Metadynamics计算，配合物分子一直在低能量附近振动，不往高能量方向走

菜鸡互啄

各位老师大家好。最近在学习CP2K软件上面的Metadynamics模块，看到一篇文献，我想实现的是类似的功能，即图1。但是我在计算的时候发现，跑了4ps以后我的分子还是一直在初始的低能量附近振动，不像文献中这样向另外一个笼运动。不清楚是哪里除了问题。我参考文献用Cu-Al的配位数做CV，先跑了MD，然后用得到的COLVAR.metadynLog进行metadynamics计算，这个文件和input我一起传到了附件，请老师们帮我看看问题出在哪里呢？谢谢啦！

silencesola

可能是由于ND值不对吧，默认值为12，你修改为了6。这在配位数中的计算公式里会出问题。