求助，蛋白与小分子复合物模拟，RMSD始终不稳定怎么办？

沐雨书生 · 发表于 Post on 2021-4-21 22:54:35

本帖最后由沐雨书生于 2021-4-22 20:29 编辑

大家好，我用54A7力场进行蛋白与小分子复合物的分子动力学模拟，现在已经模拟了近50 ns了，但是蛋白与小分子配体的RMSD始终没有平衡，一直在结合位点附近波动，请问是54A7力场不适合吗，还是版本问题（2019.6），目前的状态我还有必要继续跑下去吗？

DoubeeTwT · 发表于 Post on 2021-4-23 08:37:49

1. 确定你RMSD选择的原子列表。
一般情况下是默认选择氨基酸残基得C-alpha原子作为骨架，计算RMSD的。那你是想了解整个复合物的稳定程度还是，蛋白质的稳定程度，还是小分子的稳定程度，自己选择合适的原子构建原子列表。

2. 我默认你想了解的整个蛋白质的稳定性，那蛋白本身就是柔性的大分子，骨架C-alpha原子是会在一定范围内运动的。所以一般地，我们认为上下波动不要超过2A就是一个稳定的位置。

3. 我不知道你的体系构建是怎么产生的，如果是原本的空载蛋白通过对接的方式上载了一个小分子配体，蛋白质是需要一定时间的模拟来保证两者之间的平衡稳定的，因此可以适当延长时间至100ns看看趋势是否趋于稳定。

4. 如果趋势依然如此反复，我们可以看到再0.5nm和0.3nm处各有一段相对稳定的区域，可以考虑观察这两段区域，是否体系存在两个亚稳态，这两个亚稳态之间在相互跳跃。（PCA分析似乎也可以看得更明白一点）

5.最后如果都没有，那么确实可以考虑是力场的问题了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-23 12:54:25

光用RMSD曲线太抽象。结合轨迹图像分析，弄清楚跳跃对应什么。

沐雨书生 · 发表于 Post on 2021-4-26 08:06:58

sobereva 发表于 2021-4-23 12:54
光用RMSD曲线太抽象。结合轨迹图像分析，弄清楚跳跃对应什么。

轨迹显示小分子的构象在几种构象间跳动

沐雨书生 · 发表于 Post on 2021-4-26 08:10:38

DoubeeTwT 发表于 2021-4-23 08:37
1. 确定你RMSD选择的原子列表。
一般情况下是默认选择氨基酸残基得C-alpha原子作为骨架，计算RMSD的。那你 ...

C-alpha原子和小分子配体计算的RMSD

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-26 12:56:16

沐雨书生发表于 2021-4-26 08:06
轨迹显示小分子的构象在几种构象间跳动

也可以考虑其它力场诸如amber+GAFF
如果模拟结果现象类似，大概率说明实际中小分子就是有不止一种构象

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