公社群聊Q&A整理：2015.10.15 15 ~ 2015.10.21 20

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-14 15:49:19

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2015.10.15 15:52:22
Q:
应该写个问答机器人
把什么l9999之类的回答放进去
A:
这些事都应该高斯的客服处理
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2015.10.15 16:19:27
Q:
[图片]
一篇比较经典的pi-pi stacking 的文献
这篇文章以后依然有不少这方面的持续研究，我不知道最新的π-π堆积作为吸引力的最长距离。
A:
多远都有吸引，只不过稍远后就没有pi-pi stacking这种特殊性了，就当成普通的色散考虑就完了
Q:
那近到什么程度会体现为排斥呢？
A:
就是交换互斥超越了色散作用时。
比范德华距离加和近一点的时候还算是吸引，但近得太多，比如都接近共价半径和就排斥了
Q:
“pi-pi stacking 其实分pi-acidicity 和pi-basicity”
这种分法有个问题，如果是完全相同的分子，例如苯呢？尤其是完全面对面堆积。
拿到晶体结构之后最好先分析一下。例如环中心之间的距离以及环上一个原子到另一个环平面的距离。或者做Hirshfeld表面分析也可以。
A:
有结构的话，最好就是拿Multiwfn做个RDG分析，一目了然。懒得量化去算的话就基于promolecular来做RDG
Q:
假如是母体相同的芳香环，一个有推电子基团一个有拉电子基团，那么通过π-酸/碱作用形成完全正对的复合物也挺稳定的。而完全相同的分子，一般不容易完全正对。就像石墨的层间堆积。
A:
算
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2015.10.15 16:50:30
Q:
[图片]请问这该怎么办啊
A:
输入文件不对
Q:
输入文件是multiwfn输出的transdipmom文件，改的名字是NH3 sos
A:
产生的应当是SOS.txt，用这个来作为SOS计算的输入文件
[图片]
Q:
你意思是这个错误是由于用IOP（5/13=1）引起的吗
A:
DFT用那么大基组毫无意义，对于优化，6-311G**就足够了
不是，但不管是不是5/13=1的问题，都一律不许加！
[图片]
Q:
用6-31G时没有出错，但是需要做频率分析，提高基组就出现这样的错误了
A:
6-31G*足够了，至多用6-311G**。
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2015.10.15 17:08:14
Q:
sob老师您好，我目前制备出了一种有机硅的介孔材料，现在想模拟小分子通过这种介孔材料孔隙的情况，请问这个过程您建议我使用哪种软件比较好一点？
A:
违规一次，已记录
现在群快满了，两次违规一定踢
有机硅没怎么模拟过。lammps、MS估计都行，如果有合适的力场，更推荐gmx，速度更快
最好先搜搜文献，摸清楚相关研究用的力场
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2015.10.15 17:14:21
Q:
谢谢sob老师，我想就这个问题进一步请教您一点：请问对于这样的一个过程，需要考虑到分子动力学吗？我理解的是：孔径比分子要大，那么分子就可以顺利通过介孔材料的孔隙。如您所说，在这个过程中还需要考虑力场，那么会牵涉到动力学吗？
A:
需要啊，而且做动力学你得先确定力场
Q:
明白了。那请问sob老师，这个过程用MS来实现的话，您建议用哪个模块会更好一些呢？
A:
forcite
Q:
谢谢您~也就是说Gaussian不能完成这个模拟了，是酱紫么
A:
y
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2015.10.15 18:40:55
Q:
请问，基态为2重态的分子，计算其紫外吸收光谱，高斯手册说tddft计算只能是闭壳层，但实际计算开壳层也可通过。然而对2重态计算的激发结果，S**2很乱，原则上应该是0.75，但计算结果有的甚至两点多，可能是自旋污染？？这方面大家怎么处理的呢！！
另外，对基态2重态(或更高)的分子计算激发态，激发态多重度是不是也是2重态？请大神们指点。
A:
就取差不多0.75的那些输出（即对应二重态激发态的），其它的不管
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2015.10.15 18:44:30
Q:
谢sob老师的建议。
另外请问，如果要UV-vis光谱的话，也要剔除远离0.75的激发，然后自己重新拟合曲线么？
A:
显著远离0.75的振子强度应该很小，先检查一下。如果确实如此，不用管它们
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2015.10.15 18:51:02
Q:
sob老师，请问前面讨论吸附能大小和温度关系的问题，老师您怎么看呢？
A:
我没仔细看
和温度有关系是肯定的，焓变是温度的函数
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2015.10.15 19:01:30
Q:
想问问步长已经设为1了优化结束的时候也给出了那个最后的格言但是还是999错误怎么弄看能量已经稳定了
是不是可以算作收敛了
2015-10-15 19:00:32
[图片] 删除群动态19:00:46
A:
看偏离阈值多少
解决方法多的是
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.10.15 19:09:30
Q:
[图片]
从这张图上可以看出，上下两个原子之间各一个BCP，四个原子间一个RCP吗？
A:
色彩可读范围太大，不好判断，比如你用0~0.1，如果在左侧两个原子之间还看不到黑色部分，就说明没有BCP
Q:
[图片]像这样？
A:
我搜索过BCP，包括暴力搜索，没搜出来，像这种情况就说明左边两个Cu之间几乎有BCP，梯度已经非常小了，但是还是不够特别接近0，所以没当成BCP。
如果你把搜索的梯度阈值调宽点，或许能搜出来。
Q:
哦哦，抱歉，这是另一个模型。与给您看过的超分子异构体的晶体中提取出来的。
这个对应的是
[图片]
A:
这个很正擦
Q:
嗯，谢谢
不过对于这一系列模型，如果审稿人问RCP和CCP分别与什么原子关系最大，我答不上来。
下面又是另一个模型了。没有BCP但有RCP。我要用RDG确认一下。
[图片]
A:
最简单回答：离CP最近的原子关系最大
更定量一些讨论就算源函数
Y
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2015.10.15 19:23:46
Q:
做RDG等值面图，fchk与wfn的效果应该完全一样吧？
嗯，所以out=wfn也可以省下？
把chk转成fchk也挺快
A:
可
Q:
[图片]这就是我刚才提到的没有BCP但有RCP的，左右两边完全没有蓝黑。那应该确实没有BCP了吧？
A:
然
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2015.10.15 19:24:33
Q:
文中吸附能的定义[图片][图片]对于吸附能的计算好像是用结构的单点能给定的不是用焓给定的
A:
单点能=single point energy
哪说是单点能了
Q:
全文中都没有single point energy
那这个文中的single energy指的是？
A:
文中没说明，你用焓来算就没错
Q:
那么SOb老师，对于吸附能的计算可以用焓值来进行吗？
对于吸附这个问题设计的物质的能量，到底指什么呢？好像是我理解错了，不是单点能，但是什么呢?
A:
焓焓焓
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2015.10.15 19:57:18
Q:
sob老师，我计算的是小分子体系的弱作用，我想测试一下几种泛函的结果的优劣，用那个理论方法的结果作为基准，与泛函计算结果做比较？能给建议吗？
A:
金标准CCSD(T)
差点就用SCS-CCSD或者MP2.5
再差点就用DSD-BLYP
DSD-BLYP我是指带着D3的。不支持的话用PWPB95-D3也成
Q:
SCS-CCSD在09的A版本里有吗？
A:
无
Q:
那老师用CCSD怎么样？
A:
烂烂烂
Q:
谢谢
SOB老师，您说的MP2.5在那个版本上能用？
A:
算一次MP3能量，然后很简单手算就出来MP2.5了
[图片]
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2015.10.15 20:17:19
Q:
Sob老师，在Multiwfn手册中多次提到实空间函数，啥叫实空间函数？
A:
f(x,y,z)这种，函数值为标量
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2015.10.15 20:30:59
Q:
我参加了今年4月份的培训，好像当时没这个MP2.5,是8月份的培训班讲的，是吗老师
A:
对
每一届都会有很多改变
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2015.10.15 20:31:40
Q:
gaussian 09中scan 的如下写法是否有差异：（1）B 1 8 S 30 0.01 (2) B 8 1 S 30 0.01
即原子的顺序是否可以随便写，还是原子必须从小到大写？
A:
没差异，随便
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2015.10.15 20:34:38
Q:
老师您好，算旋光率 polar=optrot cphf=rdfreq，反应物和产物都是正的，TS却是负的，因为是笼子，所以不存在"摇摆",是不是计算错误呢？
老师您好，算旋光率 polar=optrot cphf=rdfreq，反应物和产物都是正的，TS却是负的，因为是笼子，所以不存在"摇摆",是不是计算错误呢？还是？
A:
不知道。你要真想弄清楚，可以对IRC上的点每隔几个算一次，看怎么变化的
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2015.10.15 20:37:16
Q:
老师，用MP2.5的能量时，用到的MP3能量是在MP3下优化，还是MP2构型下的MP3单点能
A:
[图片]
Q:
应该是单点吧？
A:
几何优化对级别没那么敏感，用好点的泛函，特别是双杂化泛函优化就足够了。那些高精度方法都只是做单点才用
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2015.10.15 20:40:41
Q:
老师，单点能到底是指的什么能量啊？是电子能量吗？
A:
电子能量+核互斥能
一般说的电子能量已经把核互斥能算进去了
即电子能量=单点能
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2015.10.15 20:49:32
Q:
請教sob老師 100個原子左右的Si C N O P體系用什麼泛函和基組合適？
A:
弱相互作用不显著时老爷车B3LYP/6-31G*就很好
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2015.10.15 20:50:26
Q:
[图片]用Gromacs跑nvt时遇到这个问题求指导=。=
A:
解决方法不都提示了么
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2015.10.15 20:51:50
Q:
大家伙，谁有MOPAC2012破解版吗，求发一份。
大家伙儿
[Emoticon]
A:
MOPAC又不要钱，自行申请，申请不下来再给你license
MOPAC2012安装方法
http://sobereva.com/262
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2015.10.15 21:14:04
Q:
sob老师，请问您刚才发的图片中“科因基础量子化学培训班”这个文件是免费公开的么？搜了好几个地方没有找到。
sorry “科音”
A:
培训班信息见www.keinsci.com
参加培训的人才有
群里只会在解答问题时偶尔帖几张相关的，要不然每次都打一堆字太麻烦
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2015.10.15 21:15:40
Q:
请问sob大神，我的构想搜索怎么停在这儿不走了啊？
[图片]
A:
别写g09w.exe，写g09.exe
Q:
可是换成g09.exe时，出现[图片]错误，变量我也指定了啊
A:
设GAUSS_EXEDIR
搜群聊，前两天说过
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2015.10.15 21:22:04
Q:
[图片]
A:
校正因子根本就不是那么用的
Q:
那是怎么用呢[Emoticon]
A:
scale关键词设校正因子，或者freqchk的时候指定校正因子，取得到的ZPE
Q:
[图片]
我想算出来自己修正
A:
用乘过校正因子的频率算ZPE和用原始频率算的ZPE再乘校正因子是一码事。
但是你算升温造成的焓增必须先对原始频率称校正因子，用freqchk搞
freqchk的使用示例讲义上都有
Q:
这个讲义上看到了，那我输入完了频率矫正因子就不用管那么多了吧，直接读取[图片]这个数值就可以了吗？
A:
不是啊
你用的是什么校正因子？ZPE的还是焓升温的？
Q:
我想两个都用
A:
不可能两个同时用
一次只能用一个，得到该得到的，结果相加
Q:
哦哦，还没具体操作过，比如我修正温升，得到的结果是修正后温升的ΔHvib吗？
A:
仔细看此文最后吧，半天也说不清楚
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
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2015.10.15 21:31:05
Q:
mdrun option -rdd or -dds
老师这个指令后面的-rdd 或者-dds指什么意思谢谢
A:
mdrun -h一看就知道了
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2015.10.15 21:31:26
Q:
[图片]请问这之后怎么输呢？
A:
手册不是有例子么，都写了
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
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2015.10.15 21:38:17
Q:
老师，请问MOPAC输入文件中如何设置温度呀？
A:
RTFM
Q:
关键词吗
老师，我还是不太明白，MOPAC输入文件设置温度的关键词和格式是如何的呀？
A:
RTFM啊
http://openmopac.net/manual/index.html
Q:
[Emoticon]老师，RTFM是关键词吗？我在您给的网页中的关键词里没找到呀
[表情]老师，RTFM是关键词吗？我在您给的网页中的关键词里没找到呀
A:
[图片]
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2015.10.15 21:40:36
Q:
sob老师，我的环境变量设置如图[图片]，setting设置如图[图片]，怎么环出现[图片]这样的错误呢，问题到底出现在哪儿了呢？
A:
设成d:\g09w
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2015.10.15 21:41:42
Q:
[图片]@奔跑的小花猪
A:
[图片]
图里“...具有最大波长的激发态”是错的
而且即便是具有最大振子强度，也不会准确对应lambda_max位置
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2015.10.15 21:44:23
Q:
前辈们，诱惑优化一个分子，一直出错：
出错有下面两种情况：
1. Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in /home/cc/g09/l502.exe at Sun Oct 11 00:50:28 2015.
