子一样，（和原来一样就会报错），还是要依据Hg重新设置，我重新设置的电荷为0，自旋多重度1，是这个的原因吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-13 12:06:42

秦宁发表于 2021-4-13 10:35
老师，我按照您说的做了片段间电荷差图，但是Hg-O间Hg附近电荷增加，但是Hg-O之间电荷缺失减少的，这与我 ...

你的密度差图完全是错的，整体和片段坐标不对应
我在博文里明确强调了要恰当使用nosymm使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113

秦宁 · 发表于 Post on 2021-4-13 13:45:27

sobereva 发表于 2021-4-13 12:06
你的密度差图完全是错的，整体和片段坐标不对应
我在博文里明确强调了要恰当使用nosymm使用Multiwfn作电 ...

老师，我添加了nosymm，意思删去原子的时候，连前面的空格也不能删去吗？我是按照那篇博文H2O的二聚体做的

秦宁 · 发表于 Post on 2021-4-13 14:01:32

老师，做片段输入文件时，是用整体的输出文件保存后删去，再做输入文件，还是用整体的输入文件直接删去，再计算呢？我好像是这里出错了

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-14 07:06:42

秦宁发表于 2021-4-13 14:01
老师，做片段输入文件时，是用整体的输出文件保存后删去，再做输入文件，还是用整体的输入文件直接删去，再 ...

显然不能对片段再做优化，一优化明显结构就和整体不符了

秦宁 · 发表于 Post on 2021-4-14 11:38:21

sobereva 发表于 2021-4-14 07:06
显然不能对片段再做优化，一优化明显结构就和整体不符了

老师，我没有对片段在进行结构优化，我想问在计算片段单Hg时，电荷和自选多重度可以改吗，改了就又是我这样，Hg-O不成键，三个都是不优化只计算单点对么？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-14 12:55:15

秦宁发表于 2021-4-14 11:38
老师，我没有对片段在进行结构优化，我想问在计算片段单Hg时，电荷和自选多重度可以改吗，改了就又是我这 ...

只对整体的结构优化，片段直接用优化后的复合物结构算单点

Hg就设自旋多重度1，电荷为0就行了
Hg-O键离子性非常强，不要指望像共价键那样在成键区域有显著的电子增加

如果要证明成键，拿Multiwfn算个Mayer键级就行了
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

若要再讨论些本质，可以做AIM分析等，这里说了
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

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[波函数分析交流] 铁基改性生物焦氧化Hg的电荷差分密度分析求助