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[GROMACS] 求助Gromacs中无法给原子指定电荷的问题

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在我使用OBGMX上的UFF全原子力场生成top文件的时候,发现得到的top文件中原子电荷一栏全部为0,但是实际上我的分子是一个带2个正电的体系,请问如何正确地指定电荷量?

top文件和itp文件

我处理的分子是这样的:一个带2个正电荷的季胺分子套在环状的葫芦脲分子中

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发表于 Post on 2020-6-23 00:35:59 | 只看该作者 Only view this author
自己算原子电荷,写到[atoms]里电荷那一列就完了。
UFF没有严格的匹配的电荷,原文里虽然用QEq但对静电作用描述其实很渣。一般来说,用Multiwfn算的RESP电荷可以用。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-23 01:15:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-23 00:35
自己算原子电荷,写到[atoms]里电荷那一列就完了。
UFF没有严格的匹配的电荷,原文里虽然用QEq但对静电作 ...

非常感谢,那我试一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-23 01:18:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-6-23 00:35
自己算原子电荷,写到[atoms]里电荷那一列就完了。
UFF没有严格的匹配的电荷,原文里虽然用QEq但对静电作 ...

再请教一下,itp文件中的原子和高斯输出的原子顺序好像不太一样,有什么对应的方法吗?就是知道哪个原子在哪里

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发表于 Post on 2020-6-23 12:50:06 | 只看该作者 Only view this author
zhangzh 发表于 2020-6-23 01:18
再请教一下,itp文件中的原子和高斯输出的原子顺序好像不太一样,有什么对应的方法吗?就是知道哪个原子 ...

拿产生拓扑文件的工具处理后得到的结构文件算电荷,肯定顺序和itp一致
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-8-11 10:19:05 | 只看该作者 Only view this author
请问可不可以分享一下葫芦脲的pdb类结构文件(*╹▽╹*)

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