Job cpu time: 0 days 6 hours 29 minutes 24.2 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 118 Int= 0 D2E= 0 Chk= 11 Scr= 1
2. Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /public/home/slgao/CCsoftware/g09/l502.exe at Mon Oct 12 04:32:36 2015.
Job cpu time: 0 days 20 hours 52 minutes 50.1 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 184 Int= 0 D2E= 0 Chk= 13 Scr= 2
有的在优化过中分子就堆在一起了，不知道怎么办。
下面是输入文件：
#p M062X/gen Opt=(maxcyc=300) SCF=(maxcyc=200,novaracc) Freq Nosymm
pN-mt-I2-4
0 1
C 0.28576500 -1.16206400 0.00010700
C 1.04732700 0.00984900 0.00001000
C 0.47205600 1.27960500 -0.00000500
C -0.91849700 1.37250000 0.00007400
C -1.70739500 0.21341000 0.00019500
C -1.10035100 -1.05319600 0.00019000
H 0.78294100 -2.12409100 0.00011600
H 1.10532800 2.15785900 -0.00008600
H -1.39369700 2.34987600 0.00006800
H -1.72971300 -1.93697800 0.00028000
N 2.52234300 -0.10030800 -0.00009000
O 3.17273600 0.94479300 -0.00011500
O 3.01009000 -1.23009100 -0.00003600
C -3.18935300 0.33910000 0.00038200
H -3.57281100 1.38073500 -0.00049000
O -3.98277185 -0.63765806 -0.00050177
I -5.85761893 0.02946082 0.00040499
I -8.36369594 0.92118755 0.00161703
基组部分def2-TZVP
A:
第一问
[图片]
第二问
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
如果堆一起是指原子坍塌到一起，说明没定义赝势
----------------------------------------------------
2015.10.15 21:45:47
Q:
我好久没用td了。一个疑惑，为什么输入写了singlet，输出里面还会有 Excited State 3: 3.000-A' 2.7887 eV 444.59 nm f=0.0000 <S**2>=2.000
这个态呢？
是不是有赝势没有用？ gen应该是genecp ？
A:
如果基态是0 1，默认就是TD=singlet，不会有那样的态的
如果基态是开壳层的，那写了singlet也没用
Q:
当基态是单重态的时候，PES应该单重态和三重态跃迁都算吧？
A:
取决于目的了
Q:
目的就是模拟光电子能谱呢？
----------------------------------------------------
2015.10.15 21:46:46
Q:
嗯，所以他结果里面的那个三重态的结果不知怎么来的。
A:
有实际输入输出文件一看就明白了
----------------------------------------------------
2015.10.15 21:48:43
Q:
我的输入文件是[图片]
A:
+1
----------------------------------------------------
2015.10.15 21:55:33
Q:
好吧！那个图是为了解释那些意思，我那个也就算一些很简单的激发态，一般考察的是f 不为0，同时波长比较大的。不对应的问题暂时没有！可能算的不多。谢谢指正！
A:
考察“波长比较大”并无意义，算UV-Vis谱得考察N多个
----------------------------------------------------
2015.10.15 21:59:02
Q:
sob老师开心开心：您看，做了四种键的离解焓计算，用了六种方法，结果相差略大[图片]...请问这些差值可以看做键离解焓的范围吗？
A:
很明显，CBS-QB3和M062X的结果很可信
可以说这四个键的键解离焓的所在范围
Q:
谢谢您也就是说，我这四个键的键离解焓可以将CBS-QB3与M062X的计算值定义为范围上下限么
A:
可
----------------------------------------------------
2015.10.15 22:01:04
Q:
老师我看了，但是区分不开哪一步是对ZPE的修正，哪一步是对温升的修正，老师您在指点一下
A:
你做完振动分析
1 用freqchk，输入ZPE校正因子，输出的ZPE就是经过校正的ZPE值
2 再用freqchk，输入焓升温校正因子，输出的焓的热贡献减去此时输出的ZPE，就是经过校正的焓升温值
然后1+2+电子能量，就是体系焓值
Q:
老师，系统会识别我输入的矫正因子是 ZPE的还是焓温升的？
A:
这是人的事
程序不可能知道这点
Q:
在多嘴确认一下，电子的能量数值就是我算的单点能的数值吧？
A:
y
----------------------------------------------------
2015.10.15 22:13:34
Q:
sob老师，mopac_path= "F:\molclus_MOPAC2012\molclus.exe"还是mopac_path= "F:\molclus_MOPAC2012\molclus.exe"，这两个哪一个正确？
A:
不一样么？
当然是mopac_path= "F:\molclus_MOPAC2012\MOPAC2012.exe"
不一样么？
Q:
mopac_path= "F:\molclus_MOPAC2012\MOPAC2012.exe"
A:
当然是mopac_path= "F:\molclus_MOPAC2012\MOPAC2012.exe"
MOPAC2012.exe在哪就指向哪，没必要非得和molclus放一起
Q:
但这个可执行文件好像在下载的文件里没有啊？
A:
自己下载啊
Q:
哦，谢谢
A:
MOPAC2012安装方法
http://sobereva.com/262
----------------------------------------------------
2015.10.15 22:21:45
Q:
sob老师，我也在算BDE,但是用的计算水平是b3lyp/6-311G**,后来一查，频率校正表里并没有这个计算水平下的校正因子。这样，是不是需要换过计算方法或基组呢？谢谢您
A:
看这个
J. Phys. Chem. A 2007, 111, 11683-11700
[图片]
弥散对于频率校正因子的影响微乎其微，用这个就行了
Q:
就是在ZPE和焓值校正都用0.9688么？
A:
不是，这是对基频校正的。那个文章里还有ZPE校正因子和焓升温校正因子，用相应的
----------------------------------------------------
2015.10.15 22:23:09
Q:
fortran练习题如下[图片]
出错如下
[图片]
求会诊
A:
你没声明len啊
我建议多习惯使用隐式声明，方便得多得多，我一般都用implicit real*8 (a-h,o-z)
Q:
implicit real*8 (a-h,o-z)
括号里面的a-h,o-z是什么意思，目前还没留意到
太好了，谢谢您！我去读一读。
A:
a-h,o-z开头的变量默认是real*8
----------------------------------------------------
2015.10.15 22:26:53
Q:
群主，做CDA的时候，体系是triplet，open-shell，要考虑电子自旋翻转，各种翻转组合都尝试了，好像还是错误。
A:
说明思路不清
一定要让片段的alpha电子数加和等于复合物alpha电子数，对beta也如此。
开壳层计算的时候，单电子都是算alpha的，反转的话就算beta了
Multiwfn载入文件的时候屏幕上提示了复合物和各个片段的alpha、beta电子数，注意考察
Q:
是否对片段的自旋和电荷定义不对造成的
A:
如果你怎么翻都对不上，那说明片段在计算时设定可能就不对
----------------------------------------------------
2015.10.15 22:43:20
Q:
请教gaussian生成fchk文件后有不该连接的原子之间连上了，而且俩原子隔的很远，怎么破解？我看过log文件，没有错。我需要画分子轨道图，如果有不该连接的原子连接上了会影响美观
A:
别用gview作图就完了，那个限制很讨厌，用Multiwfn或Multiwfn+VMD作图
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2015.10.15 22:56:14
Q:
sob老师，我的机子就是停在这不动，这到底怎么了啊？[图片]
好像也不是死机的缘故啊
A:
Sobereva(190258442) 21:15:40
别写g09w.exe，写g09.exe
Q:
您指的是环境变量里面吗？
A:
ini文件
Q:
ini文件
是？
A:
[图片]
这不都有例子么
Q:
改过来以后还是出现[图片]啊，[表情]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.15 23:09:43
Q:
老师，我就是按照您的方法改的[图片]，但在安装在D盘中的gaussian的可执行文件时[图片]的所以应该是d：\g09w\g09w.exe,而不是d：\g09w\g09.exe，我用两种方法都试过了，但还是不行
A:
哎呀！不是说让你指向所在目录么，不是让你指可执行文件
----------------------------------------------------
2015.10.15 23:10:10
Q:
你是写东西来着不？
从哪里能看到？
A:
can
----------------------------------------------------
2015.10.15 23:12:20
Q:
GLgoo系统繁忙了求大家推荐个的其他途径吧
A:
http://www.itechzero.com/google-mirror-sites-collect.html
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2015.10.15 23:14:25
Q:
用Gaussian可以算苯环上C-H键的键能吗？
有没有学习的资料推荐一下呢？
A:
[图片]
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2015.10.15 23:18:24
Q:
我在想算苯环的C-H键的键能时，去掉一个氢后剩下的部分是否还需要优化，还是保持构型进行但电能计算得出能量，再做相应的加减法求出键能？
A:
图上都写了，取决于目的
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2015.10.15 23:26:47
Q:
老师，用DS对接两个小分子之后，出现有pipi堆积和氢键作用，请问如何判断两个相互作用的大小呢？可以根据氢键距离和pipi堆积距离大小判断吗
A:
距离没用
做量化计算
Q:
因为两个分子在一起之后出现了两种作用，可以分开计算两种作用分别的能量？怎么算呢老师？
A:
氢键键能用AIM分析，BCP位置势能密度除以2就是大致的能量，看Multiwfn手册4.2.1节的例子
如果总能量就是氢键和pi-pi堆积，把氢键扣掉就是那部分
要么单独把两个芳香环拿出来作为模型体系算它们的堆积相互作用能
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2015.10.16 00:49:17
Q:
[图片]老师，这是不是说这个激发态是三线态呢？
A:
很勉强是，有一定自旋污染
Q:
老师，是不是三线态的转动强度用TDDFT计算是不能得到的，如果来讨论ECD UV光谱，遇到三线态是不很麻烦
A:
你看有没有转子强度的输出，有输出就能算ECD
Q:
我得到了ECD UV光谱而且和实验谱也能对的上，是不是就没有问题了？
A:
y
Q:
[图片][图片]老师，这是我在一篇文献看到的，是不是分子轨道会有不同的对称性，难道是说一个分子轨道会有两种对称性？比如图片中的47a和47b,我很疑惑
[图片][图片]老师，分子轨道的对称性和激发态的对称性就是有指这些吧？激发态就是singlet-A？我理解的对吗？
A:
alpha和beta轨道不匹配，不可约表示当然要单独说明
对称性就是那些
alpha和beta轨道不匹配，不可约表示当然要单独说明
对称性就是那些
Q:
老师，您能讲讲什么是alpha和beta轨道不匹配吗？是不是说即使这两个电子占据一个轨道，但是它们的分子轨道分属不同的对称性吗？也就是说其实他们只是轨道能量相近罢了，其实他们各自占据自己的轨道
A:
非限制性开壳层计算alpha和beta轨道感受的势不一样，自然形状、能量不匹配。除非体系本来就是闭壳层的而你当开壳层算
Q:
老师，如果是二价铜离子，是不是就是开壳层呢？
A:
奇数个电子都是开壳层的
Q:
我看我的体系也就是alpha 和beta电子在HOMO LUMO上会有所不同，而其他的占据和非占据轨道好像没什么区别，这个也是正常吗？
A:
y
Q:
老师，multiwfn能直接提取电偶极和磁偶极吗？我看好象可以直接提取跃迁偶极
A:
电偶极矩在单点任务末尾就有
没有磁偶极矩
Q:
激发态计算时会有磁偶极吧
A:
没有
Q:
[图片]
[图片][图片][图片]老师这些分别是跃迁电偶极钜，磁偶极钜，transition velocity dipole moments 是什么呢？
A:
跃迁电偶极矩、跃迁磁偶极矩、跃迁速度偶极矩
根本没有磁偶极矩
跃迁磁偶极矩和跃迁速度偶极矩在计算转子强度的时候才有用
Q:
R = μ·m=|μ||m|cosθ老师用到的是跃迁速度偶极矩不是跃迁电偶极矩呢?|μ|是跃迁电偶极矩吧？
A:
[图片]
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2015.10.16 01:42:22
Q:
[图片]老师，从优化好的输出文件中得到的这个电偶极的信息，应该是指整个分子的电偶极钜吧？单独的分子轨道会给出电偶锯吗？还是仅仅只有跃迁偶极钜呢？
A:
体系的电子对偶极矩的贡献是每个轨道偶极矩的加和
通过Multiwfn计算各个轨道的偶极矩
http://sobereva.com/251
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2015.10.16 01:43:16
Q:
我想在优化的时候向体系加一个质子，如何设定这个质子的电荷？
A:
不用设电荷啊，多放一个氢原子在那，电荷+1即可
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2015.10.16 01:46:23
Q:
求助[图片]优化分子，出现这个，意思是磁盘不够么？还是咋的？
A:
磁盘不够是可能原因之一
Q:
[图片]老师，这种情况该如何解决呢？
A:
没有万灵药
反复尝试找原因。但首先确定硬盘没写满
Q:
能否请问怎么查看硬盘满不满呢，这些东西了解太少，谢谢老师
A:
linux基础，一搜就有
Q:
好的
谢谢老师
那除此之外，还会有哪些可能原因呢
A:
关键词不对
程序bug
Q:
嗯好的，谢谢老师，能否麻烦老师帮我瞅一眼我的命令行是否有啥问题[图片]
A:
没问题
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2015.10.16 01:49:26
Q:
老师，所以说跃迁速度偶极矩只是跃迁电偶极钜的一个表象，[图片]您说的跃迁电偶极矩实际上就是长度表象吗？[图片]可不可以这样理解呢?
