CP2K-7.1编译出错：vdwxc_init_mpi - not found

haibeih

大家好，最近在编译cp2k-7.1遇到一些问题，希望得到大家帮助！

我是根据刘老师 https://www.bilibili.com/video/BV1Y54y1e7Yx 的视频一步一步来编译的，系统是Centos8 （Linux version 4.18.0-193.14.2.el8_2.x86_64 (mockbuild@kbuilder.bsys.centos.org) (gcc version 8.3.1 20191121 (Red Hat 8.3.1-5) (GCC))）。gcc，g++， gfortran版本都是官网推荐的8.3.1。利用install_cp2k_toolchain.sh这个脚本来编译：


./install_cp2k_toolchain.sh \

--math-mode=mkl \

--with-openmpi=install \

--with-scalapack=no

但是到了安装SIRIUS的时候报错：

==================== Installing SIRIUS ====================

sirius_6.4.1.tar.gz is found

Installing from scratch into /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/sirius-6.4.1

ERROR: (./scripts/install_sirius.sh, line 130) Non-zero exit code detected.

...

*.log等重要输出文件已经上传，看起来好像是找不到vdwxc_init_mpi的问题，不知道怎么解决。

这是compile.log的最后一部分：

...

-- Checking for one of the modules 'elpa;elpa_openmp'

-- Found Elpa: /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/elpa-2019.05.001/lib/libelpa.a  

-- Checking for one of the modules 'libvdwxc>=0.3.0'

-- Looking for vdwxc_init_mpi

-- Looking for vdwxc_init_mpi - not found

CMake Error at /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/cmake-3.15.1/share/cmake-3.15/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:137 (message):

  Could NOT find LibVDWXC (missing: LIBVDWXC_LIBRARIES) (Required is at least

  version "0.3.0")

Call Stack (most recent call first):

  /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/cmake-3.15.1/share/cmake-3.15/Modules/FindPackageHandleStandardArgs.cmake:378 (_FPHSA_FAILURE_MESSAGE)

  cmake/modules/FindLibVDWXC.cmake:35 (find_package_handle_standard_args)

  CMakeLists.txt:198 (find_package)

...

这是CMakeError.log的最后输出：

...

Linking C executable cmTC_1450c

/opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/cmake-3.15.1/bin/cmake -E cmake_link_script CMakeFiles/cmTC_1450c.dir/link.txt --verbose=1

/opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/openmpi-4.0.1/bin/mpicc -O2 -ftree-vectorize -g -fno-omit-frame-pointer -march=native -m64     CMakeFiles/cmTC_1450c.dir/CheckSymbolExists.c.o  -o cmTC_1450c

CMakeFiles/cmTC_1450c.dir/CheckSymbolExists.c.o: In function `main':

/opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/build/SIRIUS-6.4.1/build/CMakeFiles/CMakeTmp/CheckSymbolExists.c:8: undefined reference to `vdwxc_init_mpi'

collect2: error: ld returned 1 exit status

gmake[1]: *** [CMakeFiles/cmTC_1450c.dir/build.make:87: cmTC_1450c] Error 1

gmake[1]: Leaving directory '/opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/build/SIRIUS-6.4.1/build/CMakeFiles/CMakeTmp'

gmake: *** [Makefile:121: cmTC_1450c/fast] Error 2

File /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/build/SIRIUS-6.4.1/build/CMakeFiles/CMakeTmp/CheckSymbolExists.c:

/* */

#include </opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/libvdwxc-0.4.0/include/vdwxc_mpi.h>

int main(int argc, char** argv)

{

  (void)argv;

#ifndef vdwxc_init_mpi

  return ((int*)(&vdwxc_init_mpi))[argc];

#else

  (void)argc;

  return 0;

#endif

}

本人新手，如果还需要提供什么资料请告知~谢谢大家了！

nicheal

Checking for one of the modules 'libvdwxc>=0.3.0'

没找到libvdwxc这个包， --with-libvdwxc=yes

不过还是建议不装sirius     --with-sirius=no

haibeih

nicheal 发表于 2020-9-2 10:26
Checking for one of the modules 'libvdwxc>=0.3.0'

没找到libvdwxc这个包， --with-libvdwxc=yes

谢谢你啊，按照你的方法 （--with-sirius=no \ --with-libvdwxc=install）试了下，虽然通过编译，但是测试cp2k却是失败的：
我在toolchain\里面输入：
cp /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/arch/* ../../arch/
source /opt/cp2k-7.1/tools/toolchain/install/setup
然后回到cp2k目录，依次输入：
make -j 112 ARCH=local VERSION="popt psmp"
make -j 112 ARCH=local VERSION="popt psmp" test
结果是完全失败的：
--------------------------------- Summary --------------------------------
Number of FAILED  tests 2789
Number of FAILED  tests 2789
Number of WRONG   tests 0
Number of WRONG   tests 0
Number of CORRECT tests 0
Number of CORRECT tests 0
Number of NEW     tests 0
Number of NEW     tests 0
Total number of   tests 2789
GREPME 2789 0 0 0 2789 X
Total number of   tests 2789
GREPME 2789 0 0 0 2789 X

Summary: correct: 0 / 2789; failed: 2789; 0min
Status: FAILED

--------------------------------------------------------------------------
Regtest took 29.00 seconds.
--------------------------------------------------------------------------

Summary: correct: 0 / 2789; failed: 2789; 0min
Status: FAILED
--------------------------------------------------------------------------

