研究配体和受体的相互作用中遇到的问题

黄舒伟

学生尝试了很多方法，但是实在愚笨，于是来此请教各位：
1：请问老师们，除了gmx pdb2gmx 以外，怎么在一个pdb文件添加H原子？从而使得H原子像pdb2gmx产生的gro文件一样和附近原子排列的顺序在一起，而不是像Avogadro和gaussview或者pymol一样添加的h原子都是只在末尾才补充。还是说一般都是手动调整的呢？或者是否有相关写入H的脚本呢？
2：还有想请问大佬们，如果研究配体和受体的相互作用（如1cvy  也即DNA和一个小配体），把配体扒下来用acpype生成拓扑和换成resp电荷后，怎么把它结合回到之前的受体上呢？因为发现这个时候两者的相对坐标乱了，想知道怎么把他们两个按照一开始初始pdb文件的相对位置去重新结合起来？
学生在此提前感谢各位大佬回复。

sobereva

1 就用pdb2gmx就完了。或者用诸如amber的leap
2 让acpype不要优化结构试试。把acpype.py里的self.ekFlag = ''改为self.ekFlag = '-ek maxcyc=0'。