求助：如何计算蛋白A链的RMSD

lucky2023

蛋白有A链和B链，准备分析A链在模拟中相对于第一帧A链的RMSD变化。
我定义了一个只有A链的组，之后输入命令 gmx rms -s em.tpr -f md_noPBC.xtc -o 1-5ntdrmsd.xvg -n 1dx5ntdss.ndx -tu ns，选项应该怎么选呢？
如果最小二乘法拟合Cα的话，是否要定义一个只有A链Cα的组？
Command line:
  gmx rms -s em.tpr -f md_noPBC.xtc -o 1-5ntdrmsd.xvg -n 1dx5ntdss.ndx -tu ns

Reading file em.tpr, VERSION 2020.3 (single precision)
Reading file em.tpr, VERSION 2020.3 (single precision)
Select group for least squares fit
Group     0 (         System) has  8966 elements
Group     1 (        Protein) has  8966 elements
Group     2 (      Protein-H) has  4533 elements
Group     3 (        C-alpha) has   579 elements
Group     4 (       Backbone) has  1737 elements
Group     5 (      MainChain) has  2314 elements
Group     6 (   MainChain+Cb) has  2858 elements
Group     7 (    MainChain+H) has  2858 elements
Group     8 (      SideChain) has  6108 elements
Group     9 (    SideChain-H) has  2219 elements
Group    10 (    a_7565-8966) has  1402 elements
Select a group: 4
Selected 4: 'Backbone'
Select group for RMSD calculation
Group     0 (         System) has  8966 elements
Group     1 (        Protein) has  8966 elements
Group     2 (      Protein-H) has  4533 elements
Group     3 (        C-alpha) has   579 elements
Group     4 (       Backbone) has  1737 elements
Group     5 (      MainChain) has  2314 elements
Group     6 (   MainChain+Cb) has  2858 elements
Group     7 (    MainChain+H) has  2858 elements
Group     8 (      SideChain) has  6108 elements
Group     9 (    SideChain-H) has  2219 elements
Group    10 (    a_7565-8966) has  1402 elements

sobereva

取决于你的目的，如果你就是指想靠alpha-C原子体现A链的骨架结构波动，那就对A链的这些原子专门定义一个组就完了，然后gmx rms里两次都选这个组