【已解决】使用Multiwfn脚本RESP.sh 计算RESP时出错

奏华

在Ubuntu端学习使用Multiwfn的过程中按照指南安装好了Multiwfn 功能正常可以使用
尝试计算一个小分子取名(4K6I)的RESP电荷
这是小分子的pdb文件信息

小分子有一个负电荷 按照电荷-1 自旋多重度1输入给了RESP.sh文件调用高斯计算
计算结果也很顺利进行到得到了.fchk文件 但紧接着最后调用Multiwfn的步骤出现severe (24): end-of-file during read, unit 10错误 如下

自行参看了RESP.sh 注释掉rm中间文件这一行 保留下中间文件 重新计算
依然出错后 尝试用Multiwfn直接读取fchk文件 按照脚本的 7→18→8→1→gau.out操作 和此前报错相同

又尝试重新读取fchk 直接7→18→1计算 计算顺利完成了
由此猜测问题出在中间文件gau.out文件上
用vim打开发现是正常结束的高斯out文件

搜索相关错误后没发现有人遇到相同的问题 特来向老师请教
请问这是什么原因导致的？是我的分子有问题吗？

奏华

在此一并提供小分子PDB文件

sobereva

把gau.out压缩后上传我看看
应该是从里面读取静电势数据的时候出的问题

奏华

sobereva 发表于 2021-5-9 06:08
把gau.out压缩后上传我看看
应该是从里面读取静电势数据的时候出的问题

这是gau.out文件 请老师帮忙看看

sobereva

奏华 发表于 2021-5-9 11:56
这是gau.out文件 请老师帮忙看看

如果任何体系用RESP.sh都没成功的话，应该是你的g09版本太老，导致拟合点的静电势数据没输出到输出文件里。至少g09 D.01及以后肯定能用。

牧生

帮你看了一下，用的g16，完全没问题。

./RESP.sh  4K6I.pdb -1 1
结果如下

C    -6.124639    0.787209   -1.011329   0.7332392231
C    -4.806516    0.203750   -0.468328   0.0885248662
C    -3.587671    0.453589   -1.114027  -0.2466843579
C    -4.791902   -0.585777    0.690656  -0.2728603635
C    -3.600741   -1.112374    1.188340  -0.1317412262
C    -2.376039   -0.866749    0.539123   0.1065248621
C    -2.391437   -0.065473   -0.618379  -0.1486384155
C    -1.097371   -1.435438    1.041911   0.0050147213
C    -1.041370   -2.634508    1.654690  -0.4251088002
C     0.152791   -0.653013    0.809707   0.0290062530
C     0.310550    0.663887    1.300690   0.2439650897
C    -0.765205    1.350941    2.103595  -0.4108728199
C     1.515682    1.316889    1.037224  -0.3727619495
C     1.208881   -1.236812    0.103957  -0.2143002713
C     2.423792   -0.580142   -0.155093  -0.1469683939
C     3.501890   -1.315205   -0.964148   0.5771976999
C     3.694563   -2.756706   -0.455651  -0.4554951987
C     3.064267   -1.366751   -2.444164  -0.3375029025
C     4.852876   -0.585256   -0.836637  -0.1486089142
C     4.722948    0.920300   -1.002306  -0.1105220800
C     3.852243    1.565873    0.093171   0.5583524403
C     2.573511    0.743693    0.308292  -0.0962820654
C     3.523306    3.003466   -0.352663  -0.4182471378
C     4.633689    1.626588    1.423912  -0.3542411236
O    -7.160438    0.525638   -0.352783  -0.8109505026
O    -6.039063    1.468213   -2.061896  -0.8135169530
H    -3.606235    1.069059   -2.015563   0.1487293722
H    -5.742699   -0.764260    1.196479   0.1535628221
H    -3.610100   -1.701492    2.108504   0.1289012481
H    -1.450643    0.144331   -1.132840   0.1198863502
H    -0.095144   -3.026263    2.035582   0.1614150631
H    -1.931268   -3.255429    1.784257   0.1614150631
H    -0.362214    2.227851    2.630860   0.1135410139
H    -1.591714    1.692571    1.459799   0.1135410139
H    -1.209179    0.671791    2.847321   0.1135410139
H     1.637457    2.327982    1.431324   0.1860349927
H     1.061112   -2.250395   -0.271156   0.1389156122
H     4.538975   -3.227853   -0.984115   0.0939120971
H     3.918015   -2.767879    0.622691   0.0939120971
H     2.808710   -3.385272   -0.627818   0.0939120971
H     3.811895   -1.905709   -3.048968   0.0665462324
H     2.100342   -1.887895   -2.548579   0.0665462324
H     2.942530   -0.358121   -2.866320   0.0665462324
H     5.552186   -0.997006   -1.582729   0.0251459184
H     5.289360   -0.811513    0.150439   0.0251459184
H     4.282909    1.146786   -1.987755   0.0185268128
H     5.716897    1.396956   -0.993637   0.0185268128
H     3.008896    3.579481    0.430259   0.0840926932
H     4.454900    3.539370   -0.595935   0.0840926932
H     2.886235    3.001779   -1.250963   0.0840926932
H     4.023242    2.087557    2.215350   0.0709987415
H     4.922834    0.623315    1.770627   0.0709987415
H     5.550125    2.227570    1.305074   0.0709987415

lyj714

版本问题，g09 B本来就有bug，有些数据他没输出来，所以也就无法拟合静电势

奏华

非常感谢各位老师帮忙解答