求助 请问如何读取gromacs每一步的坐标

lqhenwunai

请问如何读取gromacs每一步的坐标

liuyuje714

方法有很多种，一般如下：
1、对于二进制xtc/trr文件不了解的这类人，一般都通过gmx trjconv -f -s -o xxx.gro/xxx.pdb/xxx.g96等等把轨迹文件转换成直接地可读文本文件（也可以用gmx traj/gmx dump），然后进行坐标的提取（比如写点awk/shell/python）等。弊端就是速度慢，文件大，gro/pdb坐标精度低，建议如果用的trr全精度轨迹，使用g96格式最佳。
2、对于较为熟悉xtc/trr读取的这类人，一般直接通过写C/C++或者Fortran程序提取原子坐标即可
3、对于调库比较熟悉的这类人，直接通过python的第三方库进行调用来获得坐标，比如最常用的MDAnalysis和MDtraj
4、对于熟悉vmd的这类人，直接写tcl脚本即可

lqhenwunai

liuyuje714 发表于 2020-9-22 14:44
方法有很多种，一般如下：
1、对于二进制xtc/trr文件不了解的这类人，一般都通过gmx trjconv -f -s -o xxx ...

谢谢

少年爱吃地三鲜

liuyuje714 发表于 2020-9-22 14:44
方法有很多种，一般如下：
1、对于二进制xtc/trr文件不了解的这类人，一般都通过gmx trjconv -f -s -o xxx ...

我曾经看到过lammps的dump出来的轨迹文件，他是分一帧一帧的 很多个文件组成，请问gromacs如若导出类似的文件用什么命令？dump吗？我一直都是用mdanalysis  想学点正宗的做法

liuyuje714

少年爱吃地三鲜 发表于 2020-9-22 21:06
我曾经看到过lammps的dump出来的轨迹文件，他是分一帧一帧的 很多个文件组成，请问gromacs如若导出类似的 ...

gmx trjconv -f -s -sep -o traj.gro，这样就会有一系列以traj0, traj1，，，的gro文件产生，每一个文件代表一帧结构，这种做法的一个好处是还可以在命令后面附加一个-exec 的调用外部脚本或者程序操作来处理该帧轨迹统计你想要的数据。当然还有其他操作，比如生成全部轨迹gro，然后简单的shell脚本split一下。

少年爱吃地三鲜

liuyuje714 发表于 2020-9-22 21:18
gmx trjconv -f -s -sep -o traj.gro，这样就会有一系列以traj0, traj1，，，的gro文件产生，每一个文件 ...

感谢您的回复! 我研究研究!

jasonmayday

liuyuje714 发表于 2020-9-22 14:44
方法有很多种，一般如下：
1、对于二进制xtc/trr文件不了解的这类人，一般都通过gmx trjconv -f -s -o xxx ...

多谢指点