老师，在计算uv光谱时振子强度可以用来表示吸收强度的大小，是这样吗？振子强度有表达公式吗？
A:
第一问：是
第二问：是
[图片]
Q:
老师，这些ppt是您上课的内容吗？有网络教程可以买吗？
A:
是上课内容
无网络教程
Q:
您的课程一般几月份有呢？
A:
大概明年秋季，有可能在北京和其它某省份弄两场。目前还未定。
今年4月、8月已经办过两次了。平时留意群里通知就肯定不会漏过
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2015.10.16 01:57:43
Q:
老师，是不是单独的分子轨道偶极钜其实没有什么太大的用处？所以也没有必重深究
必要
A:
对
Q:
老师，自然键轨道NBO是不是一般情况下比如解释一下uv 和ecd 光谱也没有必要计算呢？
A:
根本一点用也没有
Q:
哈哈，好的，那我就放心啦
老师，激发态的分子轨道和基态优化以后的分子轨道应该是一样的吗？
A:
TDDFT没有激发态轨道这概念
相同几何结构下，TDDFT用的就是基态DFT的轨道
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2015.10.16 14:25:08
Q:
scs mp2的能量计算怎么算，请教各位
那个说明书？
A:
MP2计算的时候写上IOp(3/125=0333312000)即可
[图片]
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2015.10.16 14:25:08
Q:
请教各位，guess=mix 这一命令是做什么的
A:
这里写得很详细：谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2015.10.16 14:25:08
Q:
那说说，是什么理论
那双光子一般用什么方法？
双光子吸收过程是什么样的？先吸收一个光子跃迁到一个准激发态，然后再吸收一个光子到激发态？
A:
双光子合适的方法这里有讨论
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2015.10.16 14:25:08
Q:
13days的机时就这么浪费了。。。。有办法让CCSD(T)计算单点时从出错的地方开始计算么？
我知道单点不可以，但是刚才那个可是算了13天！怎么样避免这样的浪费呢？
提交作业时候尽量把maxcycle设置的足够大？内存和硬盘都设置的足够大？
A:
避免浪费最好的办法是选择合理的计算方法，而不是盲目地计算。
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2015.10.16 14:25:08
Q:
128圈不是默认的吗？
难道CCSD(T)的和普通方法的SCF默认轮数不同？
A:
CCSD(T)和SCF默认圈数不同
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2015.10.16 14:25:12
Q:
请教各位，我算19个原子，ROCCSD(T)，基组是6-311+G*。多大内存合适呢？
啊？这个基组不是挺好的吗？@乖娃娃恶意卖萌
我用高斯算，看文献用的是ROCCSD(T)/6-311+G(2df），我就想先试试小的基组6-311+G*。但是报错， Error termination via Lnk1e in /home[Emoticon]em/pmmp[Emoticon]emsoft/g09d01/g09/l913.exe at Fri Oct 16 05:10:31 2015.
文献中的基组是ROCCSD(T)/6-311+G(2df)
PBE0/Def2-TZVP
[图片]
[图片]我的输入文件
貌似mem太小了。。。。
嗯
[图片]我在木虫里查的说是内存不够，可是我也不知道多大合适，之前没有算过
%mem=50GW
%NProcShared=16
#p ROCCSD(T maxcyc=150)/6-311+G*
这样可以吗？各位大师
嗯，我试试。谢谢 @阿Q☆☆阿圈
A:
你用的那基组只配得上DFT，双杂化用都嫌低。不要盲目效仿文献，很多都是错的。
文献简直搞笑，居然给PBE0用的基组比CCSD(T)还好
你的出错是CCSD没收敛，但不代表圈数上限不够大（看收敛趋势而定）。也不是内存不够的问题
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2015.10.16 14:25:12
Q:
请教sob老师半经验方法中的总能量相对于生成焓还有参考的意义吗？
这个生成焓和从头算方法里面的焓有关系吗？
A:
半经验给出的生成焓和从头算的生成焓能对应。半经验不给出总能量，直接给出的就是生成焓。
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2015.10.16 14:29:11
Q:
还是谢谢了，不过不是初始构型的问题，我自己把问题解决了，呵呵问题是Link1，读路径的时候出错了，我最开始到处找什么原因，后来才发现我的E盘里面有昨天卸载时候留下的一个叫”E:\Program"这么个莫名奇妙的文件，应该是这个东西和我E:\Program Files....冲突了，所以GS在读路径的时候认不出来。我把这玩意儿删了，就没问题了。我是这样理解的哈，呵呵
A:
高斯都没找对l1的路径。建议你卸载后重装下，并且确保路径名没空格。
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2015.10.16 14:29:11
Q:
[图片]老师，这种轨道的归属，您觉得可靠吗？[图片]包括这些跃迁的归属，在发文章时会不会被审稿人怀疑他的可靠性呢？
老师估计睡觉啦
分子轨道的对称性A表示该分子轨道是对称的吗？
A:
不是指对称的。你看看Cotton的群论在化学中的应用，了解一下不可约表示、特征标表就明白了
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2015.10.16 14:29:11
Q:
请教一下大家，现在在国内买Gaussian 09应该找哪个公司？
A:
Zhang 绎模和墨灵格都代理
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2015.10.16 14:29:11
Q:
[图片]高斯计算粗错误在L103，我看手册是Berny优化到最小值和TS，STQN过渡态的搜索，以前也没遇见过这个，我的体系较大，用的B3lyp/genecp进行的计算，求教大家了
外加这个可以吗OPT=Cartesian
A:
就是用opt=cartesian
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2015.10.16 14:34:09
Q:
谢谢，已经解决了问题出在Link1，读路径的时候出错了，我的E盘里面有昨天卸载时候留下的一个叫”E:\Program"这么个莫名奇妙的文件，应该是这个东西和我E:\Program Files....冲突了，所以GS在读路径的时候认不出来。我把这玩意儿删了，就没问题了。我是这样理解的哈，呵呵
A:
没有空格的话，就自然不会出现这种问题
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2015.10.16 14:40:44
Q:
SOB老师，你在网上的帖子里讲的：
SCS-MP2校正能应当为1.2*-0.1496720103D+01 + 1/3*(2*-0.2551138229D+00)，加到HF能量上就是SCS-MP2能量。
和你发的ppt怎么不一致？
A:
一致
我让你用的IOp也没错
Q:
后一个括号里的2*有没有
哦！如果用了IOp就不用这个2*了吗
A:
那是高斯输出和公式形式上的差异
用了IOp，你直接取最后MP2能量就完事了
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2015.10.16 14:42:54
Q:
Sob老师，如果我要直接得到1000K下某体系热力学数据，如焓值。那么在高斯计算的时候输入#b3lyp/6-31G* freq=频率校正因子这个频率校正因子是关于焓属性的校正因子还是关于频率自身的校正因子？
A:
先用ZPE校正因子得到ZPE，然后再用焓升温校正因子得到升温造成的焓增加量，然后加在一起，再加到单点能上，就是你要的焓值。
Q:
高斯计算的时候，关键词里面不用输入scale=...吗？
直接由计算出来的结果，自己将结果乘以相应的校正因子？
A:
[图片]
你写scale关键词也行，freqchk的时候设校正因子也行，都一样。freqchk更方便
Q:
如果写scale关键词的话，就应该写针对频率自身的校正因子。如果用freqchk的话，关键词scale就不用写，直接在freqchk里面设相应的校正因子，得到相应的结果。这样的理解对吗？
A:
不是
你要校正频率以得到准确的频率值来获得红外光谱等目的，你得自己对频率乘上频率校正因子，高斯设了也没用。比如在Multiwfn作红外光谱、VCD图时，你设那个基频校正因子就对了。
高斯里设scale，或者freqchk设频率校正因子，结果都一样，对输出的频率没任何影响，只影响输出的热力学数据。
Q:
sob老师，不好意思，我还是不太明白。（1）假如要对ZPE和升温导致焓的升高量同时校正的话，因为相应的两个校正因子不一样，我用scale关键词的时候，应该用谁的校正因子呢？（2）要么干脆不用scale,是不是可以用freqchk分别对ZPE和升温焓变化量做校正。这样得到的结果是合理的？@@Sobereva
那我就在做freq计算时输入文件里不输入scale=...的关键词。然后最后统一用freqchk来对每个量做校正。
A:
也可以
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2015.10.16 14:51:07
Q:
哪位大神会计算磷光呢？
A:
对，注意看群共享在网上求助计算化学问题的注意事项.png
Q:
怎么做磷光光谱图呢
怎么设峰高，一般设为多少
http://sobereva.com/224 你在绘制荧光光谱中提到Multiwfn的选项20，可是没有20这个选项呢？
A:
[图片]
Q:
哦，谢谢，请问对于磷光光谱图怎么做呢？
A:
跟荧光一样。只不过激发态算三重态。
而且你得考虑旋轨耦合得到振子强度（ADF这方面比较好），否则因为自旋禁阻总为0
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2015.10.16 15:27:57
Q:
[图片]求问这具体是什么错误
A:
opt=modredundant
scfcyc=199无意义
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2015.10.16 15:28:48
Q:
[图片]
A:
opt=cartesian
或者调整内坐标定义避免出现直线排列
Q:
我么老师？
A:
y
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2015.10.16 15:40:21
Q:
老师，之前我在看你的讲义上说的主要交换泛函的时候看见LDA,那里面有SVWN,SPWL的两种方法，但是在GV里面设置没有这两个选项，我可以自己直接加吗？
A:
可
gview里能选的泛函很少，别依赖于gv
Q:
谢谢老师
A:
别管gv，自己写关键词
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2015.10.16 15:42:31
Q:
想实测一下并行效率，结果发现用16核竟然比8核还要慢，后来发现是使用了所有CPU核之后它会自动降频，有办法避免吗？
A:
那你就把TB关了呗
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2015.10.16 15:43:37
Q:
sob老师noncovalent interaction (NCI) method 能做的事Multiwfn能做吗
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
这是Multiwfn最常用的功能之一
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2015.10.16 15:45:25
Q:
老师，有时候我们也会遇见这种情况，就是比如在选B3lyp就出现一个Basis Set，然而CAM-B3lyp就会出现Basis Set,Fitting Set，那个Fitting Set里面的一些东西是什么意思啊，老师
A:
那是密度拟合基组设定，在高斯里起不到什么用处
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2015.10.16 15:55:50
Q:
老师我计算过渡态的时候加了溶剂效应，扫IRC也还要加溶剂效应吗
A:
y
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2015.10.16 15:56:57
Q:
sob老师我想做能量分解方面的工作Multiwfn能做吗
A:
只能做简单的能量分解
看手册4.100.8节的例子
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2015.10.16 16:01:27
Q:
老师，我用DFT-D3BJ进行了结构优化想要考虑色散作用，是不是在进行TD的计算的时候就不再需要加D3BJ？
A:
TD时加不加都一样，不影响结果
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2015.10.16 16:11:16
Q:
sob老师，我们参考molclus程序进行了4个水分子的Gromacs动力学模拟，全程按照您给出的参考指令和脚本操作，结果4个水分子跑散了，找不出哪里出了问题，希望您指导一下。
@Sobereva
A:
这个很难说
温度太高，或者力场参数不对等等
先从很低的温度，甚至0K然后慢慢尝试
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2015.10.16 16:16:28
Q:
请教个问题 PDB atom 的beta column是指 tempfactor 么
[图片] 谢了
A:
是
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2015.10.16 16:16:58
Q:
请教IOP（1/8=1）和IOP（1/8=10）哪个的步长更短一些？
A:
前者。这只是设定步长上限，不是设定步长
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2015.10.16 16:44:21
Q:
各位老师同学好，请问现在代理高斯版权销售的是哪家单位？我们小组想打听价格
A:
绎模和墨灵格
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2015.10.16 16:45:49
Q:
请教一个问题我现在有一个催化分解反应，有两种分解途径，我想知道哪条路径更容易发生通过反应能垒，想计算过渡态，但是有人说高斯不能算催化反应？
A:
当然能算
Q:
好的那有什么特殊的设置？
A:
没特殊设置
Q:
谢谢老师
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2015.10.16 16:58:06
Q:
老师数据库中下载分子结构有个2D和3D之分我看了结构确实不同那我用哪个？又为什么不相同？
A:
有3D用3D
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2015.10.16 17:38:06
Q:
可以介绍几本对于初学者可以看懂的书吗
同问....
