请教无定形交联聚合物如何建模

naoki · 发表于 Post on 2019-7-24 15:21:41

本帖最后由 naoki 于 2019-7-24 15:30 编辑

想请教下有没有依托GROMACS的代码或者软件，可以实现交联聚酰胺初始结构的构建。LAMMPS可以用Polymatic，但是还想问问GROMACS有没有类似的操作。没有的话我就去学习LAMMPS了

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-24 15:27:05

用lammps的那个功能建模（我没用过），把结构导出来，放到gmx里跑就行了，速度会快得多得多

naoki · 发表于 Post on 2019-7-24 15:31:44

sobereva 发表于 2019-7-24 15:27
用lammps的那个功能建模（我没用过），把结构导出来，放到gmx里跑就行了，速度会快得多得多

谢谢Sob老师回答，我也是这么想的，GROMACS效率应该会高得多。这样的话也得先学习一下LAMMPS的基本操作了，谢啦！

naoki · 发表于 Post on 2019-7-24 15:46:24

sobereva 发表于 2019-7-24 15:27
用lammps的那个功能建模（我没用过），把结构导出来，放到gmx里跑就行了，速度会快得多得多

Sob老师，我想先请教一下，得到交联结构以后，GROMACS的拓扑文件怎么获取比较好呢

sobereva · 发表于 Post on 2019-7-24 16:31:50

naoki 发表于 2019-7-24 15:46
Sob老师，我想先请教一下，得到交联结构以后，GROMACS的拓扑文件怎么获取比较好呢

x2top

naoki · 发表于 Post on 2019-7-24 16:37:56

sobereva 发表于 2019-7-24 16:31
x2top

谢谢老师~

EdwardLimit · 发表于 Post on 2019-8-6 17:30:53

本帖最后由 EdwardLimit 于 2019-8-6 17:52 编辑

贴上一些相关的附件，我也在研究这个

naoki · 发表于 Post on 2019-8-7 12:41:45

EdwardLimit 发表于 2019-8-6 17:30
贴上一些相关的附件，我也在研究这个

谢谢！polymatic我差不多知道怎么用了，就是结构单元的LAMMPS data文件还没搞定

EdwardLimit · 发表于 Post on 2019-8-7 16:51:24

naoki 发表于 2019-8-7 12:41
谢谢！polymatic我差不多知道怎么用了，就是结构单元的LAMMPS data文件还没搞定

你直接用MS建结构单元，然后生成盒子，然后生成 car 和mdf文件，然后用msi2lmp生成date，然后改date不就行了.

naoki · 发表于 Post on 2019-8-10 12:56:22

EdwardLimit 发表于 2019-8-7 16:51
你直接用MS建结构单元，然后生成盒子，然后生成 car 和mdf文件，然后用msi2lmp生成date，然后改date不就 ...

polymatic聚合的时候需要提供单体聚合之后的分子的types文件，我MS下cvff力场生成了聚合后结构的car/mdf，准备转为LAMMPS data文件去获取atom types、bond、angle、drhedral等，但是cvff力场并没有区分连接前和连接后的linking atoms，都是同样的atom types命名，然后我其他键角二面角等参数都不知道怎么改了（2-3官能度交联结构），求指点。。。

EdwardLimit · 发表于 Post on 2019-8-11 12:47:18

naoki 发表于 2019-8-10 12:56
polymatic聚合的时候需要提供单体聚合之后的分子的types文件，我MS下cvff力场生成了聚合后结构的car/mdf ...

是这样的，没有成键之前的是需要自己定义的，自己用Ultraedit手改吧，如果你的体系含有需要成键的和不需要成键的原子类型相同建议用MS中的力场分配功能先分配一个自定义的力场，你可以上网搜搜怎么改MS里的力场。你说的成键后的键参数，我的建议是先在MS中做一个成键的体系然后生成DATE对比未成键体系看新生成了什么类型的键参数，然后添加到date和type文件中,type文件根据date手写就行了。

naoki · 发表于 Post on 2019-8-11 15:39:28

EdwardLimit 发表于 2019-8-11 12:47
是这样的，没有成键之前的是需要自己定义的，自己用Ultraedit手改吧，如果你的体系含有需要成键的和不需 ...

我自己改过MS中原子类型，但是到msi2lmp转换data文件的时候，我自己添加的原子类型程序识别不出来，参数都是零。不过我可以试试您说的生成成键的参数，然后对照未成键体系改。非常感谢！

tjuptz · 发表于 Post on 2019-8-31 09:16:34

sobereva 发表于 2019-7-24 16:31
x2top

老师，这种具有分支结构的聚合物pdb2gmx就不适用了吧

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-31 20:05:39

tjuptz 发表于 2019-8-31 09:16
老师，这种具有分支结构的聚合物pdb2gmx就不适用了吧

pdb2gmx只适合单元以一维方式连接，分叉的搞不了

苏玖染 · 发表于 Post on 2019-8-31 21:00:12

sobereva 发表于 2019-8-31 20:05
pdb2gmx只适合单元以一维方式连接，分叉的搞不了

分叉的可以搞，可以用specbond.dat形成特殊键，我也是才试成功的

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