审稿意见求助

土拔鼠

请教一下大家，有两条审稿意见不太清楚该如何回答，谢谢

1. 我在MD中讨论了蛋白和溶剂环境的一些相互作用 审稿人提出“Further, the vibrational and rotational dynamicscan also be probed using time correlation functions.” 我不太清楚这个对于溶剂分子去计算“vibrational and rotational dynamics” 在Gromacs可以实现吗？还是需要自己写脚本分析

2.1 我在文中使用了社长博文73中根据概率密度 通过玻尔兹曼关系计算自由能的方法 审稿人提出“Further, authors should justify the free energy calculation approach as more versatile sampling methods like blue moon sampling or metadynamics are well implemented in Gromacs.” 这个方法的合理性我该怎么证明，我看很多文章也都在用这个方法，但是都没有详细的说这个方法的合理性。

2.2 而且这部分我其实就是想计算一下构象相对自由能（我的单位没有转为kJ/mol 直接用的kT），并比较一下不同体系间的区别，我也没有想去做特别精确的计算，想和各位老师学习下有没有好点的说法礼貌的回绝用其他方法做自由能计算的建议。

谢谢大家