griffit那本不错啊
A:
对于初学者，
Levine的quantum chemistry前一半都是讲量子力学，讲得很清楚，推荐
更多的内容看格里菲斯的
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2015.10.16 17:47:17
Q:
Sobereva老师，您好，我想问您一个用Gaussian算EPR的问题，我用高斯算NMR，得到的G因子和 Isotropic Fermi Contact Couplings都和实验值差很多，请问您能给点建议吗
实验上三个金属原子等同，hyperfine coupling constants完全相等，我算出来的是两正一负，而且值也相差一倍，请问您有什么建议吗
[图片]
g value of the free electron [g_e]: 0.20023193D+01
我的a值相差也很多[图片]
Sobereva老师，您能给点建议吗
A:
那是free electron电子的，没意义，那是个常量
自旋密度分布和分子对称性不等同是很正常的事，或许实验上观测到的只是平均值
Q:
嗯嗯
老师，[图片]这个值就应该是超精细耦合常数了吧
A:
只是Fermi contact那部分的贡献，核处自旋密度还得乘上跟核特征有关的系数才能转换为实际值
Q:
[图片]
您值得换算公式是这些吗
指的
A:
恩
Q:
这些怎么通过高斯计算输出程序给出的数据得到呢
A:
自己去查
高斯只是计算自旋密度而已
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2015.10.16 18:22:32
Q:
请问有做分子光谱的同学没
入门看什么书比较好
好吧
A:
最基本的，可以看jack simons《理论化学导论》，市面上有影印版
也可以看Levine的分子光谱学，不过老一些
市面上还能买到《分子物理学和量子化学基础》，是影印版，讲了一大堆各种光谱
PS：以后在群内不要说“好吧”
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2015.10.16 20:21:35
Q:
记得老师说过如果讨论科研的私聊是可以的，我就被私聊过也私聊过别人
A:
群规只是说群主不接受一般计算化学问题私聊而已
其他人私聊是自己的自由，无权干涉
但是如果是骚扰、发广告那种，可向群主举报，一旦查实，会当即踢掉
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2015.10.16 20:23:48
Q:
最近有动力学软件的培训课程吗
A:
预计明年春季会有
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2015.10.16 20:34:53
Q:
S老师，您的书写完了吗？
A:
早着呢
事多
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2015.10.16 21:14:47
Q:
请问分子半径如何计算呢？是求体积后，使用V=4/3π×r3 计算半径r吗？[Emoticon]
请问分子半径如何计算呢？是求体积后，使用V=4/3π×r3 计算半径r吗？[表情]
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
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2015.10.16 21:16:02
Q:
[图片]老师，几何优化稳定体，如图所示，但log收敛的四个标准中一个yes也没有，是构型错误还是需要添加opt=gdiis加快收敛啊@Sobereva
是不是只有出现[图片]这样的图形（能量波动，震荡现象），方可添加opt=gdiis命令啊，老师
优化还有步长？不是只有irc可调节步长吗？
A:
常用做法此文最后都说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
你的情况，现在最后区域拉个框放大，否则看不清楚
不过你要有耐心，再跑20步还不收敛再说
Q:
几何优化不需要设置吧
A:
看博文，写得极尽全面
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2015.10.16 21:21:16
Q:
[图片]请问老师，激发态计算结果有没有这样的？是从20跃迁到19的意思吗？
A:
正常，TD计算有去激发，贡献通常很小
Q:
谢谢老师指点
请问老师，我做三重态中性团簇的第一电子激发态，关键词输入 td(nstate=10,triplet)，可以吗？
A:
此时基态是开壳层的，triplet并无意义，算出来是什么激发态就是什么激发态
Q:
那计算时还需要加triplet关键词吗？@Sobereva
A:
加不加一样，自动忽略
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2015.10.16 21:48:27
Q:
http://www.sciencedirect.com.sci-hub.org/science/article/pii/S0022328X99007019 麻烦一下，求文献
A:
[图片]
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2015.10.16 22:05:24
Q:
刚刚看到Biopython，和Multiwfn有相似的精神....极大地简化了民工们的劳动量...
A:
对于降低重复劳动量这点我很有兴趣
比如拿到一个程序，使用很麻烦，感觉很多都是重复、不需要每次非得手动做的，我总是想写个interface或者utility，把步骤尽可能简化
Q:
我刚刚看到Biopython的时候差点哭出来了，哎呀，这些人真贴心...
A:
之前写的sobMECP、IRCsplit等等都是此目的
现在正在写一个MStor的辅助程序
Q:
你知道吗，强迫症看到地上比较脏，就要拼命地弄干净；还有些伟人呢，看到难用的程序呢，一定要把它修成简单好用的程序....
A:
开发Multiwfn最初的目的之一就是为了把作平面图的过程大为简化。没这么个程序作平面图真是麻烦死了。
是的，就是强迫症
Q:
哈哈.....[表情][表情][表情]
老师，那请问有没有什么特别讨女孩子喜欢的软件呀[Emoticon]
A:
以前给人改程序，原本目的就是改个接口，但感觉那程序写得相当ugly，于是干脆把一半程序都重写了一遍
那些主流app就算吧，我不懂
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2015.10.16 22:06:56
Q:
[图片]请问这个图设的值偏大还是偏小？
A:
貌似是静电势。色彩刻度范围偏大，导致两侧静电势为负的区域色彩不那么显著
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2015.10.16 22:11:12
Q:
[表情]大家帮我看下，这个配置有什么问题没 2U机架式 CPU两颗十核E5-2660 v3，内存64GB；硬盘1块300GB 10K SAS+1块1TB SATA 7200r，光驱
A:
还可以，不过硬盘是否真有必要那么配看实际使用情况
Q:
thinksever RD450 硬盘我不知道该配多少。主要用VASP(想做五十-两三百个原子),GAUSSION,sob以前说过每个核4G最好，我是考虑经济上
A:
没记得说过每个核最好4G
硬盘弄个才300G的高速感觉没太大必要。
Q:
折中了一下，不知是否合理，还请sob大神提点
哦，酱紫啊，我记错了。！硬盘我不懂10k和7200差别大不。就一样配一个，那您看呢
A:
就弄一个或者两个企业版SATA 2T就够了
Q:
哦好的。那改用SATA的吧，不加这个300GB的了。
另外您看我的这个计算情况，内存配多少好呢
A:
64够了
Q:
好的。谢谢。修改了一下，thinksever RD450 2U机架式 CPU两颗十核E5-2660 v3，内存64GB；硬盘1块2TB SATA 7200r，光驱
A:
记得是企业版硬盘，民用的质量不稳定，价格也差很多
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2015.10.16 22:14:47
Q:
公社群是06年建立的，明年3月1日就是十周年了，百感交集...
A:
我都没注意。
明年差不多那个时候，可能会有重大事情发生
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2015.10.16 22:33:11
Q:
我做relaxed scan 的时候，没出现像gaussian说明书中的[图片]。我用的关键词为，# opt(modredundant,calcfc）........B 1 50 S 80 0.05 【扫描也正常结束】
A:
手册里那是scan，不是柔性扫描
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2015.10.16 22:47:52
Q:
Atom specifications unexpectedly found in input stream请问这是怎么个情况
A:
输入文件里原子部分设定有问题
Q:
[图片]感觉挺正常的
谢谢老师
A:
第二行别空行啊
写了坐标就不能写geom=check，或者写geom=allcheck
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2015.10.16 23:05:17
Q:
sob老师，在Gaussian03中，比B3LYP/6-311G**更好一点的算单点能的方法和基组，原子个数小于10的小分子@Sobereva
有推荐的吗？
恩，再加上弥散，结果就差不多可信的吗？
A:
CCSD(T)/cc-pVTZ
没有特殊必要用不着加弥散
Q:
我是要算BDE,在B3LYP/6-311G**下优化和做频率计算的。然后想用更高水平的算单点。
A:
算BDE直接用热力学组合方法算焓就完了，最划算
而且省事
比如CBS-QB3就很好
Q:
好的
老师，CBS算完了，算焓仍需要频率校正吗
A:
不用，全都给你处理好了，所以省事，一个关键词就得到最终要用的焓了
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2015.10.16 23:33:11
Q:
企业版硬盘怎么分辨？
A:
是不是企业版一看硬盘上的标签上的编号就知道，可以网上搜编号的含义
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2015.10.17 01:57:06
Q:
我是在算分子间的弱相互作用，现在想利用Gamess对结合能进行能量分解，但是没有Gamess软件，特来寻求帮助，希望能帮我算一下，文章可合作挂名。
A:
不管什么情况，都应当把情况准确、如实交代
不会用、没时间学就如实说明就行了，这种情况很常见，也不会被觉得有什么不好
但能免费获得却说成没有，就体现没有尽最基本的人事，这就不好了
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2015.10.17 15:59:28
Q:
Lowdin charge 计算的电荷转移单位是eV还是e
A:
就是a.u.。具体说就是e，代表elementary charge，但有些人会误解成电子电量，写|e|也可以。eV是能量单位，和这无关
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2015.10.17 15:59:28
Q:
请教各位老师，当我研究弱相互作用体系（有机小分子）时，我用M06-2X/6-311G**进行几何优化，那么我要研究体系的其他性质时，需要添加色散校正吗？
那你说，对于分析静电势等性质，用什么计算级别比较好？
恩，我会加色散校正
A:
静电势用B3LYP/6-31G*结果就定性正确，要好点用TZVP
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2015.10.17 15:59:28
Q:
请教sob老师和其他各位老师 Mopac做opt和freq有必要开多线程吗？
我用了mozyme黑箱
A:
以前版本多线程对于性能提升不多，现在的版本没测试过，比较一下便知
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2015.10.17 15:59:28
Q:
老师，计算总是出现这问题[图片]输入文件[图片]这是什么原因呢，怎么解决呀
A:
换基组。你用的基组看着就难受，pople基组加到这么多极化函数时相当ugly，被内行所唾弃。而且DFT计算弄那么多极化函数毫无意义。换TZVP足矣。
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2015.10.17 15:59:28
Q:
群主，科音有gromacs的培训麽?
