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[GROMACS] npt系综下水中的蛋白模拟出现问题

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用gromacs根据教程跑水中的蛋白,模拟体系是一个蛋白和125个水分子在180K下npt系综下跑1ns。查看md.gro也没有跑散,但是查看密度,100ps-200ps间出现一小段等与0的情况,后面又稳定在一个新的值,但是跟预平衡时不一样。请问为什么会出现这种断点跳跃?这样的md结果怎么改正?

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发表于 Post on 2021-5-1 23:24:07 | 只看该作者 Only view this author
125个水分子也太少了,几乎不可能
没细节没法说,密度为0相当于盒子无限大,明显不可能
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-3 13:54:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Fmu 于 2021-5-3 13:58 编辑

因为需要模拟冻干蛋白的轨迹,所以我添加了很少的水分子,其余是按照教程操作,但是改变温度后,模拟常常不能稳定运行。增加到1000个水分子,在300K下,md.gro文件,会看到水和蛋白分离的情况,想知道这种会影响蛋白轨迹的准确性吗?

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