QM/MM MD判断体系是否跑平稳的问题

16whzhengdn · 发表于 Post on 2019-6-25 21:15:51

我做QM/MM MD后，利用RMSD判断体系是否跑平稳，但根据http://bbs.keinsci.com/thread-1080-1-1.html去做，RMSD总是图2展现的样子，由于跑一次MD需要大概一个多月，我没有办法快速判断是哪里出错，请有经验的老师帮我看看，是我的MD脚本的问题，还是在VMD中设置的有问题

fhh2626 · 发表于 Post on 2019-6-25 23:51:41

先做align，再做RMSD，另外所有原子的RMSD没有意义，一般只做溶剂中的大分子（如蛋白质）

16whzhengdn · 发表于 Post on 2019-6-26 10:47:48

好的，谢谢您

agent99 · 发表于 Post on 2019-6-27 05:37:44

qm/mm的话，最好把qm部分的scf energy也画出来看看

xj1318850094 · 发表于 Post on 2020-11-30 16:44:32

请问你在跑完MD后，QM部分收敛了吗

16whzhengdn · 发表于 Post on 2021-6-25 10:37:17

xj1318850094 发表于 2020-11-30 16:44
请问你在跑完MD后，QM部分收敛了吗

收敛了的，Gaussian输出文件会显示Normal

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[Amber] QM/MM MD判断体系是否跑平稳的问题