A:
明年春季
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2015.10.17 15:59:28
Q:
哪位知道CPMD是否可以对运动轨迹做root-mean-square-deviation (RMSD)和root-mean-square-deviation (RMSD)，谢谢。该如何做呢
做root-mean-square-deviation (RMSD)和maximum bond length deviation (MAXD)
SOB老师，麻烦问下我看其他动力学模拟程序中的RMSD为root-mean-square-deviation，可是CPMD中RMSD为root-mean-square-displacements,那么这两个RMSD值是不是一样的呢？
还有maximum bond length deviation (MAXD)不知道CPMD中能否得到，谢谢您
A:
把轨迹用VMD载入，用extensions里的RMSD计算插件算就行了。两个是一码事
MAXD可以自己在VMD里写脚本来算
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2015.10.17 16:00:42
Q:
老师求在origin中 Murrell-Sorbie拟合的公式
A:
RTFM
Chan RTFM
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2015.10.17 16:03:12
Q:
老师，计算的第二超极化率居然出现了负值，水平是bhandhlyp/6-31+g(d)，该怎么才能避免这样的定性错误呢？
[图片]
A:
换几个方法、基组，尤其基组加大点，比如def2TZVPD，都是负值就是负值了
Q:
6-31++g(d)
A:
很烂，此帖有讨论http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1678
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2015.10.17 16:06:01
Q:
请问一下，数据库中搜不到的分子结构是不是，还没人计算或做实验得到它的分子结构，即此分子结构未知？
NIST
我要找NH4NO3
HN(NO2)2
[图片]老师，我要做这个分子的分解，但是这个分解后就是这两个分子的两部分分开，我就不知道怎么猜想它的过渡态了。我把两个部分距离拉大了，不对。
A:
你在google里搜搜。数据库里往往没那么全，而且计算数据往往也不弄到库里
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2015.10.17 16:25:20
Q:
老师，d-aug-cc-pVDZ这个基组在高斯里该怎么写呢？
A:
EMSL上拷
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2015.10.17 16:35:57
Q:
谢谢老师，我的第二个问题，就是分解反应那个，您觉得该怎么办？
A:
把要断裂的键做一下柔性扫描，看看有没有极大点，有的话拿极大点结构做初猜找TS
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2015.10.17 16:40:56
Q:
Molecular mechanics calculations were conducted using the MM3 force field as implemented in CAChe 6.0 for windows developed by CAChe Group,Fujitsu 此文献提到的MM3力场需要什么软件可以完成啊，高斯能吗？老师
A:
Chem3D可以做MM2，用起来比较省事
但我更推荐用MMFF94，Chem3D也支持
关键是方便，点一个按钮就优化了
免费的avogadro也支持MMFF94
Q:
我首次接受分子力场，想了解基础知识，与高斯的优化有什么不同吗？
A:
高斯也支持分子力场，UFF、amber、dreiding，可以用这些来优化，但对于小分子来说，比起MM2/3或MMFF94力场明显粗粗糙得多。
Q:
MMFF94，MM2，mm3-2000的选择有无参考资料啊。恳请老师指点
A:
看原文嘛
MMFF94原文：Journal of Computational Chemistry, Vol. 17, 490-519 (1996)
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2015.10.17 16:47:45
Q:
[图片]老师，这个选项是什么意思呢？
A:
[图片]
原先的cc-pVnZ系列基组，有人发现一些GTF存在线性依赖，可以剔除一部分，使得片段收缩的程序计算可以更快且不影响结果，选了这个就会剔除一部分。但实际上高斯自动也会剔除多余的，比这个剔除更彻底。
所以选不选都一样
细节可以看这篇
[图片]
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2015.10.17 17:02:52
Q:
我想寻找两态的交叉点看其是否发生系间窜越，使用了UB3LYP/6-311++G(2D,P)和lanl2dz优化分子结构，发现一重态的第一个过渡态能量高于三重态的第一个过渡态能量，但两者相差不大，但是使用CCSD(T)方法做了单点能，得到的能量是三重态的第一个过渡态能量高于一重态的第一个过渡态的能量。请问各位老师这是怎么回事呢？
A:
很正常啊，不同方法算出来两个态高低顺序不同
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2015.10.17 17:04:33
Q:
谢谢老师，不过这样就没有交叉点了呀？
A:
交叉点和过渡态没关系啊
用sobMECP去找交叉点就完了
使用MECP程序结合Gaussian程序搜索极小能量交叉点
http://sobereva.com/286
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2015.10.17 17:05:49
Q:
[图片]老师这个是怎么回事呢？
A:
输入文件格式不对
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2015.10.17 17:36:33
Q:
[图片]老师，这是怎么回事呢
A:
格式不对
Q:
居然格式还是不对
老师，我利用EMSL的定义，放在了输入文件的背后，可是就是不给计算，一直是格式错误
A:
贴
Q:
仔细检查……出错信息已经很明确了……
大神不是用来解决这些小问题的
A:
+1
这里其实都写得很详细了
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2015.10.17 20:11:40
Q:
[图片] [图片] 从这两张图来看，中间是否存在RDG=0的点？
A:
很可能有。实际搜搜RCP就清楚了，如果没搜出来的话肯定也是梯度很接近于0，算是准RCP吧。
Q:
已经搜过了，暴力搜索也用上了，但就是出不来这个RCP
A:
梯度判断阈值放宽点再试
Q:
1 Set maximal iterations: 120
2 Set scale factor for stepsize: 1.000000
3 Criteria for gradient-norm convergence: 1.00000E-06
4 Criteria for displacement convergence: 1.00000E-07
5 Minimal distance between CPs: 0.030000
6 Skip search if distance between atoms is longer than the sum of their vdW radius multiplied by: 1.20
7 If print details of CP searching procedure: No
8 Criteria for determining if Hessian matrix is singular: 5.00000000E-22
9 Select rule for reserving CPs, current: reserve All CPs
第三项吗？建议改成多少？
A:
比如1E-4
也可以先把2设小点比如0.7看看
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2015.10.17 20:11:40
Q:
multi里怎么退回到上一步
好的，谢谢
A:
界面上有返回的选项就选，没有就不能返回
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2015.10.17 20:14:48
Q:
Sobereva
l老师，请问一下，TZVP基组和def-TZVP是一样的还是有什么区别Sobereva
A:
一样
Q:
这个基组里有弥散吗
A:
[图片]
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2015.10.17 20:54:49
Q:
2 Set scale factor for stepsize: 1.000000选择0.7
3 Criteria for gradient-norm convergence: 1.00000E-06 选择0.0008
正常搜索临界点后再用暴力搜索，选择两个Cu-CuBCP的中点，依然如下图，没有RCP
[图片]
A:
那可能就是没有。你也可以绘制一下Cu-Cu连线上的RDG，看看是否很接近0
Q:
Cu-Cu连线的RDG指的是哪个平面的RDG填色图？
A:
主功能3绘制曲线图
Q:
主功能3选 13 Reduced density gradient (RDG)
然后选1
然后输入对角线的两个Cu的序号？
A:
y
Q:
[图片]
[图片]
两条对角线的
A:
那看来还是和0有一定距离
你可以用选项1来搜索，这样计算量更小、更准，直接把两个Cu之间设为初猜点。然后如果怎么放宽参数（也包括displacement那个阈值）也找不到，那就没TCP了
Q:
指的是纵坐标数值偏大？
A:
那就没RCP了
就是说中间那个位置RDG没那么接近0
Q:
把两个平行的Cu-Cu作用的BCP的中点作为初猜点应该也差不多吧？但刚才这样也找不到RCP
A:
所有方法都试了的话就放弃吧
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2015.10.17 21:27:04
Q:
老师，八月份的那个培训班的邀请函有电子版吗？我的纸质版的找不到了
A:
http://www.keinsci.com/workshop/2015SKBQC_ann1.html
末尾“相关事项”部分能下载
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2015.10.17 21:33:39
Q:
[图片]sob老师，用您教我的Frechk做频率矫正，矫正完一个温度后出现的截图这样，怎样不关闭窗口，继续做下一个温度下的频率矫正啊
A:
关了又何妨
Q:
费事啊
这样每次都要重新用gaussian打开一次chk文件啊
A:
命令行自己调用freqchk载入chk文件
别接着问我怎么调用freqchk
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2015.10.17 21:42:15
Q:
明白，谢谢sob老师，在麻烦老师看下我发的一个问题贴，http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1927&page=1#pid13367
A:
不用提醒我，发在计算化学公社的帖子自然会看，但不会刚一发帖马上就回答
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2015.10.18 16:13:43
Q:
[图片]做单点能出现了这样的错误我已经加大循环了
A:
delta已经很小了，可以直接用。非要收敛你就加大CCSD的循环次数上限（不是加大SCF上限）
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2015.10.18 17:17:46
Q:
咨询一下，高斯能计算fc因子吗？谢谢
A:
不能
Q:
我看老师您的振动分辨的电子光谱，里面不是写了freq=FC
A:
程序内部计算，但是并不输出出来
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2015.10.18 18:23:49
Q:
毕业了，下不了文献，求一篇文献，http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jo9803380?journalCode=joceah，请大家帮忙
