求助，使用amber18的cpptraj从轨迹文件中提取rst文件缺少速度。

zzy329372570 · 发表于 Post on 2021-4-23 18:29:39

我想使用cpptraj从动力学轨迹文件中提取某一帧作为下一个动力学窗口的起始rst文件。指令操作如下：cpptraj
parm model.prmtop
trajin xxx.cdf 2000 2000 1
trajout 2000.rst7 restart
go
结果会生成一个2000.rst文件，但是我在使用这个文件进行下一步计算的时候，会报错，ERROR: I could not find enough velocities in 13.5.rst7
此外，用这个指令生成的rst7文件大小与动力学自动保存的rst文件大小也不同。
想请问下这是什么原因啊？应该怎么修改cpptraj指令呢？谢谢~！

zzy329372570 · 发表于 Post on 2021-4-23 18:38:18

更正一下，指令里的2000.rst7 跟报错中的13.5.rst7是同一个文件。文件名实际上是一致的，文中打错了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-23 21:20:16

zzy329372570 发表于 2021-4-23 18:38
更正一下，指令里的2000.rst7 跟报错中的13.5.rst7是同一个文件。文件名实际上是一致的，文中打错了。

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了

rpestana94 · 发表于 Post on 2021-4-23 23:03:07

As far I know, you need to specify to save velocities, check this two links, maybe can help you:

http://archive.ambermd.org/201904/0190.html

https://amberhub.chpc.utah.edu/trajout/

zzy329372570 · 发表于 Post on 2021-4-24 09:38:46

sobereva 发表于 2021-4-23 21:20
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

好的老师下次一注意

zzy329372570 · 发表于 Post on 2021-4-24 09:42:47

本帖最后由 zzy329372570 于 2021-4-24 19:12 编辑

rpestana94 发表于 2021-4-23 23:03
As far I know, you need to specify to save velocities, check this two links, maybe can help you:

...

Thank you very much! I tried to re-run the dynamics with the ntwv=-1 parameter.

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