求助：关于使用伞形抽样计算PMF

SpongeBob · 发表于 Post on 2020-4-29 18:34:18

我在使用伞形抽样计算PMF的过程中遇到了一些问题求助一下大家。
1.在进行质心恒定距离模拟的时候，mdp文件中限制了在X方向的距离不变，但是在YZ方向同样会产生移动，从而会使得质心距离变化，这会不会对计算结果产生影响？
2.使用gmx wham计算PMF过程中，横坐标是质心间的直线距离还是限制方向（X）的距离。

diaok · 发表于 Post on 2020-4-30 09:45:10

看你想研究的反应坐标是什么，怎么采样的就怎么分析
质心距离不同的球面面积还会导致熵不同

好学 · 发表于 Post on 2026-3-13 18:06:57

请问能发一个计算PMF的完整教程吗,新手小白

Myth · 发表于 Post on 2026-3-13 18:22:46

mdp文件里面pull相关的设置贴出来，才能进一步分析你的问题。用gromacs通过伞取样计算自由能时，横坐标可以选择两个group的实际距离，也可以设置成x/y/z某个轴上的坐标差值，要看pull的部分怎么设置。

student0618 · 发表于 Post on 2026-3-13 18:38:47

好学发表于 2026-3-13 18:06
请问能发一个计算PMF的完整教程吗,新手小白

论坛搜索搜伞就可找到相关教程

GROMACS中伞型采样算法应用详解
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

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