A:
[图片]
注意看群规
两次违规=踢
你是新来的，所以这次不记过
你没错，我是说me
Q:
还有四个名额，群就满了耶
A:
所以近期踢的频率会增加许多
不得已而为之
Q:
嗯呐，很多潜水的踢了也不影响
反正也从来不发言
A:
对，会踢掉很多潜水的
----------------------------------------------------
2015.10.18 18:29:42
Q:
请问假如我计算一个(Al)n的团簇，自己先用Gaussian或Molpro势能曲线扫描，再将扫描结果拟合成LJ，Morse等函数类型, 然后建立相互作用势函数，再对其求极值，对用坐标构成的结构就是一个可能结构，我这样理解对不？
A:
“对用坐标构成的结构”意义不明
如果目的是获得各种可能的结构，你得做团簇构型搜索，不是这么处理的
Q:
求极值后对应坐标(同时对应一个结构)
我是这么想，理想情况下，势能函数上可能有很多极值点，这些极点可能是异构体，也可能是过渡态，我把这些极点全能找出来的或不就能得到各种结构和过渡态了，
核能对结构此时应该没有影响大么，还是也要考虑核-核，核-电、电-电能所有相互再用。
A:
金属团簇的原子之间相互作用势不是用那样简单函数就能很好描述的。而且原子那么多，即便真的能用LJ、morse势函数准确描述，你也不可能解析地把极值点全找出来，你还是得用量化程序做几何优化、搜索TS的数值算法才能找到极值点构型。
比如最近梦藏秋开发的ABCluster，就是在已知原子之间势函数情况下通过人工蜂群算法找极小点结构的
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1914
Q:
这个我在电脑上正测试用，
A:
这都是数值过程，需要实际计算，不是光知道势函数就万事大吉的
Q:
排除数学上，我的原理理解对不？
如果对的或可以先从小体系尝试一下
A:
原理上基本正确。
实际上量化计算本身就是已知势函数的，E(X1,X2,X3...)，这里X是核坐标，只不过这个是函数不是解析的，是每个点都需要做数值的量化计算才得到的E。
你先拟合只仅仅是把势函数给简化成了解析的而已。怎么搜索极小点、过渡态等等，数值算法还是一样的。
Q:
优化算法很多，我先不考虑，要得到各种可能的解，估计只能是传统优化与现代优化结合考虑，负责很难"全部"找出来
A:
原子数一多，全部找出来几乎就是不可能的。搜索算法找出来的都是能量比较的一批。
几何优化/TS搜索算法并不分传统和现代，现在常用的依然还是基于老早的牛顿法的思路，只不过稍作改良，但也没改良太多。构型搜索算法倒是不断改进，推陈出新。
Q:
实验理论误差应该是存在的
原子数一多确实，极值找全部可能了，但用脑子猜测似乎也费事了
用分子动力学软件，给出的解似乎只是"最低能"构型
A:
不是。基于分子动力学再加上几何优化能搜出大量低能构型
使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
靠分子动力学做模拟退火，才是专门产生能量最低构型的
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2015.10.18 18:46:42
Q:
sob老师，以及各位研友，请教一个UV-vis问题。计算之后拟合出的谱（局部）如下，请问，红色的峰该算哪个跃迁（竖线）贡献的呢？
[图片] [图片]
红色峰的位置与实验符合较好要是按长竖线算的话那就符合不上了呵呵
A:
都有贡献
multiwfn可以得到各个跃迁的贡献值，你看那个peak位置上这两个跃迁各贡献多少，就在定量上很清楚了
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2015.10.18 19:05:41
Q:
[图片]
开机时，卡在这个画面，怎么办？
重启亦是如此
我不要重装
A:
跟电池没关系
Q:
台式机
A:
电池拔了再装上只不过会重置BIOS信息和系统日期，但之前能进，显然不是BIOS设置的问题。
反倒是BIOS重置了，一些自己之前改过的信息恢复成了默认，和安装系统的时候配置不一样，更可能进不了系统。
拿Windows来说，比如主板默认没开AHCI，装Windows前自己开了AHCI，后来电池拆了重新装上，BIOS恢复没开AHCI的情况，系统几乎一定进不去。
----------------------------------------------------
2015.10.18 19:06:34
Q:
把超线程关了用原来线程数的一半来算Gaussian，是不是还更快？
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.18 19:15:26
Q:
现在32核的服务器一般是什么价位呢
嗯嗯
A:
核数这个指标对价格完全没有决定性
Q:
这样 sob老师那一般比较好的配置32核需要多少呢
A:
这种配置的价格没那么透明，可以用比如两颗2698 v3，即2*16核，这样大概6万吧，具体看品牌，还有内存用多大
----------------------------------------------------
2015.10.18 19:23:48
Q:
用高斯优化了周期性结构，能通过Multiwfn得到其PDOS图吗？
A:
PNC计算没法用Multiwfn得到DOS图
PBC计算
Q:
那有什么其他软件可以做出来吗？
A:
主流第一性原理程序都能，诸如castep
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2015.10.18 19:46:29
Q:
把静电和氢键的混合作用定义为z键，这个定义合理吗？@Sobereva
刚看到一篇文章上写的
A:
看具体情况吧
乍一看没法赞同，因为氢键的主要本值就是静电。但也许有特殊情况导致名义上也能这么说
Q:
他们的定义是在离子液体里的
A:
那倒还说得过去
Q:
就是在静电作用下的氢键吧
但是这里面并没有新的物理概念啊？
A:
刚看了一眼，用multiwfn作图，也不引Multiwfn，过分！
[图片]
显然很不对
懒得仔细看了。
看文件名开头是anew，瞬间看成是angew
懒得仔细看了。
看文件名开头是anew，瞬间看成是angew
2015-10-18 19:57:56
[图片] 删除群动态19:57:55
2015-10-18 19:58:00
[图片] 删除群动态19:57:59
Q:
[图片]
[原创表情]
我的意思是说，这样的定义是让氢键的分类更清楚了呢？还是怎么滴？
A:
没兴趣
虽然没仔细读，但我不鼓励创造一些多余的概念
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2015.10.18 20:08:32
Q:
请问，collective solvent coordination 有确切的中文翻译么？
我直接说成溶剂坐标算了
A:
集合溶剂坐标
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2015.10.18 20:23:58
Q:
请问，做td计算的时候，比较耗内存还是cpu？（想合理分配下，尽量加速）
另外，本人已经测试，tda确实比td快，而且结果与td结果差不多。我现在已经用td计算完了（n-1）个结构，还剩最后一个因为太大了，td很久都算不完，这时候是否可以用tda计算最后一个，并把结果和之前td计算的其他结构结果融合到一起？？写作的时候如实交代。
A:
两个都很耗，有多少能用的核、多少能用的内存就分配多少就好了。
可以用tda，但应该对之前算过的体系把TD和TDA的结果都列出来，表明其影响很小
----------------------------------------------------
2015.10.18 20:28:05
Q:
请问老师做能量分解的哪个软件比较好啊，推荐一下呗[Emoticon]
请问老师做能量分解的哪个软件比较好啊，推荐一下呗[表情]
A:
看此文第10节
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2015.10.18 20:29:00
Q:
请问sob老师，Electron density difference (EDD) maps 使用怎么做的呀？文献中看到的用高斯的输出文件可以吗？
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2015.10.18 20:29:09
Q:
[图片]
A:
IRC里加LQA
Q:
老师，做IRC这个是什么错
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2015.10.18 20:53:39
Q:
已发文献
A:
[Emoticon]
----------------------------------------------------
2015.10.18 21:00:18
Q:
老师，你好，能不能用Multiwfn计算第二激发态的电子转移情况，实验中这个过程能不能发生啊
A:
计算电子转移没问题。理论计算本身准确、考虑全面的话实验事实也能对上
----------------------------------------------------
2015.10.18 21:13:04
Q:
老师，利用Multiwfn计算的和利用公式计算的高斯的超极化率差了很多，是不是以Multiwfn计算的为准？
A:
“Multiwfn计算的”具体指什么？
Q:
载入高斯的输出文件，然后200-7-1计算出来的超极化率值
A:
那不是计算，只是提取输出文件里的信息，然后进行一些进一步的处理
Multiwfn显示的是没错的
----------------------------------------------------
2015.10.18 21:19:12
Q:
老师，那Multiwfn可以提取gamma值的分量计算gamma吗？我不想利用excel计算gamma值了
A:
gamma提取不了
----------------------------------------------------
2015.10.18 21:20:46
Q:
sob老师，您的文章http://sobereva.com/4在“1-4作用”中[图片]提到的ffG43a1.itp，好像不存在。我的版本是Gromacs-4.6.5
A:
对于现在的版本，在gromos43a1.ff目录下的 ffnonbonded.itp
----------------------------------------------------
2015.10.18 21:53:51
Q:
两个原子间如果没有BCP，是否说明即使存在非共价作用，也会是非常弱的作用
？？
A:
未必
[图片]
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2015.10.18 22:00:50
Q:
老师，gamess的过渡态算法比高斯的怎么样？课题组一个同事用gamess，我用高斯，感觉类似的体系我用高斯找过渡态容易些
A:
高斯明显有优势，找过渡态的首选
----------------------------------------------------
2015.10.18 22:08:58
Q:
那如果这两个原子间的RDG值都不为零呢？
A:
图上左上的例子本来RDG值就不为0
----------------------------------------------------
2015.10.18 23:27:44
Q:
优化不能考虑温度，是因为势能面不是温度的函数吗？
A:
y
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2015.10.19 00:00:19
Q:
老师:我之前看到您说对于团簇模型搜索，请问您有关于这方面的帖子吗？谢谢…[Emoticon]
使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
靠分子动力学做模拟退火，才是专门产生能量最低构型的。老师我刚刚看到您说的这个帖子，请问这个作为团簇模型的搜索，是说我画一个团簇分子，然后它自己会搜索出几个可能存在的构型？是吗？
最近出了個abcluater
在德國的一個華人做的
A:
恩，但必须动力学程序和molclus以及量化程序同时结合使用
----------------------------------------------------
2015.10.19 01:11:07
Q:
群主multiwfn输出的信息太长，前面看不见了，怎么处理，记得之前上课的时候说过，忘记了。
A:
手册5.5节
[图片]
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2015.10.19 16:56:07
Q:
问一下，用multifun分析时，需把gaussian中的chk导进去，弱弱问一下，如何变成fchk?