我编译的完整命令是：
./install_cp2k_toolchain.sh \
--math-mode=mkl \
--with-openmpi=install \
--with-scalapack=no \
--with-ptscotch=install \
--with-parmetis=install \
--with-metis=install \
--with-superlu=install \
--with-pexsi=install \
--with-quip=install \
--with-plumed=install \
--with-sirius=no \
--with-libvdwxc=install

感觉这个sirius很重要的~

nicheal

如果所有的测试都失败，通常不是cp2k的问题，你看看是不是在root下面运行的啊，如果是，openmpi在root下运行会直接出错.
修改tools/regtesting/do_regtest的24行
mpiexec="mpiexec --allow-run-as-root --bind-to none"

nicheal

https://www.bilibili.com/read/cv7375723
关于编译，可以看看这一些帖子

haibeih

nicheal 发表于 2020-9-5 19:58
https://www.bilibili.com/read/cv7375723
关于编译，可以看看这一些帖子

非常感谢你的帮助，按照你的要求试了下，编译成功了，但是测试仍然有很多失败，主要是并行运算的原因：

Summary of the regression tester run from 2020-09-04_23-09-23 using local popt
Number of FAILED  tests 594
Number of WRONG   tests 104
Number of CORRECT tests 2570
Number of NEW     tests 7
Total number of   tests 3275

--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.
--------------------------------------------------------------------------
EXIT CODE:  1  MEANING:  RUNTIME FAIL
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx

我用是mpirun (Open MPI) 4.0.2版本，不知道是不是版本的原因呢？

haibeih

问题已解决，编译器版本的问题~大家一定要按照推荐版本编译，祝好！

美式加糖

haibeih 发表于 2020-9-14 08:24
问题已解决，编译器版本的问题~大家一定要按照推荐版本编译，祝好！

想问下，请问你换到了哪一个版本的GCC?

haibeih

美式加糖 发表于 2020-9-15 10:25
想问下，请问你换到了哪一个版本的GCC?

官网推荐的9.3~另外也建议用Centos7吧，Centos8目前编译出来还是有些错误

美式加糖

haibeih 发表于 2020-9-15 11:02
官网推荐的9.3~另外也建议用Centos7吧，Centos8目前编译出来还是有些错误

好的，谢谢。我这边是centos 7.4和gcc9.3.0，但是在编译的时候出现报错还没解决。请问一下，你用的mkl是什么版本的

haibeih

美式加糖 发表于 2020-9-15 15:11
好的，谢谢。我这边是centos 7.4和gcc9.3.0，但是在编译的时候出现报错还没解决。请问一下，你用的mkl是 ...

你是什么错误啊，关于什么的报错？

我是2020版本的mkl（https://software.intel.com/conte ... ython-yum-repo.html），输入命令：
yum install intel-mkl-2020.0-088
source /opt/intel/compilers_and_libraries_2020/linux/mkl/bin/mklvars.sh intel64 ilp64

你的python也是gcc9.3.0编译的吗？若果不是也会有问题~

美式加糖

haibeih 发表于 2020-9-16 08:03
你是什么错误啊，关于什么的报错？

我是2020版本的mkl（https://software.intel.com/content/www/us/e ...

你好。我这里的报错是在最后cp2k编译阶段，我设置了mkl2015版，但是最后不知为何会去调用atlas-math。atlas-math要使用libgfortran.s.o.3,但是gcc-9.3已经更新到.5版本了，导致产生冲突报错。详情我也有发帖，但应该不是普遍问题，我正在尝试解决

我使用的python是用anaconda配置的，但好像目前问题不是出在这里。

haibeih

美式加糖 发表于 2020-9-17 16:15
你好。我这里的报错是在最后cp2k编译阶段，我设置了mkl2015版，但是最后不知为何会去调用atlas-math。atl ...

刚刚看了你的贴子，有些不成熟的建议：
（1）你试过mkl-2020吗？
（2）你的gcc，g++，和gfortran版本一致吗（输入gcc -v;  g++ -v; gfortran -v）
（3）觉得这种报错很可能是编译器的问题，建议你重新下载个python（https://www.python.org/downloads/release/python-385/），用gcc编译并且设置路径，然后再去编译cp2k。
我觉得重新来一遍比你纠结这个libgfortran.so.5的问题容易，因为即使你现在编译通过，我敢保证你接下来的tests肯定不理想。

美式加糖

haibeih 发表于 2020-9-17 17:09
刚刚看了你的贴子，有些不成熟的建议：
（1）你试过mkl-2020吗？
（2）你的gcc，g++，和gfortran版本一 ...

好的，非常感谢。
我昨天晚上也装好了mkl-2020，gcc我这边三个版本是可以确定的，都是9.3.0，python我也准备自己手动装一下

gog

谢谢各位大神。编译成功，没有plumed组件。该是够用了。
介绍下编译环境：
redhat 7，mkl-2020.4，devtool-9，显示是gcc-9.3
cmake-3.18.4，用官网提供编译好的二进制程序，路径加载就可以了，不用重新编译cmake。OpenMPI4.0.5，编译的时候，设置很多参数，具体configure帮助查看和设置。

ubuntu 18.4，gcc-7.5编译，也是没有plumed组件

详细查看了local.popt代码：popt不带第一性原理计算模块，psmp带有，但make时候，无法编译出来。
后面空了安排时间，尝试gnu+gcc+scalapack编译看。