求助，gromacs模拟小分子和蛋白作用，怎么证明该md的可靠性

karme · 发表于 Post on 2021-4-25 22:59:54

老师，我想用gromacs研究的是小分子和蛋白之间的非键作用。
我将小分子随机放在蛋白的盒子里，然后进行md，跑了100ns，大概十几ns后，蛋白rmsd基本就平衡了。
我怎么知道这次模拟的结果确实就是现实实验中发生的过程呢？
我该怎么证明该位置就是实际上蛋白和小分子的作用位置？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-26 13:56:35

光看蛋白的RMSD没用，还得看小分子的运动行为
如果陷入一个地方，而且跑非常长时间都不出来，说明至少是实际中很有可能稳定结合的位点（虽然不一定是最稳定的结合位点）

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-4-26 22:13:50

md跑完感觉也可以在做一个突变吧，看看亲合能是否有变，然后应该可以直接结晶，nmr实验来验证结合位点？直接实验能比模拟更客观

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