A:
用formchk，手册第四章开头说明了。Multiwfn不要拼成multifun
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2015.10.19 16:56:07
Q:
请问MP2.5和SCS-MP2计算能量，那个更准确一些？
A:
看你算什么问题。MP2.5算弱相互作用比SCS-MP2强得多，其它问题则没任何好处
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2015.10.19 16:56:07
Q:
激发态和基态的电子密度差可以做，问题是优化激发态后，再和基态做密度差不行，请问大家对这个问题是怎么解决的？
基态上算单点激发得到吸收
优化激发态td 计算得到荧光
绘制密度差要求几何结构保持不变，看来是解决不了。
A:
密度差反应的就是垂直过程，结构本来就是不变的。若非要反映绝热过程的电子结构变化，只能通过计算原子电荷的方式来讨论。
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2015.10.19 16:56:07
Q:
sob老师我用mult生成的散点图，xy轴的坐标名称怎么改
不知道怎么改啊
输出的不就是保存图片么
A:
自行ps。
PS：请勿将multiwfn简写
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2015.10.19 16:56:07
Q:
请教sob老师，画分子表面静电势填色图用fchk文件也可以对吗？我的电脑画水、氧分子都可以，但是画20-30个原子的分子静电势图在generating mesh这个过程之后，没有图显示出来，是电脑内存原因还是什么呢？
A:
可以。体系大时静电势计算很慢，可以借用cubegen来生成表面顶点的静电势，速度快得多，见手册4.12.7节的例子
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2015.10.19 16:56:07
Q:
[图片]请问一下level程序怎么用这是我用CONSOLE编译出来的是level程序吗谁有学习资料能发给我一份吗
A:
你可以在计算化学公社论坛里私信beefly，他可能熟悉此程序
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2015.10.19 16:56:07
Q:
请问像Multifn手册中的这个图怎样做的？
�� sr 'com.tencent.mobileqq.data.TroopFileData
I bisIDJ entitySessionIdJ lastTimeJ lfileSizeL FromUint Ljava/lang/String;L
dspFileNameq ~ L
dspFileSizeq ~ L fileNameq ~ L fileUrlq ~ L sha1q ~ L uuidq ~ xp f �2pt 1.pngt 366.80KBt 1.pngt %/81ae6619-c552-45ef-93e5-fa07deccf0abt (d43c6d56d482d088ae8530113440d55b1dc1fef0p
[图片] SA 发表动态 12:17:15
"分享图片"
[图片] 查看
A:
如果是指手册封面的图，看手册4.4节作图例子，或者
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
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2015.10.19 16:56:07
Q:
那高斯里的默认是开壳还是闭壳？
A:
自旋多重度>1必然是开壳层。=1时默认为闭壳层，你可以自行指定按开壳层算，但只有对称破缺体系这样才有意义，否则只是浪费时间。
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2015.10.19 16:56:07
Q:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
请问一下谁可以帮忙下到这个网址上的NBO计算的资料啊，谢谢
我注册了没有通过啊
A:
注册的用户都在12小时内审核完毕了。如果没通过审核，把注册名告诉我。除非验证信息乱填，否则肯定都通过了。
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2015.10.19 16:56:07
Q:
请问，在GAMESS-US中能使用混合基组吗？比如对CHNO原子用6-31G(d)，对金属Zn2+用Lanl2dz. 谢谢，如果可以，求输入参考
A:
http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=745
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2015.10.19 16:56:07
Q:
老师，我对于同一个体系计算Gap，刚开始是参考一篇JPCB（2004年），他计算的是4.08ev，但是有一篇Jacs
是2.8，其区别就是第一个用的是B3lyp，是高斯计算的，另外一个是ADF计算的，用的是VWN交换泛函，我用VWN交换泛函yoga高斯计算也能得到ADF的计算结果，不同交换泛函有这么大的差别吗？老师，而且对于VWN的交换泛函，在辅导班的手册里面我看见前面还加了一个SVWN，这个S是什么意思呢？
A:
杂化泛函的gap算出来显然比纯泛函SVWN要高，信前者的。S=slater。讲义上已明确提到过HF成份越高gap越大。
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2015.10.19 16:56:07
Q:
体系一直不收敛加了QC速度奇慢还有其他办法让其收敛吗各位老师
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
一直就不推荐一上来就用QC
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2015.10.19 16:56:07
Q:
各位老师研友，MRCI和CASSCF的区别和联系是什么呢？有没有详细一点的ppt或资料能够分享的呢？
A:
前者在后者基础上做CISD，以同时考虑动态和静态相关效应
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2015.10.19 16:56:07
Q:
问一下？高斯中out文件计算后如何保存
老师我的批量处理产生不了wfn和chk 文件。然后，我觉得是我用了log文件而不是out 文件。所以老师如何产生out文件？
我打开看了例子里的log和out内容不一样
而且如果一样那错误到底出现在哪里
我想了两天了
而且在计算gjf 文件时产生的out 文件根本没算。
[图片]我在dos下运行，看到这样的错误
应该就是像您所说是输入文件问题
[图片]
这是我为了方便看到错误才在DOS下运行看一下
不需要在dos下运行的
A:
你先自行手动在DOS下用g09来算几个.gjf，没问题了再用脚本
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2015.10.19 16:56:07
Q:
请问可以读没有加D3的guess来做D3优化吗？
A:
可以
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2015.10.19 17:14:44
Q:
老师，我上次一个C H O S的体系，您建议m6
老师，我上次请教您的一个SO2+O2+石墨烯的体系，您建议m062x/6-31g**算优化和波函数分析，我现在已做完结构优化、TS和IRC计算，想精确算算单点，想请教下您基组用6-311g**还是用TZVP好，方法上有必要加色散校正？或者是否还有更好的选择？
A:
用TZVP。色散校正用不用都行。
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2015.10.19 17:17:07
Q:
在进行构型优化的时候是否需要特别在意是闭壳层计算还是开壳层计算？我看很多文献的结构优化计算都没有谈及这方面
A:
内行心里都有数，用不着提及。
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2015.10.19 17:19:54
Q:
请教：在描述BMK方法时，Boese-Martin for kinetics是什么意思？多谢！
A:
看原文
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2015.10.19 17:20:32
Q:
2*E5-2680 v2做计算周期性自动降频到1.1G，关了Turbo就好了。是不是换个好的水冷的散热器能让它保持turbo的最高频率？
A:
自动降频时你看看CPU占用率多少，如果占用率很低（比如正在读写硬盘）肯定会自动降频来省电
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2015.10.19 17:21:13
Q:
算能垒的时候，极小点和过渡态的能量都采用M062X/TZVP下的单点能+M062X/6-31G**下的热力学校正值，是这样吧老师
A:
对
如果计算量有富余，用更高级的def2TZVP更好点。或者用双杂化泛函。
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2015.10.19 17:25:51
Q:
[Emoticon]谢谢sob，还有个问题，如果我算O2在表面的裂解，您说过可以先让它激发为单重态，然后生成两个表面氧原子，那在算能垒的时候是使用TS减掉单重态极小点的能量还三重态极小点的能量？
A:
一回事
分别算两个能垒呗
Q:
按两步反应处理吗？三重态到单重态激发是第一步反应，算一个能垒；然后再算单重态到生成物的能垒
A:
是
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2015.10.19 17:31:50
Q:
[图片]请问一下Sob老师这个能量值表示的是什么能量
A:
当然是分子轨道能量啊
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2015.10.19 17:58:59
Q:
30个原子的体系，其中12个碳原子，18个氢原子，这样的体系用CCSD(T)/6-311++G**算单点能，请问能算过去吗？我用16核服务器算了2天了也没动静，不知有没有必要继续算下去？
A:
这种计算很不明智
CCSD(T)用这种破基组纯属糟蹋
这种大小单点
对于高斯，B2PLYP-D3/def2TZVP是首选
对于ORCA，PWPB95-D3/def2QZVPP是首选
没有cc-pVTZ或def2TZVPP就别考虑用CCSD(T)
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2015.10.19 18:01:45
Q:
主要是想比较一下结果
A:
没什么好比较的，这种ugly的数据算出来没意义
Q:
我怎么才能说服别人算弱作用的时候mp2.5比scs-mp2好很多呢？理由老师能否解释几句？
A:
有大量benchmark文献啊
Q:
因为要求用SCS-mp2去比较
A:
benchmark文献都严重过盛了
[图片]
Q:
老师能给1篇最经典的文献出处吗？
A:
看MP2.5、MP2.X原文及所引文献
Q:
好的
谢谢老师
A:
[图片]
这是S66测试集的图J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2427–2438
Q:
老师，前一个图有文献出处吗
A:
MP2.X原文
Q:
哦，说错了，应该是后一个图的出处是啥
A:
不都说了么
Q:
嗯
MP2.X应该是最好的吧，老师这个能量怎么算？
A:
看原文啊，别老问
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2015.10.19 18:40:37
Q:
老师请问优化[Pt6（dpmp）4(XylNC)](PF6)4这样的大体系应该用什么的方法和基组
@Sobereva
A:
把各个元素的原子数写出来
Q:
用B3LYP没有优化成功
A:
Pt用lanl2DZ，其它用6-31G*，如果B3LYP不行，换BP86，如果也不行，那么计算级别问题可能性较小，多半是你的模型建得有问题，或者关键词用的有问题。
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2015.10.19 18:54:49
Q:
SOB老师，有办法计算苯环分子平面两侧的π电子云半径吗？
A:
根本就没法定义什么半径
考虑怎么计算前应该先考虑是否是一个可以定义的量
Q:
那想知道苯环平面两侧的π电子沿平行于苯环平面的方向所伸展的距离，有办法计算吗？
A:
这是苯分子pi电子的0.001等值面，如果你是指图中红线所示的距离，那倒是能直接算，Multiwfn+VMD轻而易举
[图片]
Q:
对就是图中的红线长度
这个长度应该与等值面的选取有关系吧？一般等值面选多少，这个值就能更接近我想知道的距离？
A:
[图片]
5.34埃
Q:
这个值如何计算？请老师指点
A:
和等值面数值选取直接相关，选得越大距离越小
Q:
那等直面接近零的地方，这个值就是极限值吧，老师怎么计算？有相关的博文吗？
A:
benzene.wfn
100
22
0
2
0
12
2
-1
0
5
t.pdb
6
然后把得到的vtx.pdb和t.pdb拖到VMD里，前者用point方式显示，后者用bond方式显示，就是你看到的我的截图了。然后点数字键2，点击两个表面顶点量距离就完了
“等直面接近零”这句话是错的，没法这么说
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2015.10.19 19:32:31
Q:
[图片]
老师，空间位阻效应都是中间有空隙的么
A:
你看看是否是盒子太小导致截断了等值面造成的空隙
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2015.10.19 19:33:09
Q:
老师您好！我做BSSE矫正的时候，加了关键词counterpoise=2，但是具体要怎么在输入文件中区分我的两个片段呢？
A:
原子后面写上所属判断就完了，比如C(fragment=1)，编号在gv里自己看
原子后面写上所属片段就完了，比如C(fragment=1)，编号在gv里自己看
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2015.10.19 19:39:42
Q:
因为我算的体系有很多的氢键，van der walls,以及位阻作用，我只是想把部分拿出来讨论，所以单独算了某两个原子间的图，请问这种被截断的图也可以放在手稿里么？因为我不想显示其他的作用力，放大盒子
@Sobereva
A:
可以
Q:
谢谢
A:
最好别截断，盒子尺寸稍微放大点就不会截断
或者你把RDG等值面数值改改，让等值面收缩点
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2015.10.19 21:00:37
Q:
老师，我是做离子液体机理方面的，我想问一下老师你提到的用于弱相互作用的那么多方法中怎么搭配这些方法会比较合理呢？我是按这样一个思路设计的：1,用静电势能找出阴阳离子各自极值点（极大或极小）猜猜可能的离子对构型；2，优化构型后进行键长键角结合频率变化猜猜可能的弱相互作用区域；3，RDG使得弱相互作用区域可视化，NBO进行轨道成分分析。请老师提一些建议
A:
你可以用molclus找出各种可能的结合构型：
使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
然后对每个构型计算相互作用能，做各种弱相互作用分析，包括RDG在内。
NBO根本没用
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2015.10.19 21:02:54
Q:
不做NBO，做轨道成分分析可否
A:
轨道成分分析和这个并没什么关系
弱相互作用分析的文中因此也没提到这个
相对来说做CDA更有点意义
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2015.10.19 21:07:05
Q:
那电荷分析放在RDG之前还是之后更好？主要是想找一个能连贯起来的思路@Sobereva
A:
都可以，没那么多讲究
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2015.10.19 21:08:00
Q:
老师，我发现做一个反应的机理，高斯没啥用，因为很多基元反应是我们从数据库中找到的，组合在一起，然后基本上一些反应的参数都给出了。那高斯在机理构建中起到什么作用呢？
A:
高斯用处大了，势垒、IRC，反应过程中电子结构怎么变化（结合multiwfn），都得实际算出来
数据库中都是已有的或者典型的，碰见个新的不算是不可能知道的。
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2015.10.19 21:10:27
Q:
cDD对方法和机组依赖性大吗？@Sobereva
A:
condensed dual descriptor？
Q:
是的
A:
不大，6-31G*基本够了
Q:
我试了几个，差别还是比较明显的……
A:
/aini 取决于你用什么布居分析方法，有的对基组敏感，有的不敏感。Hirshfeld就是很不敏感的。
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2015.10.19 21:15:36
Q:
老师，第三周期元素可否用lanl2dz
A:
第三周期别用lanl2dz，精度太糟
Q:
我用lanl2dz算的硅
我用lanl2dz算的硅，现在快要发文章了
A:
lanl2dz对Si连d极化函数都没有，一个字：烂
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2015.10.19 21:16:59
Q:
[图片] 老师您好，对于一个离子跟一个分子的作用，在BSSE校正时要分别指明它们的电荷和多重度：0,2 和1,1 要怎么隔开呢，是分别在两行写入吗？
A:
你得定义三个，得写三次，共6个值，在同一行
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2015.10.19 21:25:19
Q:
老师，算氧气的单重态，是只要把多重度从3变成1就行了，还是要做TDDFT计算？没做过激发态计算，还请您指教
A:
单重态有好几种，1只是计算其一。
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2015.10.19 21:43:47
