使用free-energy功能时，gmx能gpu加速吗

lybk13

本人计算小分子溶解自由能时，使用到了gmx的free-energy功能；根据官方教程六http://www.mdtutorials.com/gmx/，将平时的（integrator=）md模拟改成了sd，并添加了free-energy相关命令；
模拟过程倒是顺利，就是发现，gmx能够正常的调用1个gpu，但是在任务管理器中gpu的使用量是0；（平时md模拟是可以正常调用gpu加速的）
遂上网求助各位老师，使用gmx的free-energy功能是不是不能gpu加速？
贴出一个示例mdp：
define       = -DPOSRES
integrator   = sd      
nsteps       = 2000000
dt           = 0.002   
comm-mode    = Linear  
nstcomm      = 100     

nstxout                = 0   
nstvout                = 0   
nstfout                = 0   
nstxout-compressed     = 1000
compressed-x-precision = 1000
nstlog                 = 1000
nstenergy              = 1000
nstcalcenergy          = 100

constraint_algorithm   = lincs   
constraints            = all-bonds
lincs_iter             = 1        
lincs_order            = 4        
lincs-warnangle        = 30      
continuation           = yes      

cutoff-scheme   = Verlet
ns-type         = grid  
nstlist         = 20   
rlist           = 1.2   
pbc             = xyz   

coulombtype      = PME
rcoulomb         = 1.2
ewald_geometry   = 3d  
pme-order        = 4   
fourierspacing   = 0.16
ewald-rtol       = 1e-6

vdw-type                = PME            
rvdw                    = 1.2            
vdw-modifier            = Potential-Shift
ewald-rtol-lj           = 1e-3           
lj-pme-comb-rule        = Geometric      
DispCorr                = EnerPres      

tc_grps          = System           
tau_t            = 0.2              
ref_t            = 310              
pcoupl           = Parrinello-Rahman
pcoupltype       = isotropic        
tau_p            = 2.0              
ref_p            = 1.013            
compressibility  = 4.5e-05         
refcoord-scaling = com              

gen_vel      = no
gen_seed     = -1
gen_temp     = 310

free-energy              = yes                                                                                    
couple-moltype           = bla                                                                                    
couple-lambda0           = none                                                                                   
couple-lambda1           = vdw-q                                                                                 
couple-intramol          = no                                                                                    
separate-dhdl-file       = yes                                                                                    
sc-alpha                 = 0.5                                                                                    
sc-power                 = 1                                                                                      
sc-sigma                 = 0.3                                                                                                
init-lambda-state        = 0                                                                              
coul-lambdas             = 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.00 0.0 0.00 0.00 0.00 0.0 0.2 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0
vdw-lambdas              = 0.0 0.2 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.85 0.9 0.95 0.97 0.99 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0 1.0
nstdhdl                  = 100                                                                                    
calc-lambda-neighbors    = -1                                                                                     

wuzhiyi

用最新的2021的话 可以使用一部分 当然速度没有不用FE的快

lybk13

wuzhiyi 发表于 2021-4-14 05:04
用最新的2021的话 可以使用一部分 当然速度没有不用FE的快

也就是说，本人使用的2019.3版本的gmx是不能gpu加速fe的吗

k64_cc

用2021理论上可以，但是推荐使用其他的engine，跑alchemical method基本都比GMX快。