分子尺寸的测量求助

jnnn16

Multiwfn可以建立矩形盒子的方法来测量分子尺寸大小，我的工作中需要以两个原子最远距离定义为两个原子的向量（如黑图中的4.957A），之后对它进行两次旋转，之后用[0,1,0]和[0,0,1]计算该向量的角度，可以进行两次旋转，使该向量沿着[1,0,0]投影，最后，移动所有原子坐标，使上述向量的中点成为新原点，以D1>D2>D3的形式产生出来，结果为D1平方=D2平方+D3平方(如白图中的从box转为shoebox),请问该如何实现这种操作呢？非常感谢大家！

sobereva

看不太懂你的思路

Multiwfn主功能300的子功能7里面提供了丰富的几何操作功能，平移、旋转、让某俩原子间连线平行于某个笛卡尔轴等等都可以方便地实现，灵活运用应该就能解决你的问题

jnnn16

sobereva 发表于 2021-4-15 11:27
看不太懂你的思路

Multiwfn主功能300的子功能7里面提供了丰富的几何操作功能，平移、旋转、让某俩原子间 ...

Sob，非常感谢您的回复。我主要是想以两个最远原子的距离作为最长边D1（相当于晶体结构的a），与D1垂直的作为另一个边D2（相当于晶体结构的b），与D1D2垂直的作为D3（相当于晶体结构的c）,a⊥b⊥c，a平方=b平方+c平方，请问该如何实现这样的功能？

sobereva

如果你是想让最远的两个原子连线作为比如X轴，就用我说的功能里的5 Make a bond parallel to a Cartesian axis，然后输入这两个原子的序号，再选择X axis。或许之后还得再绕X轴旋转，我不清楚你的具体体系不好说，随机应变即可，Multiwfn里有3 Rotate selected atoms around a Cartesian axis or a bond选项可用