Q:
[图片]请问这是怎么了
A:
继续等着
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2015.10.19 21:43:47
Q:
那Ba用什么基组合适呢，100多个原子，7个Ba，其他都是C，O，S，我用b3lyp/def2tzvp算振动感觉能算动但是老是出现问题，想换个小点的基组
A:
都用def2SVP
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2015.10.19 22:12:55
Q:
GAMESS这是个啥
A:
[图片]
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2015.10.19 22:14:57
Q:
最近sci-hub怎么老要输验证码
A:
也可能有人批量下载
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2015.10.19 22:24:14
Q:
这两天PRL上刚出现的一片论文：水蒸发的分子机制
[图片]
看题目好像是个基础而又高大上研究。
暂时没有全文，不过摘要显示就是做了个MD模拟，略感失望/衰
A:
估计会讨论一堆氢键
蒸发时的微观结构什么的
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2015.10.20 02:45:31
Q:
请教大家：我用gaussview打开freq计算的output出错。应该不是高斯版本的问题。相似的结构进行的计算一个可以打开，一个打不开。请问还有其他软件可以打开output做IR spectra吗
A:
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
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2015.10.20 04:00:41
Q:
请教一下，想算一个包含元素Er的体系，什么泛函可以用？
A:
B3LYP、M06、BP86
Q:
赝式呢？
A:
SDD
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2015.10.20 04:10:50
Q:
再请教一下，我想预测一个有机分子的单线态氧反应位点，应该是亲电反应。看了您的博客，想算一下原子电荷和Fukui函数。现在是用M06-2X/6-311+G(d,p)优化的结构，您觉得用什么泛函和基组算电荷比较好？
A:
当前这个就行
Q:
用NPA？
A:
Hirshfeld
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2015.10.20 07:12:53
Q:
SOB老师，你昨天告诉的那个苯分子的π电子等值面图，用MULTWFN计算时的WFN文件是在什么水平上生成的，这个文件的生成水平不同，应该对等值面图的计算有影响吧？
A:
影响不大
Multiwfn不是MULTWFN
B3LYP/TZVP这种级别对于各种实空间函数的分析都足够了
Q:
老师，我还有个问题，就是想知道在5.34埃德范围内，π电子总的出现几率有多大，能计算吗？
5.34埃是您昨天发的图中显示的值，0.001等值面下的范围
A:
先用主功能5计算pi电子的格点数据，然后回到主界面，选
13
17
2
a
a
a
0.001,9999999999999
显示的这个值
Integral of all data: 5.8178794689
就是你要的
相当于基于立方格点数据做积分，只考虑密度>=0.001的格点
总共6个电子，所以几率是5.82/6.0=97%
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2015.10.20 07:28:48
Q:
感谢老师的指点，Multiwfn的功能确实超出了我们的想象
A:
极度灵活，千变万化
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2015.10.20 07:29:37
Q:
对，你的这个程序下次的培训时间有安排吗？
A:
大抵明年下半年
待定，说不准
Q:
哦，时间还比较遥远！那基础班明年4月份应还有吧！因为你每一期讲的都有变化！
A:
量化基础班预计也是明年下半年
明年上半年预计是gromacs班
Q:
哦！这个程序没用过！不过也想来学学
A:
最常用、最快的分子动力学程序之一。做量化的人扩展视野做做动力学也挺有好处
Q:
这个程序是收费获取的吗？
A:
免费
www.gromacs.org
Q:
也是在linux下运行？
A:
费点劲也能编译出Windows版，但一般都在Linux下跑
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2015.10.20 07:40:44
Q:
sob老师在windows下一般用啥编的？不改代码么？
A:
以前3.x、4.x都有windows版，5.x貌似也有办法，我没具体试过。
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2015.10.20 07:42:08
Q:
老师，您刚才说的密度>=0.001的等值面，选择等值面大小的原则是什么？
A:
随意选
0.001是常用来定义范德华表面的数值，你可以设大点
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2015.10.20 07:42:38
Q:
gromacs是基础班还是进阶班呢？
A:
不打算做区分
毕竟动力学的东西没量化那么多
Q:
好的，希望有深度，去参加一下/呲牙
好的，希望有深度，去参加一下[Emoticon]
A:
那是必然的
Q:
大约时间定了吗？
A:
待定
大概四五月份
通知会提前两个月发布
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2015.10.20 07:46:12
Q:
那这个值设定的越小，得到的范围值（红线长度）就越大，在次范围内发现π电子的总几率就越接近100%，是吗老师？
A:
是
----------------------------------------------------
2015.10.20 07:46:52
Q:
要是sob老师编译过能windows的代码，能分享下编译好的版本么？[Emoticon]
A:
没编译过windows版
尤其是gmx引入GPU后，windows版编译可能很难利用GPU。
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2015.10.20 19:25:32
Q:
[图片]为什么没有“删除本贴”的选项？
只有清除内容[图片]
要删帖的话是点清楚内容吗
A:
需要删哪个直接PM管理员
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2015.10.20 19:28:23
Q:
心已死人亦死加入本群
A:
本群现在已满
----------------------------------------------------
2015.10.20 19:36:54
Q:
如果两个异构体 cis 和trans 计算出来的力常数和振动频率的相对大小不一致，请问怎么解释？
k（cis）> k（trans） v(cis) < v (trans)
请问高斯计算出来的力常数准不准确
A:
你用的级别准确就自然准确
看你考察的力常数是否真的对应那个振动模式
Q:
力常数是统一振动模式下的 force constant
A:
每个振动模式有各自对应的力常数
Q:
sob 老师我就是指的同一种振动模式
A:
[图片]
就是这么个简单的对应关系，同一个振动模式，力常数大振动频率一定大
----------------------------------------------------
2015.10.20 19:40:09
Q:
请问数据库中给出的反应式是否都是基元反应？
A:
看是什么数据库啊，数据库说明里自然都会写着
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2015.10.20 19:40:38
Q:
黄色是 cis 蓝色是 trans
为什么不一致呢
A:
考察张三振动频率，结果你考察李四力常数了
Q:
[图片]
sob老师请看我取的数值没有错误吧？
[图片] [图片]
A:
你这个情况是因为约化质量明显不一样
频率是与sqrt(力常数/约化质量)成比例的
----------------------------------------------------
2015.10.20 20:02:01
Q:
请问sob老师不同异构体的约化质量为什么相差这么多呢，您是说的 red. masses 这一项吧？ @Sobereva
A:
就是那项
高斯官网上有白皮书Vibrational Analysis in Gaussian，上边有约化质量计算公式
----------------------------------------------------
2015.10.20 20:11:26
Q:
[图片]求教：这是同一个模型关于替换其中的几个元素，用同样的方法计算出来的Gap，这里Gap的大小能对比看出其氧化还原性质的大小吗？我之前看的前线轨道理论都是在说一些亲电亲核的反应啊
高斯里面所输出的HOMO/LUMO有绝对意义吗？就是算不同的体系，当然是用同样的方法，这样比较这两个体系是有意义吗？
A:
有意义
----------------------------------------------------
2015.10.20 20:17:53
Q:
弥散函数对结构影响大吗？
A:
很小
----------------------------------------------------
2015.10.20 20:18:28
Q:
为何scihub要验证码
输入对了还进不去？
[图片]
这个不是fubbed?
A:
多输几次就好了。我也很难第一次就输对
----------------------------------------------------
2015.10.20 20:30:35
Q:
[图片]另一个问题，这个RDG等值面的窟窿怎么补？这个格点数是80×80×80，即使换成100×100×100依然不行
A:
这本来就是有窟窿的
Q:
哦哦，就是说中间两块完全没有作用力？
If the two indices are identical, box center will be placed at the nucleus
1,4
Input the number of points in X,Y,Z direction e.g. 40,40,25
80,80,80
Input the extended distance in X,Y,Z direction (Bohr) e.g. 4.0,4.0,6.5
5.0,5.0,5.0
A:
几乎没有
Q:
但怎么判断是没有作用力还是格点数不够多？
A:
这种大窟窿一看就是有确切物理意义的
格点不够都是网眼那种边缘带锯齿的
Q:
[图片]再结合这个散点图，可以确定蓝绿色那块是比范德华里强的作用吧？接近弱氢键范畴？
A:
y
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2015.10.20 21:14:53
Q:
VMD怎么能保证每次看图的角度啊
我想做个波函数演化的图
A:
可以用命令行调整旋转角度
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2015.10.20 21:18:22
Q:
建个群二嘛
A:
没那个精力
这个群一大堆问题，计算化学公社还一大堆问题，忙死了
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2015.10.20 21:27:40
Q:
咨询一下：这个ADF软件分为win和linux版本吗？类似于高斯。是不是也有个图像界面，类似于高斯view？谢谢，想下载ADF，学习一下，看到有网页显示分子结构类似于高斯view，所以来咨询。谢谢指点
A:
分。有图形界面
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2015.10.20 21:27:55
Q:
我在算《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》的methanedimer.gjf算例，怎么会提示Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in d:\program file\g09\l103.exe谁遇到过了
A:
opt=cartesian
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2015.10.20 21:30:03
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
你的每一个体系都验证G=H-TS，就自然验证了你前面的公式
如果单个体系你都没法验证G=H-TS，说明你都没搞对热力学量
----------------------------------------------------
2015.10.20 22:35:36
Q:
wfn 做ρ(r) vs. RDG的散点图，快还是慢我的怎么半天还是[图片]
A:
取决于你考虑的点数。
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2015.10.21 03:08:20
Q:
再请教一下，Pb用什么赝式比较好？
A:
lanl08或SDD
要用小核的话用def2
后HF的话用cc-pVnZ-PP
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2015.10.21 08:17:01
Q:
SOB老师，在计算MP2时如果写IOp(3/125=0333312000)，最后得到的能量就是SCS-MP2能量吗？
A:
y
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2015.10.21 08:31:25
Q:
wfn 做ρ(r) vs. RDG的散点图，跑了一夜怎么还是[图片]
A:
肯定操作过程有问题
正常情况下10秒钟以内就出来了
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2015.10.21 08:31:55
Q:
Sobereva老师，算金属碳笼用B3LYP/6-31G*, SDD赝势可以吗
A:
可以
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2015.10.21 08:41:34
Q:
其实昨天已经满了
估计是退掉了一部分潜水的
A:
如果一直不踢人的话，至少半年前就满了
没这么严
条件已经很宽松了，所以被踢一点也不冤
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2015.10.21 09:17:03
Q:
弱弱地问下，互变异构体能量相差多少就基本可以忽略能量高的那一种呢？
A:
取决于温度，按这个一算比例就知道
根据Boltzmann分布计算分子不同构象所占比例
http://sobereva.com/165
----------------------------------------------------
2015.10.21 09:21:17
Q:
/偷笑
/鼓掌谢谢你
/鼓掌/鼓掌谢谢你
/右哼哼
/左哼哼
/得意
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.10.21 09:22:45
Q:
生日快乐/拥抱/玫瑰/太阳/爱心/示爱
A:
我对无聊的刷图是很反感的
----------------------------------------------------
2015.10.21 09:29:55
Q:
[图片]老师您的最新的文章里，最后一个词是什么意思，我没怎么看懂
NICS吗？
A:
应该是NCs，nanocrystals
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2015.10.21 20:08:41
Q:
给位：看电子密度（Electron densities）与[图片]，是一回事么？
A:
显然不一样
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2015.10.21 20:08:41
Q:
请问下ORCA里想看MO用什么办法实现呢？
波函数文件是什么格式的呢
请问sob, orca运行后可看MO的文件是什么呢》？
A:
这里都写了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
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2015.10.21 20:08:41
Q:
sob老师，能否简单说几句B3LYP-D3和B97D3在出来弱相互作用体系时的优劣？
谁知道卤素阴离子的共价半径在哪能得到吗？
没找见，能具体点吗？
A:
半斤八两，都不如M062X-D3
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2015.10.21 20:09:43
Q:
求助一篇文献，谢谢/抱拳http://www.nature.com/nchem/journal/v6/n6/pdf/nchem.1920.pdf
A:
[图片]
违规一次，已记录
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2015.10.21 20:10:09
Q:
你好，请问哪位大神那里有gaussiview中文版的说明书。
求帮助
THANGKS
A:
没中文说明书，自己看help
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2015.10.21 20:10:15
Q:
老师，这几天sci-hub有点问题
A:
[图片]
没任何问题
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2015.10.21 20:37:30
Q:
sob,有没有什么模拟软件能给出原子力图谱
刚看到castep能给出STM
如果哪一天，扫描电镜照片可以模拟的话
就省了很多钱了
都可以的
主要是现在实验喜欢用扫描电镜
A:
就是作个表面的电子密度图就完了，高斯算出来波函数文件，Multiwfn绘图就行
像这种图multiwfn很easy就获得了
[图片]
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